mia-3dprealign-nonrigid - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

mia-3dprealign-nonrigid - Đăng ký một loạt hình ảnh 3D.

SYNOPSIS

mia-3dprealign-không cứng nhắc -i -o [tùy chọn]

MÔ TẢ

mia-3dprealign-không cứng nhắc Chương trình này chạy đăng ký không cứng nhắc của một chuỗi hình ảnh bằng cách
đầu tiên đăng ký một tập hợp con hình ảnh đã được căn chỉnh cho một tham chiếu, sau đó bằng cách
đăng ký các hình ảnh còn lại bằng cách sử dụng tài liệu tham khảo tổng hợp. Đây là phiên bản 3D của G.
Wollny, MJ Ledesma-Cabryo, P.Kellman và A.Santos, "Khai thác tính kinh nghiệm trong
Điều chỉnh chuyển động của thở tự do, "Giao dịch IEEE trên hình ảnh y tế, 29(8), 2010.

LỰA CHỌN

Tệp-IO
-i --in-file = (đầu vào, bắt buộc); io
đầu vào hình ảnh sau tên mẫu đặt tênXXXX.ext Đối với tệp được hỗ trợ
các loại xem PLUGINS: 3dimage / io

-o --out-file = (đầu ra, bắt buộc); io
cơ sở tên tệp cho các tệp đã đăng ký được cung cấp dưới dạng chuỗi định dạng C Để được hỗ trợ
loại tệp xem PLUGINS: 3dimage / io

--save-reference
Lưu các tham chiếu tổng hợp vào tệp refXXXX.v

Điều kiện tiên quyết & Sơ chế
-k --skip = 0
Bỏ qua hình ảnh ở đầu loạt ảnh Bỏ qua hình ảnh ở đầu loạt phim

--preskip = 20
Bỏ qua hình ảnh ở đầu + bỏ qua loạt ảnh khi tìm kiếm cao
đối chiếu hình ảnh Bỏ qua hình ảnh ở đầu + bỏ qua loạt ảnh khi tìm kiếm
cho hình ảnh có độ tương phản cao

--postskip = 2
Bỏ qua hình ảnh ở cuối loạt ảnh khi tìm kiếm độ tương phản cao
Hình ảnh bỏ qua ở cuối loạt ảnh khi tìm kiếm độ tương phản cao
hình ảnh

--max-Applications = 20
số lượng ứng viên tối đa cho hình ảnh tham chiếu toàn cầu
ứng cử viên cho hình ảnh tham chiếu toàn cầu

-S --cost-series = image: cost = [ngf: eval = ds]
Hàm Const để sử dụng để phân tích hàm seriesConst để sử dụng
để phân tích loạt bài Đối với các plugin được hỗ trợ, hãy xem
PLUGINS: 3dimage / fullcost

--ref-idx =
lưu số chỉ mục tham chiếu vào tệp này

-R --global-reference = -1
lưu số chỉ mục tham chiếu vào tệp này lưu số chỉ mục tham chiếu vào tệp này
hồ sơ

-D --max-subset-delta = 0
Delta tối đa giữa hai phần tử của tập hợp con được đánh dấu trước
giữa hai phần tử của tập hợp con được đánh dấu trước

Đăng Ký
-O --optimizer = gsl: opt = gd, step = 0.01
Trình tối ưu hóa được sử dụng để thu nhỏ Trình tối ưu hóa được sử dụng để thu nhỏ Đối với
các plugin được hỗ trợ xem PLUGINS: Minimzer / singlecost

-l --mr-level = 3
nhiều cấp độ phân giải đa cấp độ phân giải

-f --transForm = spline
kiểu chuyển đổi kiểu chuyển đổi Đối với các plugin được hỗ trợ, hãy xem
PLUGINS: hình ảnh / biến đổi 3d

-1 --cost-subset = image: cost = [ngf: eval = ds]
Hàm chi phí để đăng ký trong quá trình đăng ký tập hợp con
để đăng ký trong quá trình đăng ký tập hợp con Đối với các plugin được hỗ trợ, hãy xem
PLUGINS: 3dimage / fullcost

-2 --cost-final = image: cost = ssd
Hàm chi phí để đăng ký trong lần đăng ký cuối cùng
để đăng ký trong lần đăng ký cuối cùng Đối với các plugin được hỗ trợ, hãy xem
PLUGINS: 3dimage / fullcost

Trợ giúp & Thông tin
-V --verbose = cảnh báo
tính chi tiết của đầu ra, in các thông báo ở cấp độ đã cho và mức độ ưu tiên cao hơn.
Các ưu tiên được hỗ trợ bắt đầu từ cấp thấp nhất là:
Thông tin - Tin nhắn cấp thấp
theo dõi - Chức năng theo dõi cuộc gọi
không - Báo cáo lỗi kiểm tra
cảnh báo - Cảnh báo
lôi - Báo cáo lỗi
gỡ lỗi - Đầu ra gỡ lỗi
tin nhắn - Tin nhắn bình thường
gây tử vong - Chỉ báo cáo các lỗi nghiêm trọng

- bản quyền
in thông tin bản quyền

-h - trợ giúp
in cái này giúp

-? --sử dụng
in một trợ giúp ngắn

--phiên bản
in số phiên bản và thoát

Chế biến
--threads = -1
Số luồng tối đa cần sử dụng để xử lý, Con số này phải thấp hơn
hoặc bằng số lõi xử lý logic trong máy. (-1:
ước tính tự động). Số luồng tối đa để sử dụng để xử lý, Điều này
số phải thấp hơn hoặc bằng số lõi bộ xử lý logic trong
máy. (-1: ước tính tự động).

BỔ SUNG: 1d / kênh đệm

cdiff Nhân bộ lọc khác biệt trung tâm, điều kiện biên nhân bản được sử dụng.

(không có tham số)

gauss hạt nhân bộ lọc Gauss không gian, các tham số được hỗ trợ là:

w = 1; uint trong [0, inf)
một nửa chiều rộng bộ lọc.

BỔ SUNG: 1d / splinebc

gương Spline nội suy điều kiện biên phản ánh trên biên

(không có tham số)

lặp lại Điều kiện biên nội suy Spline lặp lại giá trị tại biên

(không có tham số)

không Spline nội suy điều kiện biên giả định bằng XNUMX cho các giá trị bên ngoài

(không có tham số)

BỔ SUNG: 1d / splinekernel

đường bspline Tạo hạt nhân B-spline, các tham số được hỗ trợ là:

d = 3; int trong [0, 5]
Spline độ.

mẹ Tạo hạt nhân OMoms-spline, các tham số được hỗ trợ là:

d = 3; int trong [3, 3]
Spline độ.

BỔ SUNG: 3dimage / kết hợp

cơ bụng Bộ kết hợp hình ảnh 'absdiff'

(không có tham số)

thêm vào Bộ kết hợp hình ảnh 'thêm'

(không có tham số)

div Bộ kết hợp hình ảnh 'div'

(không có tham số)

mul Bộ kết hợp hình ảnh 'mul'

(không có tham số)

phụ Bộ kết hợp hình ảnh 'phụ'

(không có tham số)

BỔ SUNG: 3dimage / chi phí

lnc tương quan chéo chuẩn hóa cục bộ với hỗ trợ tạo mặt nạ., các tham số được hỗ trợ
là:

w = 5; uint trong [1, 256]
một nửa chiều rộng của cửa sổ được sử dụng để đánh giá dấu chéo được bản địa hóa
tương quan.

mi Thông tin tương hỗ dựa trên Spline parzen., Các tham số được hỗ trợ là:

cắt = 0; float trong [0, 40]
Phần trăm pixel cần cắt ở cường độ cao và thấp để loại bỏ
những ngoại lệ.

mbin = 64; uint trong [1, 256]
Số lượng ngăn biểu đồ được sử dụng cho hình ảnh chuyển động.

hạt nhân = [bspline: d = 3]; xưởng sản xuất
Hạt nhân Spline cho hình ảnh chuyển động parzen hinstogram. Đối với các trình cắm được hỗ trợ
xem PLUGINS: 1d / splinekernel

rbin = 64; uint trong [1, 256]
Số lượng ngăn biểu đồ được sử dụng cho hình ảnh tham chiếu.

hạt nhân = [bspline: d = 0]; xưởng sản xuất
Nhân spline cho hình ảnh tham chiếu parzen hinstogram. Đối với plug-in được hỗ trợ-
trong xem PLUGINS: 1d / splinekernel

NCC tương quan chéo chuẩn hóa.

(không có tham số)

ngf Chức năng này đánh giá độ tương tự của hình ảnh dựa trên gradient chuẩn hóa
lĩnh vực. Đưa ra các trường gradient chuẩn hóa $ _S $ của hình ảnh src và $ _R $ của
ref image các trình đánh giá khác nhau được thực hiện., các tham số được hỗ trợ là:

đánh giá = ds; mệnh lệnh
loại phụ plugin (sq, ds, dot, cross). Các giá trị được hỗ trợ là:
ds - bình phương của sự khác biệt theo tỷ lệ
dot - nhân sản phẩm vô hướng
đi qua - nhân sản phẩm chéo

SSD Chi phí hình ảnh 3D: tổng của sự khác biệt bình phương, các tham số được hỗ trợ là:

đánh răng tự động = 0; float trong [0, 1000]
Sử dụng tạo mặt nạ tự động cho hình ảnh chuyển động bằng cách chỉ lấy các giá trị cường độ
tích lũy lớn hơn ngưỡng đã cho.

định mức = 0; bool
Đặt liệu số liệu có được chuẩn hóa theo số lượng pixel hình ảnh hay không.

ssd-automask
Chi phí hình ảnh 3D: tổng của sự khác biệt bình phương, với quá trình tự động hóa dựa trên
các ngưỡng, thông số được hỗ trợ là:

đánh đập = 0; kép
Giá trị cường độ ngưỡng cho hình ảnh tham chiếu.

đập mạnh = 0; kép
Giá trị cường độ ngưỡng cho hình ảnh nguồn.

BỔ SUNG: 3dimage / bộ lọc

dải thông bộ lọc thông dải cường độ, các tham số được hỗ trợ là:

tối đa = 3.40282e + 38; trôi nổi
tối đa của ban nhạc.

phút = 0; trôi nổi
tối thiểu của ban nhạc.

nhị phân hóa bộ lọc binarize hình ảnh, các thông số được hỗ trợ là:

tối đa = 3.40282e + 38; trôi nổi
tối đa của phạm vi được chấp nhận.

phút = 0; trôi nổi
tối thiểu của phạm vi được chấp nhận.

gần hình thái đóng, các tham số được hỗ trợ là:

dấu = đen; dây
một gợi ý về nội dung hình ảnh chính (đen | trắng).

định hình = [hình cầu: r = 2]; xưởng sản xuất
phần tử cấu trúc. Để biết các plugin được hỗ trợ, hãy xem PLUGINS: 3dimage / shape

kết hợp Kết hợp hai hình ảnh với toán tử bộ kết hợp đã cho. nếu 'đảo ngược' được đặt thành
false, toán tử đầu tiên là hình ảnh được chuyển qua đường ống bộ lọc và
hình ảnh thứ hai được tải từ tệp được cung cấp với tham số 'hình ảnh' là
thời điểm bộ lọc được chạy., các thông số được hỗ trợ là:

hình ảnh = (đầu vào, bắt buộc, chuỗi)
hình ảnh thứ hai cần thiết trong bộ kết hợp.

op = (bắt buộc, nhà máy)
Bộ kết hợp hình ảnh sẽ được áp dụng cho hình ảnh. Để biết các plugin được hỗ trợ, hãy xem
PLUGINS: 3d hình ảnh / bộ kết hợp

đảo ngược = 0; bool
đảo ngược thứ tự mà các hình ảnh được chuyển đến bộ kết hợp.

chuyển đổi bộ lọc chuyển đổi định dạng pixel hình ảnh, các thông số được hỗ trợ là:

a = 1; trôi nổi
tham số chuyển đổi tuyến tính a.

b = 0; trôi nổi
tham số chuyển đổi tuyến tính b.

bản đồ = chọn; mệnh lệnh
ánh xạ chuyển đổi. Các giá trị được hỗ trợ là:
opt - áp dụng một phép biến đổi tuyến tính ánh xạ phạm vi đầu vào thực với
phạm vi đầu ra đầy đủ
phạm vi - áp dụng phép biến đổi tuyến tính ánh xạ kiểu dữ liệu đầu vào
phạm vi cho phạm vi loại dữ liệu đầu ra
bản sao - sao chép dữ liệu khi chuyển đổi
tuyến tính - áp dụng phép biến đổi tuyến tính x -> a * x + b
optstat - áp dụng một phép biến đổi tuyến tính ánh xạ dựa trên giá trị đầu vào và
biến thể cho phạm vi đầu ra đầy đủ

trả lời = ubyte; mệnh lệnh
loại pixel đầu ra. Các giá trị được hỗ trợ là:
không ai - không có loại pixel nào được xác định
phao - dấu phẩy động 32 bit
sbyte - ký 8 bit
dài - 64 bit không dấu
tăng gấp đôi - dấu phẩy động 64 bit
tội lỗi - ký 32 bit
rút ngắn - 16 bit không dấu
quần đùi - ký 16 bit
uẩn khúc - 32 bit không dấu
dài - ký 64 bit
bit - Dữ liệu nhị phân
ubyte - 8 bit không dấu

cây trồng Cắt một vùng của ảnh, vùng đó luôn được kẹp vào ảnh gốc
kích thước theo nghĩa là phạm vi đã cho được giữ nguyên., các tham số được hỗ trợ là:

cuối = [[4294967295,4294967295,4294967295]]; có thể phát trực tiếp
cuối phạm vi cắt xén, tối đa = (-1, -1, -1).

Bắt đầu = [[0,0,0]]; có thể phát trực tiếp
bắt đầu phạm vi cắt xén.

giãn ra Bộ lọc tấm ngăn xếp chồng hình ảnh 3d, các thông số được hỗ trợ là:

dấu = đen; dây
một gợi ý về nội dung hình ảnh chính (đen | trắng).

định hình = [hình cầu: r = 2]; xưởng sản xuất
phần tử cấu trúc. Để biết các plugin được hỗ trợ, hãy xem PLUGINS: 3dimage / shape

khoảng cách Đánh giá sự biến đổi khoảng cách 3D của một hình ảnh. Nếu hình ảnh là mặt nạ nhị phân,
sau đó kết quả của biến đổi khoảng cách tại mỗi điểm tương ứng với Euclidian
khoảng cách đến mặt nạ. Nếu hình ảnh đầu vào có giá trị pixel vô hướng, thì
đại lượng vô hướng này được hiểu là trường cao và giá trị trên mỗi pixel thêm vào
khoảng cách.

(không có tham số)

giảm tỷ lệ Giảm tỷ lệ hình ảnh đầu vào bằng cách sử dụng một kích thước khối nhất định để xác định tỷ lệ giảm
hệ số. Trước khi chia tỷ lệ, hình ảnh được lọc bằng bộ lọc làm mịn thành
loại bỏ dữ liệu tần số cao và tránh tạo tác giả răng cưa., được hỗ trợ
tham số là:

b = [[1,1,1]]; 3dbounds
kích thước khối.

bx = 1; uint trong [1, inf)
khối theo hướng x.

by = 1; uint trong [1, inf)
khối theo hướng y.

bz = 1; uint trong [1, inf)
khối theo hướng z.

hạt nhân = gauss; dây
làm mịn hạt nhân bộ lọc sẽ được áp dụng, kích thước của bộ lọc được ước tính
dựa trên kích thước khối ..

xói mòn Bộ lọc xói mòn ngăn xếp hình ảnh 3d, các thông số được hỗ trợ là:

dấu = đen; dây
một gợi ý về nội dung hình ảnh chính (đen | trắng).

định hình = [hình cầu: r = 2]; xưởng sản xuất
phần tử cấu trúc. Để biết các plugin được hỗ trợ, hãy xem PLUGINS: 3dimage / shape

gauss bộ lọc gauss 3D đẳng hướng, các thông số được hỗ trợ là:

w = 1; int trong [0, inf)
thông số chiều rộng bộ lọc.

chuẩn mực Hình ảnh 3D sang bộ lọc định mức gradient

(không có tham số)

mặt nạ Sử dụng mặt nạ nhị phân đầu vào và hình ảnh tỷ lệ xám tham chiếu để tăng khu vực
bằng cách thêm các pixel lân cận của một pixel đã được thêm vào nếu pixel có giá trị thấp hơn
cường độ cao hơn ngưỡng đã cho., các thông số được hỗ trợ là:

phút = 1; trôi nổi
ngưỡng thấp hơn để mặt nạ phát triển.

ref = (đầu vào, bắt buộc, chuỗi)
hình ảnh tham khảo cho vùng mặt nạ đang phát triển.

định hình = 6n; xưởng sản xuất
mặt nạ hàng xóm. Để biết các plugin được hỗ trợ, hãy xem PLUGINS: 3dimage / shape

đảo ngược bộ lọc đảo ngược cường độ

(không có tham số)

isovoxel Bộ lọc này chia tỷ lệ hình ảnh để làm cho kích thước voxel là đẳng áp và kích thước của nó thành
tương ứng với giá trị đã cho, các tham số được hỗ trợ là:

xen vào = [bspline: d = 3]; xưởng sản xuất
hạt nhân nội suy sẽ được sử dụng. Để biết các plugin được hỗ trợ, hãy xem
PLUGINS: 1d / splinekernel

kích thước = 1; float trong (0, inf)
kích thước voxel mục tiêu isometric.

km Bộ lọc k-mean hình ảnh 3D. Trong hình ảnh đầu ra, giá trị pixel đại diện cho
thành viên lớp học và các trung tâm lớp học được lưu trữ dưới dạng thuộc tính trong hình ảnh.,
các tham số được hỗ trợ là:

c = 3; int trong [2, inf)
số lớp.

nhãn Bộ lọc để gắn nhãn các thành phần được kết nối của hình ảnh nhị phân., Được hỗ trợ
tham số là:

n = 6n; xưởng sản xuất
mặt nạ hàng xóm. Để biết các plugin được hỗ trợ, hãy xem PLUGINS: 3dimage / shape

bản đồ nhãn Bộ lọc hình ảnh để sửa lại id nhãn. Chỉ áp dụng cho hình ảnh có giá trị số nguyên
cường độ / nhãn., các tham số được hỗ trợ là:

bản đồ = (đầu vào, bắt buộc, chuỗi)
Tệp ánh xạ nhãn.

nhãn hiệu
Bộ lọc chỉ tạo voxels đầu ra đã được tạo trong đầu vào
hình ảnh. Việc chia tỷ lệ được thực hiện bằng cách sử dụng thuật toán bỏ phiếu chọn mục tiêu
giá trị pixel dựa trên số pixel cao nhất của một nhãn nhất định trong
vùng nguồn tương ứng. Nếu vùng bao gồm hai nhãn giống nhau
đếm, ai có số thấp hơn sẽ thắng., các thông số được hỗ trợ là:

ngoài kích thước = (bắt buộc, 3dbounds)
kích thước mục tiêu được cung cấp dưới dạng hai giá trị được phân tách bằng dấu hôn.

tải Tải hình ảnh đầu vào từ một tệp và sử dụng nó để thay thế hình ảnh hiện tại trong
đường ống., các tham số được hỗ trợ là:

hồ sơ = (đầu vào, bắt buộc, chuỗi)
tên của tệp đầu vào để tải từ ..

lvdownscale
Đây là một bộ lọc giảm tỷ lệ biểu quyết của nhãn. Nó chỉnh sửa hình ảnh 3D theo từng khối.
Đối với mỗi khối, nhãn (khác XNUMX) xuất hiện nhiều lần nhất trong khối là
được phát hành dưới dạng pixel đầu ra trong hình ảnh đích. Nếu hai nhãn xuất hiện cùng một số
trong số lần, cái nào có giá trị tuyệt đối thấp hơn sẽ thắng., các thông số được hỗ trợ là:

b = [[1,1,1]]; 3dbounds
kích thước khối để giảm tỷ lệ. Mỗi khối sẽ được đại diện bởi một pixel
trong hình ảnh mục tiêu ..

mặt nạ Tạo mặt nạ cho một hình ảnh, một hình ảnh được lấy từ danh sách tham số và hình ảnh kia từ
đầu vào bộ lọc bình thường. Cả hai hình ảnh phải có cùng kích thước và một hình ảnh phải
được nhị phân. Các thuộc tính của hình ảnh đi qua đường ống bộ lọc là
bảo quản. Loại pixel đầu ra tương ứng với hình ảnh đầu vào không
nhị phân., các tham số được hỗ trợ là:

đầu vào = (đầu vào, bắt buộc, chuỗi)
tên tệp hình ảnh đầu vào thứ hai.

nghĩa là Bộ lọc trung bình hình ảnh 3D, các thông số được hỗ trợ là:

w = 1; int trong [1, inf)
một nửa chiều rộng bộ lọc.

trung vị bộ lọc 3d trung bình, các thông số được hỗ trợ là:

w = 1; int trong [1, inf)
thông số chiều rộng bộ lọc.

mlv Bộ lọc hình ảnh 3D phương sai trung bình, các thông số được hỗ trợ là:

w = 1; int trong [1, inf)
thông số chiều rộng bộ lọc.

chuẩn hóa ms
Bộ lọc chuẩn hóa hình ảnh 3D mean-sigma, các thông số được hỗ trợ là:

w = 1; int trong [1, inf)
một nửa chiều rộng bộ lọc.

mở hình thái học mở, các tham số được hỗ trợ là:

dấu = đen; dây
một gợi ý về nội dung hình ảnh chính (đen | trắng).

định hình = [hình cầu: r = 2]; xưởng sản xuất
phần tử cấu trúc. Để biết các plugin được hỗ trợ, hãy xem PLUGINS: 3dimage / shape

định hướng lại Bộ lọc định hướng lại hình ảnh 3D, các thông số được hỗ trợ là:

bản đồ = xyz; mệnh lệnh
ánh xạ định hướng sẽ được áp dụng. Các giá trị được hỗ trợ là:
p-zxy - Hoán vị x-> y-> z-> x
r-x180 - xoay quanh trục x theo chiều kim đồng hồ 180 độ
xyz - giữ định hướng
p-yzx - Hoán vị x-> z-> y-> x
r-z180 - xoay quanh trục z theo chiều kim đồng hồ 180 độ
r-y270 - xoay quanh trục y theo chiều kim đồng hồ 270 độ
f-xz - lật xz
f-yz - lật yz
r-x90 - xoay quanh trục x theo chiều kim đồng hồ 90 độ
r-y90 - xoay quanh trục y theo chiều kim đồng hồ 90 độ
r-x270 - xoay quanh trục x theo chiều kim đồng hồ 270 độ
r-z270 - xoay quanh trục z theo chiều kim đồng hồ 270 độ
r-z90 - xoay quanh trục z theo chiều kim đồng hồ 90 độ
f-xy - lật xy
r-y180 - xoay quanh trục y theo chiều kim đồng hồ 180 độ

thay đổi kích thước Thay đổi kích thước hình ảnh. Dữ liệu gốc được căn giữa trong hình ảnh có kích thước mới.,
các tham số được hỗ trợ là:

kích thước = [[0,0,0]]; có thể phát trực tiếp
kích thước mới của hình ảnh, kích thước 0 cho biết để giữ kích thước cho
thứ nguyên tương ứng ..

cát bộ lọc 3d muối và hạt tiêu, các thông số được hỗ trợ là:

đập mạnh = 100; float trong [0, inf)
giá trị thresh.

w = 1; int trong [1, inf)
thông số chiều rộng bộ lọc.

tỉ lệ Bộ lọc hình ảnh 3D chia tỷ lệ đến một kích thước mục tiêu nhất định, các thông số được hỗ trợ là:

xen vào = [bspline: d = 3]; xưởng sản xuất
hạt nhân nội suy sẽ được sử dụng. Để biết các plugin được hỗ trợ, hãy xem
PLUGINS: 1d / splinekernel

s = [[0,0,0]]; 3dbounds
kích thước mục tiêu để đặt tất cả các thành phần cùng một lúc (thành phần 0: sử dụng hình ảnh đầu vào
kích thước).

sx = 0; uint trong [0, inf)
kích thước mục tiêu theo hướng x (0: sử dụng kích thước hình ảnh đầu vào).

sy = 0; uint trong [0, inf)
kích thước mục tiêu theo hướng y (0: sử dụng kích thước hình ảnh đầu vào).

sz = 0; uint trong [0, inf)
kích thước mục tiêu theo hướng y (0: sử dụng kích thước hình ảnh đầu vào).

chọn lớn Bộ lọc tạo mặt nạ nhị phân biểu thị cường độ với mức cao nhất
số lượng pixel. Giá trị pixel 0 sẽ bị bỏ qua và nếu hai cường độ có
cùng số lượng pixel, thì kết quả là không xác định. Pixel đầu vào phải có
loại pixel tích phân.

(không có tham số)

tháng chín Bộ lọc tích chập phân tách cường độ hình ảnh 3D, các thông số được hỗ trợ là:

kx = [gauss: w = 1]; xưởng sản xuất
lọc hạt nhân theo hướng x. Để biết các plugin được hỗ trợ, hãy xem
PLUGINS: 1d / spacialkernel

ky = [gauss: w = 1]; xưởng sản xuất
lọc hạt nhân theo hướng y. Để biết các plugin được hỗ trợ, hãy xem
PLUGINS: 1d / spacialkernel

kz = [gauss: w = 1]; xưởng sản xuất
lọc nhân theo hướng z. Để biết các plugin được hỗ trợ, hãy xem
PLUGINS: 1d / spacialkernel

PBUH đầu nguồn có hạt. Thuật toán trích xuất chính xác rất nhiều thuốc thử như ban đầu
các nhãn được đưa ra trong hình ảnh hạt giống., các thông số được hỗ trợ là:

grad = 0; bool
Giải thích hình ảnh đầu vào dưới dạng gradient. .

dấu = 0; bool
Đánh dấu các lưu vực được phân đoạn bằng giá trị thang màu xám đặc biệt.

n = [hình cầu: r = 1]; xưởng sản xuất
Vùng lân cận vùng đầu nguồn ngày càng phát triển. Để biết các plugin được hỗ trợ, hãy xem
PLUGINS: 3dimage / shape

hạt giống = (đầu vào, bắt buộc, chuỗi)
hình ảnh đầu vào hạt giống có chứa các nhãn cho các vùng ban đầu.

tee Lưu hình ảnh đầu vào vào một tệp và cũng chuyển nó qua bộ lọc tiếp theo,
các tham số được hỗ trợ là:

hồ sơ = (đầu ra, bắt buộc, chuỗi)
tên của tệp đầu ra để lưu hình ảnh quá ..

làm mỏng Làm mỏng hình thái học 3D, dựa trên: Lee và Kashyap, 'Xây dựng mô hình bộ xương
thông qua Thuật toán làm mỏng bề mặt trung tâm / trục 3-D ', Mô hình đồ họa và Hình ảnh
Chế biến, 56(6): 462-478, 1994. Việc triển khai này chỉ hỗ trợ 26
khu vực lân cận.

(không có tham số)

biến đổi Biến đổi hình ảnh đầu vào với phép biến đổi đã cho, các tham số được hỗ trợ
là:

hồ sơ = (đầu vào, bắt buộc, chuỗi)
Tên của tệp chứa phép biến đổi ..

biên giới =; dây
ghi đè các điều kiện biên nội suy hình ảnh.

hạt nhân hình ảnh =; dây
ghi đè nhân nội suy hình ảnh.

không đúng Bộ lọc phương sai hình ảnh 3D, các thông số được hỗ trợ là:

w = 1; int trong [1, inf)
một nửa chiều rộng bộ lọc.

ws phân đoạn đầu nguồn cơ bản., các tham số được hỗ trợ là:

thang máy = 0; bool
Đặt thành 1 nếu hình ảnh đầu vào không đại diện cho hình ảnh chuẩn độ dốc.

dấu = 0; bool
Đánh dấu các lưu vực được phân đoạn bằng giá trị thang màu xám đặc biệt.

n = [hình cầu: r = 1]; xưởng sản xuất
Vùng lân cận vùng đầu nguồn ngày càng phát triển. Để biết các plugin được hỗ trợ, hãy xem
PLUGINS: 3dimage / shape

đập mạnh = 0; float trong [0, 1)
Ngưỡng định mức gradient tương đối. Giá trị ngưỡng giá trị thực tế là
thresh * (max_grad - min_grad) + min_grad. Các âm trầm được phân tách bằng các gradient
với định mức thấp hơn sẽ được tham gia.

BỔ SUNG: 3dimage / fullcost

hình ảnh Chức năng chi phí tương tự hình ảnh tổng quát cũng xử lý đa độ phân giải
Chế biến. Phép đo độ tương tự thực tế được cung cấp thêm tham số.,
các tham số được hỗ trợ là:

chi phí = ssd; xưởng sản xuất
Hạt nhân hàm chi phí. Để biết các plugin được hỗ trợ, hãy xem PLUGINS: 3dimage / cost

gỡ lỗi = 0; bool
Lưu các vị trí trung gian để gỡ lỗi.

ref = (đầu vào, chuỗi)
Hình ảnh tham chiếu.

src = (đầu vào, chuỗi)
Nghiên cứu hình ảnh.

trọng lượng = 1; trôi nổi
trọng số của hàm chi phí.

hình ảnh
Hàm chi phí tương tự ánh xạ nhãn của hai hình ảnh và xử lý nhãn-
duy trì quá trình xử lý đa độ phân giải., các tham số được hỗ trợ là:

nhãn tối đa = 256; int trong [2, 32000]
số lượng nhãn tối đa cần xem xét.

ref = (đầu vào, chuỗi)
Hình ảnh tham chiếu.

src = (đầu vào, chuỗi)
Nghiên cứu hình ảnh.

trọng lượng = 1; trôi nổi
trọng số của hàm chi phí.

hình ảnh mặt nạ
Hàm chi phí tương tự hình ảnh được che mặt nạ tổng quát cũng xử lý đa
xử lý độ phân giải. Các mặt nạ được cung cấp phải được lấp đầy bởi các khu vực
xử lý đa độ phân giải vì nếu không thông tin mặt nạ có thể bị mất
khi giảm tỷ lệ hình ảnh. Mặt nạ có thể được lọc trước - sau khi lọc trước
các mặt nạ phải thuộc loại bit. Mặt nạ tham chiếu và mặt nạ đã biến đổi của
hình ảnh nghiên cứu được kết hợp bởi AND nhị phân. Phép đo độ tương đồng thực tế được đưa ra
es tham số phụ., các tham số được hỗ trợ là:

chi phí = ssd; xưởng sản xuất
Hạt nhân hàm chi phí. Để biết các plugin được hỗ trợ, hãy xem
PLUGINS: 3dimage / maskedcost

ref = (đầu vào, chuỗi)
Hình ảnh tham chiếu.

mặt nạ tái tạo = (đầu vào, chuỗi)
Mặt nạ hình ảnh tham chiếu (nhị phân).

ref-mask-bộ lọc =; xưởng sản xuất
Bộ lọc để chuẩn bị hình ảnh mặt nạ tham chiếu, đầu ra phải là một tệp nhị phân
hình ảnh .. Để biết các plugin được hỗ trợ, hãy xem PLUGINS: 3dimage / filter

src = (đầu vào, chuỗi)
Nghiên cứu hình ảnh.

src-mặt nạ = (đầu vào, chuỗi)
Nghiên cứu mặt nạ hình ảnh (nhị phân).

src-mặt nạ-bộ lọc =; xưởng sản xuất
Bộ lọc để chuẩn bị hình ảnh mặt nạ nghiên cứu, đầu ra phải là tệp nhị phân
hình ảnh .. Để biết các plugin được hỗ trợ, hãy xem PLUGINS: 3dimage / filter

trọng lượng = 1; trôi nổi
trọng số của hàm chi phí.

được gắn thẻssd Đánh giá mức độ tương tự Sự khác biệt tổng bình phương bằng cách sử dụng ba
các cặp hình ảnh được gắn thẻ. Giá trị hàm chi phí được đánh giá dựa trên tất cả hình ảnh
các cặp, nhưng gradient được tạo ra bằng cách tạo thành phần của nó dựa trên thẻ
hướng., các tham số được hỗ trợ là:

giới thiệu lại = (đầu vào, chuỗi)
Hình ảnh tham chiếu X-tag.

từ chối = (đầu vào, chuỗi)
Hình ảnh tham chiếu Y-tag.

giới thiệu lại = (đầu vào, chuỗi)
Hình ảnh tham chiếu Z-tag.

srcx = (đầu vào, chuỗi)
Nghiên cứu thẻ X hình ảnh.

đáng yêu = (đầu vào, chuỗi)
Nghiên cứu thẻ Y hình ảnh.

srcz = (đầu vào, chuỗi)
Nghiên cứu thẻ chữ Z hình ảnh.

trọng lượng = 1; trôi nổi
trọng số của hàm chi phí.

BỔ SUNG: 3dimage / io

phân tích Phân tích hình ảnh 7.5

Các phần mở rộng tệp được công nhận: .HDR, .hdr

Các loại phần tử được hỗ trợ:
không dấu 8 bit, có dấu 16 bit, có dấu 32 bit, dấu phẩy động 32 bit,
dấu phẩy động 64 bit

kho dữ liệu IO ảo đến và đi từ nhóm dữ liệu nội bộ

Phần mở rộng tệp được công nhận:. @

đi đôi Chuỗi hình ảnh Dicom dưới dạng 3D

Các phần mở rộng tệp được công nhận: .DCM, .dcm

Các loại phần tử được hỗ trợ:
đã ký 16 bit, 16 bit chưa ký

hdf5 IO hình ảnh HDF5 3D

Các phần mở rộng tệp được công nhận: .H5, .h5

Các loại phần tử được hỗ trợ:
dữ liệu nhị phân, có dấu 8 bit, 8 bit không dấu, 16 bit có dấu, 16 bit chưa dấu,
có dấu 32 bit, không dấu 32 bit, có dấu 64 bit, không dấu 64 bit, nổi
dấu phẩy 32 bit, dấu phẩy động 64 bit

inria INRIA hình ảnh

Các phần mở rộng tệp được công nhận: .INR, .inr

Các loại phần tử được hỗ trợ:
đã ký 8 bit, chưa ký 8 bit, đã ký 16 bit, chưa ký 16 bit, đã ký 32
bit, không dấu 32 bit, dấu phẩy động 32 bit, dấu phẩy động 64 bit

mhd IO hình ảnh MetaIO 3D sử dụng triển khai VTK (thử nghiệm).

Các phần mở rộng tệp được công nhận: .MHA, .MHD, .mha, .mhd

Các loại phần tử được hỗ trợ:
đã ký 8 bit, chưa ký 8 bit, đã ký 16 bit, chưa ký 16 bit, đã ký 32
bit, không dấu 32 bit, dấu phẩy động 32 bit, dấu phẩy động 64 bit

nifti IO hình ảnh 1D NIFTI-3

Phần mở rộng tệp được công nhận: .NII, .nii

Các loại phần tử được hỗ trợ:
đã ký 8 bit, chưa ký 8 bit, đã ký 16 bit, chưa ký 16 bit, đã ký 32
bit, không dấu 32 bit, có dấu 64 bit, không dấu 64 bit, dấu phẩy động 32
bit, dấu phẩy động 64 bit

vff Định dạng raster VFF Sun

Các phần mở rộng tệp được công nhận: .VFF, .vff

Các loại phần tử được hỗ trợ:
không dấu 8 bit, có dấu 16 bit

vista Chế độ xem 3D

Các phần mở rộng tệp được công nhận: .V, .VISTA, .v, .vista

Các loại phần tử được hỗ trợ:
dữ liệu nhị phân, có dấu 8 bit, 8 bit không dấu, 16 bit có dấu, 16 bit chưa dấu,
có dấu 32 bit, không dấu 32 bit, dấu phẩy động 32 bit, dấu phẩy động 64
bit

vti Hình ảnh 3D VTK-XML vào và ra (thử nghiệm).

Các phần mở rộng tệp được công nhận: .VTI, .vti

Các loại phần tử được hỗ trợ:
đã ký 8 bit, chưa ký 8 bit, đã ký 16 bit, chưa ký 16 bit, đã ký 32
bit, không dấu 32 bit, dấu phẩy động 32 bit, dấu phẩy động 64 bit

vtk Di sản hình ảnh 3D VTK vào và ra (thử nghiệm).

Các phần mở rộng tệp được công nhận: .VTK, .VTKIMAGE, .vtk, .vtkimage

Các loại phần tử được hỗ trợ:
dữ liệu nhị phân, có dấu 8 bit, 8 bit không dấu, 16 bit có dấu, 16 bit chưa dấu,
có dấu 32 bit, không dấu 32 bit, dấu phẩy động 32 bit, dấu phẩy động 64
bit

BỔ SUNG: 3dimage / maskedcost

lnc tương quan chéo chuẩn hóa cục bộ với hỗ trợ tạo mặt nạ., các tham số được hỗ trợ
là:

w = 5; uint trong [1, 256]
một nửa chiều rộng của cửa sổ được sử dụng để đánh giá dấu chéo được bản địa hóa
tương quan.

mi Thông tin tương hỗ dựa trên spline parzen với mặt nạ., Các tham số được hỗ trợ là:

cắt = 0; float trong [0, 40]
Phần trăm pixel cần cắt ở cường độ cao và thấp để loại bỏ
những ngoại lệ.

mbin = 64; uint trong [1, 256]
Số lượng ngăn biểu đồ được sử dụng cho hình ảnh chuyển động.

hạt nhân = [bspline: d = 3]; xưởng sản xuất
Hạt nhân Spline cho hình ảnh chuyển động parzen hinstogram. Đối với các trình cắm được hỗ trợ
xem PLUGINS: 1d / splinekernel

rbin = 64; uint trong [1, 256]
Số lượng ngăn biểu đồ được sử dụng cho hình ảnh tham chiếu.

hạt nhân = [bspline: d = 0]; xưởng sản xuất
Nhân spline cho hình ảnh tham chiếu parzen hinstogram. Đối với plug-in được hỗ trợ-
trong xem PLUGINS: 1d / splinekernel

NCC tương quan chéo chuẩn hóa với hỗ trợ che.

(không có tham số)

SSD Tổng của sự khác biệt bình phương với mặt nạ.

(không có tham số)

BỔ SUNG: Hình ảnh / hình dạng 3d

18n Bộ tạo hình dạng 18D khu phố 3n

(không có tham số)

26n Bộ tạo hình dạng 26D khu phố 3n

(không có tham số)

6n Bộ tạo hình dạng 6D khu phố 3n

(không có tham số)

hình cầu Vùng lân cận hình cầu khép kín bao gồm các pixel trong bán kính nhất định
r., các tham số được hỗ trợ là:

r = 2; float trong (0, inf)
bán kính mặt cầu.

BỔ SUNG: 3dimage / biến đổi

tinh Biến đổi liên kết (12 bậc tự do), các tham số được hỗ trợ là:

biên giới = gương soi; xưởng sản xuất
điều kiện biên nội suy ảnh. Để biết các plugin được hỗ trợ, hãy xem
PLUGINS: 1d / splinebc

hạt nhân hình ảnh = [bspline: d = 3]; xưởng sản xuất
nhân nội suy hình ảnh. Để biết các plugin được hỗ trợ, hãy xem
PLUGINS: 1d / splinekernel

trục quay Phép biến đổi quay hạn chế (1 bậc tự do). Sự biến đổi là
bị hạn chế đối với phép quay quanh trục đã cho về phép quay đã cho
trung tâm, các thông số được hỗ trợ là:

trục = (bắt buộc, 3dfvector)
Trục xoay.

biên giới = gương soi; xưởng sản xuất
điều kiện biên nội suy ảnh. Để biết các plugin được hỗ trợ, hãy xem
PLUGINS: 1d / splinebc

hạt nhân hình ảnh = [bspline: d = 3]; xưởng sản xuất
nhân nội suy hình ảnh. Để biết các plugin được hỗ trợ, hãy xem
PLUGINS: 1d / splinekernel

nguồn gốc = (bắt buộc, 3dfvector)
tâm của phép biến hình.

tinh Phép biến đổi affine hạn chế (3 bậc tự do). Sự biến đổi là
bị hạn chế quay quanh trục đã cho và cắt dọc theo hai trục
vuông góc với cái đã cho, các tham số được hỗ trợ là:

trục = (bắt buộc, 3dfvector)
Trục xoay.

biên giới = gương soi; xưởng sản xuất
điều kiện biên nội suy ảnh. Để biết các plugin được hỗ trợ, hãy xem
PLUGINS: 1d / splinebc

hạt nhân hình ảnh = [bspline: d = 3]; xưởng sản xuất
nhân nội suy hình ảnh. Để biết các plugin được hỗ trợ, hãy xem
PLUGINS: 1d / splinekernel

nguồn gốc = (bắt buộc, 3dfvector)
tâm của phép biến hình.

cứng nhắc Phép biến đổi cứng, tức là phép quay và phép tịnh tiến (sáu bậc tự do).,
các tham số được hỗ trợ là:

biên giới = gương soi; xưởng sản xuất
điều kiện biên nội suy ảnh. Để biết các plugin được hỗ trợ, hãy xem
PLUGINS: 1d / splinebc

hạt nhân hình ảnh = [bspline: d = 3]; xưởng sản xuất
nhân nội suy hình ảnh. Để biết các plugin được hỗ trợ, hãy xem
PLUGINS: 1d / splinekernel

nguồn gốc = [[0,0,0]]; 3dfvector
Tâm quay tương đối, tức là <0.5,0.5,0.5> tương ứng với tâm của
âm lượng.

luân chuyển Phép biến đổi quay (ba bậc tự do)., Các tham số được hỗ trợ là:

biên giới = gương soi; xưởng sản xuất
điều kiện biên nội suy ảnh. Để biết các plugin được hỗ trợ, hãy xem
PLUGINS: 1d / splinebc

hạt nhân hình ảnh = [bspline: d = 3]; xưởng sản xuất
nhân nội suy hình ảnh. Để biết các plugin được hỗ trợ, hãy xem
PLUGINS: 1d / splinekernel

nguồn gốc = [[0,0,0]]; 3dfvector
Tâm quay tương đối, tức là <0.5,0.5,0.5> tương ứng với tâm của
âm lượng.

xoay người Biến đổi hạn chế (4 bậc tự do). Sự biến đổi là
bị hạn chế quay quanh trục x và y và uốn dọc theo x
trục, không cố định theo mỗi hướng, với độ uốn tăng lên với
khoảng cách bình phương từ trục quay., các tham số được hỗ trợ là:

biên giới = gương soi; xưởng sản xuất
điều kiện biên nội suy ảnh. Để biết các plugin được hỗ trợ, hãy xem
PLUGINS: 1d / splinebc

hạt nhân hình ảnh = [bspline: d = 3]; xưởng sản xuất
nhân nội suy hình ảnh. Để biết các plugin được hỗ trợ, hãy xem
PLUGINS: 1d / splinekernel

norot = 0; bool
Không tối ưu hóa vòng quay.

nguồn gốc = (bắt buộc, 3dfvector)
tâm của phép biến hình.

lươi gà Phép biến đổi dạng tự do có thể được mô tả bằng tập hợp các hệ số B-spline
và một nhân B-spline bên dưới., các tham số được hỗ trợ là:

cách ly = [[0,0,0]]; 3dfvector
tỷ lệ hệ số dị hướng tính bằng pixel, các giá trị không dương tính sẽ là
bị ghi đè bởi giá trị 'tỷ lệ' ..

gỡ lỗi = 0; bool
cho phép đầu ra gỡ lỗi bổ sung.

biên giới = gương soi; xưởng sản xuất
điều kiện biên nội suy ảnh. Để biết các plugin được hỗ trợ, hãy xem
PLUGINS: 1d / splinebc

hạt nhân hình ảnh = [bspline: d = 3]; xưởng sản xuất
nhân nội suy hình ảnh. Để biết các plugin được hỗ trợ, hãy xem
PLUGINS: 1d / splinekernel

hạt nhân = [bspline: d = 3]; xưởng sản xuất
nhân spline biến đổi. Để biết các plugin được hỗ trợ, hãy xem
PLUGINS: 1d / splinekernel

hình phạt =; xưởng sản xuất
hạn năng lượng hình phạt chuyển hóa. Để biết các plugin được hỗ trợ, hãy xem
PLUGINS: 3dtransform / splinepenalty

tỷ lệ = 10; float trong [1, inf)
tỷ lệ hệ số đẳng hướng tính bằng pixel.

dịch Phép dịch (ba bậc tự do), các tham số được hỗ trợ là:

biên giới = gương soi; xưởng sản xuất
điều kiện biên nội suy ảnh. Để biết các plugin được hỗ trợ, hãy xem
PLUGINS: 1d / splinebc

hạt nhân hình ảnh = [bspline: d = 3]; xưởng sản xuất
nhân nội suy hình ảnh. Để biết các plugin được hỗ trợ, hãy xem
PLUGINS: 1d / splinekernel

vf Trình cắm này thực hiện một phép chuyển đổi xác định một bản dịch cho mỗi
điểm của lưới xác định miền của chuyển đổi., được hỗ trợ
tham số là:

biên giới = gương soi; xưởng sản xuất
điều kiện biên nội suy ảnh. Để biết các plugin được hỗ trợ, hãy xem
PLUGINS: 1d / splinebc

hạt nhân hình ảnh = [bspline: d = 3]; xưởng sản xuất
nhân nội suy hình ảnh. Để biết các plugin được hỗ trợ, hãy xem
PLUGINS: 1d / splinekernel

BỔ SUNG: 3dtransform / io

bbs IO tuần tự nhị phân (không di động) của các phép biến đổi 3D

Phần mở rộng tệp được công nhận: .bbs

kho dữ liệu IO ảo đến và đi từ nhóm dữ liệu nội bộ

Phần mở rộng tệp được công nhận:. @

vista Vista lưu trữ các phép biến đổi 3D

Các phần mở rộng tệp được công nhận: .v, .v3dt

xml IO được tuần tự hóa XML của các phép biến đổi 3D

Phần mở rộng tệp được công nhận: .x3dt

BỔ SUNG: 3dtransform / splinepenalty

tiết lộ hình phạt divcurl khi chuyển đổi, các tham số được hỗ trợ là:

quăn lại = 1; float trong [0, inf)
trọng lượng phạt trên cuộn tròn.

div = 1; float trong [0, inf)
trọng số phạt về phân kỳ.

định mức = 0; bool
Đặt thành 1 nếu hình phạt phải được chuẩn hóa đối với hình ảnh
kích cỡ.

trọng lượng = 1; float trong (0, inf)
trọng lượng của năng lượng phạt.

BỔ SUNG: bộ giảm thiểu / chi phí đơn

gda Gradient descent với hiệu chỉnh kích thước bước tự động., Các thông số được hỗ trợ là:

ftolr = 0; nhân đôi trong [0, inf)
Dừng lại nếu bên dưới có sự thay đổi tương đối của tiêu chí ..

bước tối đa = 2; nhân đôi trong (0, inf)
Kích thước bước tối đa tuyệt đối.

tối đa = 200; uint trong [1, inf)
Tiêu chí dừng: số lần lặp tối đa.

bước tối thiểu = 0.1; nhân đôi trong (0, inf)
Kích thước bước tuyệt đối tối thiểu.

xtola = 0.01; nhân đôi trong [0, inf)
Dừng lại nếu giá trị thay đổi áp dụng cho x thấp hơn giá trị này ..

gdsq Gradient descent với ước tính bước bậc hai, các tham số được hỗ trợ là:

ftolr = 0; nhân đôi trong [0, inf)
Dừng lại nếu bên dưới có sự thay đổi tương đối của tiêu chí ..

gtola = 0; nhân đôi trong [0, inf)
Dừng lại nếu thông số của gradient thấp hơn giá trị này ..

tối đa = 100; uint trong [1, inf)
Tiêu chí dừng: số lần lặp tối đa.

tỉ lệ = 2; nhân đôi trong (1, inf)
Dự phòng chia tỷ lệ kích thước bước cố định.

bước = 0.1; nhân đôi trong (0, inf)
Kích thước bước ban đầu.

xtola = 0; nhân đôi trong [0, inf)
Dừng nếu thông tin cập nhật x thấp hơn giá trị này ..

gsl plugin tối ưu hóa dựa trên các trình tối ưu hóa nhiều phút của Thư viện Khoa học GNU
(GSL) https://www.gnu.org/software/gsl/, các tham số được hỗ trợ là:

eps = 0.01; nhân đôi trong (0, inf)
tối ưu hóa dựa trên gradient: dừng khi | grad | <eps, simplex: dừng khi
kích thước đơn giản <eps ..

lặp đi lặp lại = 100; uint trong [1, inf)
số lần lặp tối đa.

opt = gd; mệnh lệnh
Trình tối ưu hóa cụ thể sẽ được sử dụng .. Các giá trị được hỗ trợ là:
bạn thân - Broyden-Fletcher-Goldfarb-Shann
bạn trai2 - Broyden-Fletcher-Goldfarb-Shann (phiên bản hiệu quả nhất)
cg-fr - Thuật toán gradient liên hợp Flecher-Reeves
gd - Xuống dốc.
đơn giản - Thuật toán Simplex của Nelder và Mead
cg-pr - Thuật toán gradient liên hợp Polak-Ribiere

bước = 0.001; nhân đôi trong (0, inf)
kích thước bước ban đầu.

tol = 0.1; nhân đôi trong (0, inf)
một số thông số dung sai.

nlop Các thuật toán thu nhỏ sử dụng thư viện NLOPT, để mô tả
trình tối ưu hóa vui lòng xem 'http://ab-
Initio.mit.edu/wiki/index.php/NLopt_Algorithm ', các tham số được hỗ trợ là:

ftola = 0; nhân đôi trong [0, inf)
Tiêu chí dừng: sự thay đổi tuyệt đối của giá trị mục tiêu là bên dưới
giá trị này.

ftolr = 0; nhân đôi trong [0, inf)
Tiêu chí dừng: sự thay đổi tương đối của giá trị mục tiêu là bên dưới
giá trị này.

cao hơn = inf; kép
Ranh giới cao hơn (bằng nhau cho tất cả các tham số).

tùy chọn cục bộ = không có; mệnh lệnh
thuật toán giảm thiểu cục bộ có thể được yêu cầu cho chính
thuật toán tối thiểu hóa .. Các giá trị được hỗ trợ là:
gn-orig-direct-l - Hình chữ nhật phân chia (triển khai ban đầu,
thiên vị cục bộ)
gn-trực tiếp-l-noscal - Hình chữ nhật phân chia (không chia tỷ lệ, thiên vị cục bộ)
gn-isres - Cải thiện Chiến lược Tiến hóa Xếp hạng Stochastic
ld-tnewton - Newton đã cắt ngắn
gn-trực tiếp-l-rand - Hình chữ nhật phân chia (thiên vị cục bộ, ngẫu nhiên)
ln-newuoa - Không có phái sinh Tối ưu hóa không bị ràng buộc bằng cách lặp lại
Xấp xỉ bậc hai có cấu trúc
gn-direct-l-rand-noscale - Hình chữ nhật phân chia (không chia tỷ lệ, cục bộ
thiên vị, ngẫu nhiên)
gn-orig-trực tiếp - Hình chữ nhật phân chia (triển khai ban đầu)
ld-tnewton-precond - Newton cắt ngắn điều chỉnh trước
ld-tnewton-khởi động lại - Newton bị cắt ngắn với khởi động lại đoạn dốc nhất
gn-trực tiếp - Chia hình chữ nhật
ln-neldermead - Thuật toán đơn giản Nelder-Mead
ln-cobyla - Tối ưu hóa Ràng buộc BẰNG Phương pháp Xấp xỉ Tuyến tính
gn-crs2-lm - Tìm kiếm ngẫu nhiên có kiểm soát với đột biến cục bộ
ld-var2 - Đã thay đổi chỉ số biến bộ nhớ giới hạn, xếp hạng 2
ld-var1 - Đã thay đổi chỉ số biến bộ nhớ giới hạn, xếp hạng 1
ld-mma - Phương pháp di chuyển Asymptotes
ld-lbfgs-nocedal - Không có
ld-lbfgs - BFGS lưu trữ thấp
gn-trực tiếp-l - Hình chữ nhật phân chia (thiên vị cục bộ)
không ai - không chỉ định thuật toán
ln-bobyqa - Tối ưu hóa ràng buộc giới hạn không phái sinh
ln-sbplx - Biến thể Subplex của Nelder-Mead
ln-newuoa-ràng buộc - Tối ưu hóa giới hạn ràng buộc không phái sinh bởi
Xấp xỉ bậc hai được xây dựng lặp lại
trong thực tế - Tối ưu hóa cục bộ không có Gradient qua trục chính
Phương pháp
gn-trực tiếp-nosca - Hình chữ nhật phân chia (không chia tỷ lệ)
ld-tnewton-precond-khởi động lại - Newton được cắt bỏ điều kiện trước với
khởi động lại dốc nhất

thấp hơn = -inf; kép
Biên dưới (bằng nhau cho tất cả các tham số).

tối đa = 100; int trong [1, inf)
Tiêu chí dừng: số lần lặp tối đa.

opt = ld-lbfgs; mệnh lệnh
thuật toán tối thiểu hóa chính. Các giá trị được hỗ trợ là:
gn-orig-direct-l - Hình chữ nhật phân chia (triển khai ban đầu,
thiên vị cục bộ)
g-mlsl-lds - Liên kết đơn đa cấp (trình tự khác biệt thấp,
yêu cầu tối ưu hóa dựa trên gradient cục bộ và giới hạn)
gn-trực tiếp-l-noscal - Hình chữ nhật phân chia (không chia tỷ lệ, thiên vị cục bộ)
gn-isres - Cải thiện Chiến lược Tiến hóa Xếp hạng Stochastic
ld-tnewton - Newton đã cắt ngắn
gn-trực tiếp-l-rand - Hình chữ nhật phân chia (thiên vị cục bộ, ngẫu nhiên)
ln-newuoa - Không có phái sinh Tối ưu hóa không bị ràng buộc bằng cách lặp lại
Xấp xỉ bậc hai có cấu trúc
gn-direct-l-rand-noscale - Hình chữ nhật phân chia (không chia tỷ lệ, cục bộ
thiên vị, ngẫu nhiên)
gn-orig-trực tiếp - Hình chữ nhật phân chia (triển khai ban đầu)
ld-tnewton-precond - Newton cắt ngắn điều chỉnh trước
ld-tnewton-khởi động lại - Newton bị cắt ngắn với khởi động lại đoạn dốc nhất
gn-trực tiếp - Chia hình chữ nhật
auglag-eq - Thuật toán Lagrangian tăng cường với các ràng buộc bình đẳng
có thể
ln-neldermead - Thuật toán đơn giản Nelder-Mead
ln-cobyla - Tối ưu hóa Ràng buộc BẰNG Phương pháp Xấp xỉ Tuyến tính
gn-crs2-lm - Tìm kiếm ngẫu nhiên có kiểm soát với đột biến cục bộ
ld-var2 - Đã thay đổi chỉ số biến bộ nhớ giới hạn, xếp hạng 2
ld-var1 - Đã thay đổi chỉ số biến bộ nhớ giới hạn, xếp hạng 1
ld-mma - Phương pháp di chuyển Asymptotes
ld-lbfgs-nocedal - Không có
g-mlsl - Liên kết đơn đa cấp (yêu cầu tối ưu hóa cục bộ và
giới hạn)
ld-lbfgs - BFGS lưu trữ thấp
gn-trực tiếp-l - Hình chữ nhật phân chia (thiên vị cục bộ)
ln-bobyqa - Tối ưu hóa ràng buộc giới hạn không phái sinh
ln-sbplx - Biến thể Subplex của Nelder-Mead
ln-newuoa-ràng buộc - Tối ưu hóa giới hạn ràng buộc không phái sinh bởi
Xấp xỉ bậc hai được xây dựng lặp lại
Auglag - Thuật toán Lagrangian tăng cường
trong thực tế - Tối ưu hóa cục bộ không có Gradient qua trục chính
Phương pháp
gn-trực tiếp-nosca - Hình chữ nhật phân chia (không chia tỷ lệ)
ld-tnewton-precond-khởi động lại - Newton được cắt bỏ điều kiện trước với
khởi động lại dốc nhất
ld-slsqp - Lập trình bậc hai ít nhất bình phương tuần tự

bước = 0; nhân đôi trong [0, inf)
Kích thước bước ban đầu cho các phương pháp miễn phí gradient.

dừng lại = -inf; kép
Tiêu chí dừng: giá trị hàm giảm xuống dưới giá trị này.

xtola = 0; nhân đôi trong [0, inf)
Tiêu chí dừng: sự thay đổi tuyệt đối của tất cả các giá trị x nằm dưới mức này
giá trị.

xtolr = 0; nhân đôi trong [0, inf)
Tiêu chí dừng: sự thay đổi tương đối của tất cả các giá trị x nằm dưới mức này
giá trị.

THÍ DỤ

Đăng ký chuỗi hình ảnh được cung cấp bởi hình ảnh imageXXXX.v bằng cách tối ưu hóa dựa trên spline
chuyển đổi với tỷ lệ hệ số 16 pixel, bỏ qua hai hình ảnh ở đầu
và sử dụng các trường gradient chuẩn hóa làm thước đo chi phí ban đầu và SSD làm thước đo cuối cùng.
Phạt phép biến đổi bằng cách sử dụng divcurl với trọng số là 2.0. Là trình tối ưu hóa một nlopt
dựa trên phương pháp newton được sử dụng.

mia-3dprealign-nonrigid mia-3dprealign-nonrigid -i imageXXXX.v -o đã đăng ký -t vista -k
2-F spline: rate = 16, penalty = [divcurl: weight = 2] -1 hình ảnh: cost = [ngf: eval = ds] -2
hình ảnh: cost = ssd -O nlopt: opt = ld-var1, xtola = 0.001, ftolr = 0.001, maxiter = 300

(Các) TÁC GIẢ

Gert Wollny

BẢN QUYỀN

Phần mềm này là Bản quyền (c) 1999‐2015 Leipzig, Đức và Madrid, Tây Ban Nha. Nó đến
với TUYỆT ĐỐI KHÔNG CÓ BẢO HÀNH và bạn có thể phân phối lại nó theo các điều khoản của GNU
GIẤY PHÉP CÔNG CỘNG CHUNG Phiên bản 3 (hoặc mới hơn). Để biết thêm thông tin, hãy chạy chương trình với
tùy chọn '--copyright'.

Sử dụng mia-3dprealign-nonrigid trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net