mkdssp - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

mkdssp - Tính toán cấu trúc thứ cấp cho protein trong tệp PDB

SYNOPSIS

mkdsp [TÙY CHỌN] pdbfile [dsspfile]

MÔ TẢ

Sản phẩm mkdsp chương trình ban đầu được thiết kế bởi Wolfgang Kabsch và Chris Sander để
chuẩn hóa sự phân công cấu trúc thứ cấp. DSSP là một cơ sở dữ liệu của cấu trúc thứ cấp
nhiệm vụ (và nhiều hơn nữa) cho tất cả các mục nhập protein trong Ngân hàng dữ liệu protein (PDB) và
mkdsp là ứng dụng tính toán các mục DSSP từ các mục PDB. Xin lưu ý
việc này mkdsp làm không dự đoán cấu trúc thứ cấp.

LỰA CHỌN

Nếu bạn gọi mkdsp chỉ với một tham số, nó sẽ được hiểu là tệp PDB để
quy trình và đầu ra sẽ được gửi đến stdout. Nếu tham số thứ hai được chỉ định thì đây là
được hiểu là tên của tệp DSSP cần tạo. Cả tệp đầu vào và tệp đầu ra
tên có thể có .gz hoặc .bz2 là phần mở rộng dẫn đến việc nén thích hợp.

-i, --đầu vào tên tập tin
Tên tệp của một PDB tệp được định dạng chứa dữ liệu cấu trúc protein. Cái này
tệp có thể là tệp được nén bởi gzip hoặc bzip2.

-o, - đầu ra tên tập tin
Tên tệp của một DSSP tệp để tạo. Nếu tên tệp kết thúc bằng .gz hoặc .bz2 a
tập tin nén được tạo.

-v, --dài dòng
Viết ra thông tin chẩn đoán.

--phiên bản
In số phiên bản và thoát.

-h, --Cứu giúp
In thông báo trợ giúp và thoát. Thư mục chứa các tập lệnh phân tích cú pháp cho
Bà.

LÝ THUYẾT

Chương trình DSSP hoạt động bằng cách tính toán việc gán cấu trúc thứ cấp có khả năng xảy ra nhất
cấu trúc 3D của protein. Nó thực hiện điều này bằng cách đọc vị trí của các nguyên tử trong
protein (ATOM ghi lại trong một tệp PDB) sau đó là tính toán năng lượng liên kết H
giữa tất cả các nguyên tử. Sau đó, hai liên kết H tốt nhất cho mỗi nguyên tử được sử dụng để xác định
có khả năng là lớp cấu trúc thứ cấp cho mỗi phần dư trong protein.

Điều này có nghĩa là bạn cần phải có cấu trúc 3D đầy đủ và hợp lệ cho một protein để có thể
tính toán kết cấu thứ cấp. Không có phép thuật nào trong DSSP, vì vậy, ví dụ như nó không thể đoán được
cấu trúc thứ cấp cho một protein đột biến mà bạn không có cấu trúc 3D.

DSSP FILE FORMAT

Phần tiêu đề của mỗi tệp DSSP tự giải thích, nó chứa một số thông tin
được sao chép từ tệp PDB và có một số thống kê được thu thập trong khi tính toán
cấu trúc thứ cấp.

Nửa sau của tệp chứa thông tin cấu trúc phụ được tính toán cho mỗi
phần còn lại. Những gì sau đây là một giải thích ngắn gọn cho mỗi cột.

Cột Họ tên Mô tả
... ────────────────────────────────
# Số cặn được tính bằng mkdssp
RESIDUE Số lượng cặn như được chỉ định bởi tệp PDB
theo sau là một số nhận dạng chuỗi.

AA Mã một chữ cái cho axit amin. Nếu điều này
chữ cái là chữ thường, điều này có nghĩa là đây là một
cysteine ​​tạo thành cầu nối lưu huỳnh với
axit amin khác trong cột này với cùng
chữ cái thường.
CẤU TRÚC Đây là một cột phức tạp chứa nhiều phụ
cột. Cột đầu tiên chứa một chữ cái
cho biết cấu trúc phụ được chỉ định cho
cặn này. Giá trị hợp lệ là:
Mã Mô tả
Chuỗi xoắn H Alpha
Cầu B Beta
E sợi
G Helix-3
Tôi Helix-5
T rẽ
uốn cong chữ S
Điều gì sau đây là ba cột cho biết
mỗi loại trong số ba loại xoắn (3, 4 và 5)
liệu cặn này có phải là một ứng cử viên trong việc hình thành
vòng xoắn này. MỘT > ký tự cho biết nó bắt đầu một
xoắn, một con số cho biết nó nằm bên trong một
xoắn và một < ký tự có nghĩa là nó kết thúc chuỗi xoắn.
Cột tiếp theo chứa ký tự S nếu điều này
dư lượng là một khúc quanh có thể xảy ra.
Sau đó, có một cột chỉ ra sự chirality
và điều này có thể là tích cực hoặc tiêu cực
(nghĩa là xoắn alpha là dương hoặc
phủ định).
Hai cột cuối cùng chứa nhãn cầu beta.
Chữ thường ở đây có nghĩa là cầu song song và do đó
chữ hoa có nghĩa là chống song song.
BP1 và BP2 Ứng cử viên của cặp cầu đầu tiên và thứ hai, cái này
theo sau là một chữ cái chỉ trang tính.
ACC Khả năng tiếp cận của cặn này, đây là
diện tích bề mặt được biểu thị bằng hình vuông Åtừ đó
có thể được tiếp cận bởi một phân tử nước.
NH -> O..O -> HN Bốn cột, mỗi cột cho dư vào
Năng lượng liên kết H với một phần dư khác trong đó
dư lượng hiện tại là người chấp nhận hoặc nhà tài trợ.
Mỗi cột chứa hai số, đầu tiên là
một sự bù đắp từ phần dư hiện tại đến
dư lượng đối tác trong liên kết H này (trong DSSP
đánh số), số thứ hai là số được tính toán
năng lượng cho liên kết H này.
TCO Tính cosin của góc giữa C = O của
dư lượng hiện tại và C = O của dư lượng trước đó. Vì
xoắn alpha, TCO gần +1, đối với trang tính beta
TCO gần -1. Không được sử dụng cho cấu trúc
Định nghĩa.
Kappa Góc liên kết ảo (góc uốn cong) được xác định bởi
ba nguyên tử C-alpha của dòng dư
- 2, hiện tại và hiện tại + 2. Được sử dụng để xác định
uốn cong (mã cấu trúc 'S').
Góc xoắn của peptit PHI và PSI IUPAC.
X-CA, Y-CA và Z-CA Tọa độ C-alpha

LỊCH SỬ

Ứng dụng DSSP ban đầu được viết bởi Wolfgang Kabsch và Chris Sander bằng Pascal.
Phiên bản này là một bản viết lại hoàn toàn bằng C ++ dựa trên mã nguồn ban đầu. Một vài lỗi
đã được sửa kể từ đó và các thuật toán đã được tinh chỉnh ở đây và ở đó.

ALL

Mã rất cần được cập nhật. Điều đầu tiên cần triển khai là
cải thiện khả năng nhận dạng của các vòng xoắn pi. Cải tiến thứ hai là sử dụng góc phụ thuộc
Tính năng lượng liên kết H.

Sử dụng mkdssp trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net