nipy_tsdiffana - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

nipy_tsdiffana - Phân tích, vẽ biểu đồ số liệu chênh lệch chuỗi thời gian

MÔ TẢ

cách sử dụng: nipy_tsdiffana [-h] [--out-file OUT_FILE] [--write-results]

[--đường ra OUT_PATH]
[--out-fname-nhãn OUT_FNAME_LABEL] [--time-axis TIME_AXIS] [--slice-axis
SLICE_AXIS] tên tệp

Phân tích, vẽ biểu đồ số liệu chênh lệch chuỗi thời gian

vị trí tranh luận:
tên tập tin
Tên tệp hình ảnh 4D

không bắt buộc tranh luận:
-h, --Cứu giúp
hiển thị thông báo trợ giúp này và thoát

- out-file OUT_FILE
tệp đồ họa để ghi vào thay vì để hình ảnh trên màn hình

- ghi kết quả
nếu được chỉ định, hãy ghi hình ảnh chẩn đoán và biến phân tích, vẽ biểu đồ vào OUT_PATH.
Không tương thích lẫn nhau với OUT_FILE

- out-path OUT_PATH
đường dẫn cho các tệp hình ảnh đầu ra (mặc định từ đường dẫn FILENAME

--out-fname-nhãn OUT_FNAME_LABEL
phần giữa của tên tệp hình ảnh / âm mưu đầu ra

- trục thời gian TIME_AXIS
Trục hình ảnh cho thời gian

--slice-trục SLICE_AXIS
Trục hình ảnh cho lát cắt

nipy_tsdiffana chạy thuật toán chu vi chuỗi thời gian trên khối lượng hình ảnh 4D, thường và
Âm lượng FMRI.

Nó hoạt động ở một trong ba chế độ:

* tương tác: biểu đồ chênh lệch chuỗi thời gian xuất hiện trên màn hình. Đây là

chế độ mặc định

* không tương tác, chỉ cốt truyện: viết cốt truyện chênh lệch chuỗi thời gian vào đồ họa

tập tin. Sử dụng "--out-file = "tùy chọn để kích hoạt chế độ này

* không tương tác, ghi âm mưu, hình ảnh và các biến: ghi âm mưu vào tệp, và

ghi các biến và hình ảnh chẩn đoán đã tạo vào tệp. Sử dụng
Cờ "--write-results" để kích hoạt tùy chọn này. Các tên tệp được tạo đến từ
kết quả của các tùy chọn "--out-path" và "--out-fname-label" (xem trợ giúp).

Tùy chọn ghi kết quả, tệp đã tạo -------------------------------------

Khi thực hiện phân tích thời điểm, chúng tôi sẽ tạo ra sự khác biệt giữa mỗi lần
điểm và thời điểm tiếp theo trong chuỗi. Nếu chúng ta có khối lượng T thì sẽ có
(T-1) khối lượng chênh lệch. Gọi vectơ của khối lượng chênh lệch là DV và vectơ đầu tiên
chênh lệch âm lượng DV [0]. Vì vậy, DV [0] là kết quả từ phép trừ của tập thứ hai trong 4D
hình ảnh đầu vào từ tập đầu tiên trong hình ảnh đầu vào 4D. Các giá trị bình phương của phần tử khôn ngoan
từ DV [0] là * DV2 [0] *.

Các hình ảnh sau đây sẽ được tạo ra. là phần mở rộng tên tệp đầu vào (ví dụ:
'.nii'):

* "dv2_max_ ": Khối lượng hình ảnh 3D, nơi mỗi lát S được cắt từ

tất cả DV2 [0] (lát S) điều khiển DV2 [T-1] (lát S) có tổng tối đa
giá trị bình phương. Tập này đưa ra ý tưởng về các lát xấu nhất (chênh lệch cao nhất)
trên toàn bộ chuỗi thời gian.

* "dv2_mean_ ": giá trị trung bình của tất cả các tập DV2 DV2 [0] .. DV [T-1]

trên thứ nguyên khối lượng (thời gian).
Giá trị voxel cao hơn trong tập này có nghĩa là

rằng sự khác biệt giữa thời gian và thời điểm có xu hướng cao trong voxel này.

Chúng tôi cũng viết tín hiệu trung bình tại mỗi thời điểm và sự khác biệt bình phương trung bình giữa
từng lát theo thời gian, dưới dạng các biến đối với tệp 'npz' có tên "tsdiff_ .npz"

Tên tệp cho các đầu ra có dạng /
ở đâu là đường dẫn được chỉ định bởi - out-path tùy chọn hoặc đường dẫn của đầu vào
tên tập tin; là một trong những tiền tố tiêu chuẩn ở trên, được đưa ra bởi
- nhãn ngoàihoặc theo tên tệp của hình ảnh đầu vào (đã xóa đường dẫn và phần mở rộng), và
là '.png' cho đồ họa hoặc phần mở rộng của tên tệp đầu vào cho âm lượng
hình ảnh. Ví dụ: chỉ xác định tên tệp đầu vào `` / some / path / fname.img '' sẽ
tạo tên tệp có dạng `` /some/path/tsdiff_fname.png,
/ some / path / dv2_max_fname.img``, v.v.

Sử dụng nipy_tsdiffana trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net