mia-3dmotioncompica-nonrigid - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

mia-3dmotioncompica-nonrigid - Đăng ký phi tuyến tính của một loạt hình ảnh 3D.

SYNOPSIS

mia-3dmotioncompica-không cứng nhắc -i -o [tùy chọn]

MÔ TẢ

mia-3dmotioncompica-không cứng nhắc Chương trình này thực hiện một phiên bản 3D của chuyển động
thuật toán bù được mô tả trong Wollny G, Kellman P, Santos A, Ledesma-Carbayo MJ,
"Sự bù đắp chuyển động tự động của quá trình thở tự do có được Dữ liệu về sự tưới máu cơ tim của
sử dụng Phân tích Thành phần Độc lập ", Phân tích Hình ảnh Y tế, 2012,
DOI: 10.1016 / j.media.2012.02.004.

LỰA CHỌN

Tệp-IO
-i --in-file = (đầu vào, bắt buộc); io
hình ảnh đầu vào của các tệp được đánh số liên tục (tênXXXX.ext) Để được hỗ trợ
loại tệp xem PLUGINS: 3dimage / io

-o --out-file = (đầu ra, bắt buộc); io
tên hình ảnh đầu ra (dưới dạng chuỗi định dạng C bao gồm% 04d để xác định
đánh số tệp) Đối với các loại tệp được hỗ trợ, hãy xem PLUGINS: 3dimage / io

--save-refs =
lưu hình ảnh tham chiếu, chuỗi đã cho được sử dụng làm cơ sở tên tệp,
mẫu số tuân theo hình ảnh đầu vào và định dạng đầu ra luôn là
'vista'

--save-regs =
lưu hình ảnh đã đăng ký trung gian, chuỗi đã cho được sử dụng làm tên tệp
cơ bản, mẫu số tuân theo hình ảnh đầu vào và định dạng đầu ra là
luôn luôn 'vista'

--save-coeffs =
lưu ma trận trộn vào một tệp văn bản

--save-features =
lưu hình ảnh tính năng dưới dạng PNG

Trợ giúp & Thông tin
-V --verbose = cảnh báo
tính chi tiết của đầu ra, in các thông báo ở cấp độ đã cho và mức độ ưu tiên cao hơn.
Các ưu tiên được hỗ trợ bắt đầu từ cấp thấp nhất là:
Thông tin - Tin nhắn cấp thấp
theo dõi - Chức năng theo dõi cuộc gọi
không - Báo cáo lỗi kiểm tra
cảnh báo - Cảnh báo
lôi - Báo cáo lỗi
gỡ lỗi - Đầu ra gỡ lỗi
tin nhắn - Tin nhắn bình thường
gây tử vong - Chỉ báo cáo các lỗi nghiêm trọng

- bản quyền
in thông tin bản quyền

-h - trợ giúp
in cái này giúp

-? --sử dụng
in một trợ giúp ngắn

--phiên bản
in số phiên bản và thoát

ICE
-C --components = 0
Các thành phần ICA 0 = ước tính tự động Các thành phầnICA 0 = tự động
ước lượng

--không bình thường hóa
không chuẩn hóa IC

--không có nghĩa vụ
đừng loại bỏ ý nghĩa khỏi các đường cong trộn

-k --skip = 0
bỏ qua các hình ảnh ở đầu chuỗi, ví dụ như vì chúng là các hình ảnh khác
hình ảnh modalitiesskip ở đầu sê-ri, ví dụ như vì khi họ
là các phương thức khác

-m --max-ica-iter = 400
số lần lặp tối đa trong ICA Số lần lặp tối đa trong ICA

Chế biến
--threads = -1
Số luồng tối đa cần sử dụng để xử lý, Con số này phải thấp hơn
hoặc bằng số lõi xử lý logic trong máy. (-1:
ước tính tự động). Số luồng tối đa để sử dụng để xử lý, Điều này
số phải thấp hơn hoặc bằng số lõi bộ xử lý logic trong
máy. (-1: ước tính tự động).

Đăng Ký
-O --optimizer = gsl: opt = gd, step = 0.1
Trình tối ưu hóa được sử dụng để giảm thiểu

-a --start-c-rate = 32
tỷ lệ hệ số bắt đầu trong gai, được chia cho --c-rate-divider với
mỗi tỷ lệ hệ số khởi động bằng gai, được chia cho --c-rate-divider
với mỗi lần vượt qua

--c-rate-divider = 4
bộ chia tỷ lệ hiệu quả cho mỗi bộ chia tỷ lệ đạt hiệu quả cho mỗi lần vượt qua

-d --start-divcurl = 20
start divcurl weight, được chia bởi --divcurl-divider với mọi passstart
trọng số divcurl, được chia cho --divcurl-divider với mỗi lần vượt qua

--divcurl-divider = 4
chia tỷ lệ trọng số divcurl với mỗi tỷ lệ trọng số passdivcurl mới với mỗi
pass mới

-w --imagecost = image: weight = 1, cost = ssd,
chi phí hình ảnh

-l --mg-mức = 3
nhiều cấp độ phân giải đa cấp độ phân giải

-P --passes = 3
đăng ký đăng ký thông qua

BỔ SUNG: 3dimage / io

phân tích Phân tích hình ảnh 7.5

Các phần mở rộng tệp được công nhận: .HDR, .hdr

Các loại phần tử được hỗ trợ:
không dấu 8 bit, có dấu 16 bit, có dấu 32 bit, dấu phẩy động 32 bit,
dấu phẩy động 64 bit

kho dữ liệu IO ảo đến và đi từ nhóm dữ liệu nội bộ

Phần mở rộng tệp được công nhận:. @

đi đôi Chuỗi hình ảnh Dicom dưới dạng 3D

Các phần mở rộng tệp được công nhận: .DCM, .dcm

Các loại phần tử được hỗ trợ:
đã ký 16 bit, 16 bit chưa ký

hdf5 IO hình ảnh HDF5 3D

Các phần mở rộng tệp được công nhận: .H5, .h5

Các loại phần tử được hỗ trợ:
dữ liệu nhị phân, có dấu 8 bit, 8 bit không dấu, 16 bit có dấu, 16 bit chưa dấu,
có dấu 32 bit, không dấu 32 bit, có dấu 64 bit, không dấu 64 bit, nổi
dấu phẩy 32 bit, dấu phẩy động 64 bit

inria INRIA hình ảnh

Các phần mở rộng tệp được công nhận: .INR, .inr

Các loại phần tử được hỗ trợ:
đã ký 8 bit, chưa ký 8 bit, đã ký 16 bit, chưa ký 16 bit, đã ký 32
bit, không dấu 32 bit, dấu phẩy động 32 bit, dấu phẩy động 64 bit

mhd IO hình ảnh MetaIO 3D sử dụng triển khai VTK (thử nghiệm).

Các phần mở rộng tệp được công nhận: .MHA, .MHD, .mha, .mhd

Các loại phần tử được hỗ trợ:
đã ký 8 bit, chưa ký 8 bit, đã ký 16 bit, chưa ký 16 bit, đã ký 32
bit, không dấu 32 bit, dấu phẩy động 32 bit, dấu phẩy động 64 bit

nifti IO hình ảnh 1D NIFTI-3

Phần mở rộng tệp được công nhận: .NII, .nii

Các loại phần tử được hỗ trợ:
đã ký 8 bit, chưa ký 8 bit, đã ký 16 bit, chưa ký 16 bit, đã ký 32
bit, không dấu 32 bit, có dấu 64 bit, không dấu 64 bit, dấu phẩy động 32
bit, dấu phẩy động 64 bit

vff Định dạng raster VFF Sun

Các phần mở rộng tệp được công nhận: .VFF, .vff

Các loại phần tử được hỗ trợ:
không dấu 8 bit, có dấu 16 bit

vista Chế độ xem 3D

Các phần mở rộng tệp được công nhận: .V, .VISTA, .v, .vista

Các loại phần tử được hỗ trợ:
dữ liệu nhị phân, có dấu 8 bit, 8 bit không dấu, 16 bit có dấu, 16 bit chưa dấu,
có dấu 32 bit, không dấu 32 bit, dấu phẩy động 32 bit, dấu phẩy động 64
bit

vti Hình ảnh 3D VTK-XML vào và ra (thử nghiệm).

Các phần mở rộng tệp được công nhận: .VTI, .vti

Các loại phần tử được hỗ trợ:
đã ký 8 bit, chưa ký 8 bit, đã ký 16 bit, chưa ký 16 bit, đã ký 32
bit, không dấu 32 bit, dấu phẩy động 32 bit, dấu phẩy động 64 bit

vtk Di sản hình ảnh 3D VTK vào và ra (thử nghiệm).

Các phần mở rộng tệp được công nhận: .VTK, .VTKIMAGE, .vtk, .vtkimage

Các loại phần tử được hỗ trợ:
dữ liệu nhị phân, có dấu 8 bit, 8 bit không dấu, 16 bit có dấu, 16 bit chưa dấu,
có dấu 32 bit, không dấu 32 bit, dấu phẩy động 32 bit, dấu phẩy động 64
bit

THÍ DỤ

Đăng ký chuỗi truyền dịch được cung cấp trong hình ảnh imagesXXXX.v bằng cách sử dụng ICA 4 lớp
ước lượng. Bỏ qua hai hình ảnh ở đầu, sử dụng nhiều nhất 4 chủ đề đăng ký, một nlopt
dựa trên trình tối ưu hóa và chúng tôi sử dụng các tham số mặc định. Lưu trữ kết quả trong
đã đăng kýXXXX.v

mia-3dmotioncompica-nonrigid -i hình ảnh0000.v -o đã đăng ký% 04d.v -k 2 -C 4 -t 4 -O
nlopt: opt = ld-var1, xtola = 0.001, ftolr = 0.001, maxiter = 300

(Các) TÁC GIẢ

Gert Wollny

BẢN QUYỀN

Phần mềm này là Bản quyền (c) 1999‐2015 Leipzig, Đức và Madrid, Tây Ban Nha. Nó đến
với TUYỆT ĐỐI KHÔNG CÓ BẢO HÀNH và bạn có thể phân phối lại nó theo các điều khoản của GNU
GIẤY PHÉP CÔNG CỘNG CHUNG Phiên bản 3 (hoặc mới hơn). Để biết thêm thông tin, hãy chạy chương trình với
tùy chọn '--copyright'.

Sử dụng mia-3dmotioncompica-nonrigid trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net