primer3_core - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

primer3_core - Thiết kế mồi cho PCR

SYNOPSIS

mồi3_core [-format_output] [-strict_tags] [ tập tin đầu vào]

MÔ TẢ

primer3_core chọn mồi cho phản ứng PCR, coi như tiêu chuẩn oligonucleotide
nhiệt độ nóng chảy, kích thước, hàm lượng GC và khả năng sơn lót, kích thước sản phẩm PCR,
các ràng buộc vị trí trong chuỗi nguồn và các ràng buộc khác.

Theo mặc định, primer3_core chấp nhận đầu vào và tạo ra đầu ra ở định dạng Boulder-io, một dạng tiền XML
định dạng đầu vào / đầu ra dựa trên văn bản cho định dạng trao đổi dữ liệu chương trình sang chương trình. Các
Định dạng Boulder-io và các lệnh mà primer3_core hiểu được mô tả trong
README tệp này trên hệ thống Debian có thể được tìm thấy trong / usr / share / doc / primer3 /.

LỰA CHỌN

-format_output
In báo cáo hướng đến người dùng hơn cho từng trình tự.

-thẻ_nghiêm ngặt
primer3_core lặp lại và bỏ qua bất kỳ thẻ nào mà nó không nhận ra, trừ khi
-thẻ_nghiêm ngặt cờ được đặt trên dòng lệnh, trong trường hợp đó primer3_core in một
lỗi trong thẻ đầu ra PRIMER_ERROR và in thông tin bổ sung về stdout;
tùy chọn này có thể hữu ích cho việc gỡ lỗi các hệ thống kết hợp mồi.

Chú thích
Cờ cũ -2x_compat không còn được hỗ trợ.

EXIT TÌNH TRẠNG MÃ

· 0 trên hoạt động bình thường.

· -1 trong các điều kiện sau: đối số dòng lệnh bất hợp pháp, không thể fflush
stdout, không thể mở (để viết và tạo) tệp .for, .rev hoặc .int (có thể là
do sự cố bảo vệ).

· -2 khi hết bộ nhớ.

· -3 đầu vào trống.

· -4 lỗi trong thẻ đầu vào "Chung" (thông báo trong PRIMER_ERROR).

THAM KHẢO

Vui lòng trích dẫn Rozen, S., Skaletsky, H. "Primer3 trên WWW cho người dùng phổ thông và cho
các nhà lập trình sinh vật học. "Trong S. Krawetz và S. Misener, biên tập. Phương pháp Tin sinh học và
Các giao thức trong loạt bài Phương pháp sinh học phân tử. Humana Press, Totowa, NJ, 2000,
trang 365-386.

Sử dụng primer3_core trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net