Đây là lệnh ring3d có thể chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
giànns3d - tạo tệp hình tam giác lấp đầy vòng từ tệp PDB
SYNOPSIS
ring3d [-bases] [-protein] [-sugars] <infile.pdb> outfile.r3d
ring3d tìm kiếm thông qua tệp PDB để tìm các phần còn lại có chứa 5 hoặc 6-membered
đổ vòng, sau đó tạo ra tệp đầu ra Raster3D của các hình tam giác lấp đầy vòng.
ring3d khớp với các loại cặn từ danh sách bên trong các tên nguyên tử và cặn. Nó sẽ
không tìm thấy các chất dư thừa không có trong danh sách của nó và không nhận ra các nguyên tử không chuẩn
tên.
VÍ DỤ
tạo ra một phân tử DNA với các bazơ được điền vào:
mèo $ R3D_LIB / dna.colours dna.pdb | que -radius 0.05> nhiệt độ 1
ring3d -bases <dna.pdb> temp.2
mèo temp.1 temp.2 | render -tiff dna.tiff
LỰA CHỌN
-cơ sở
Làm đầy vòng purine và pyrimidine từ dư lượng ACGTU.
-chất đạm
Làm đầy các vòng sidechain của các dư lượng PHE TRP và TYR của NGÀI.
-đường
[Đây là mặc định] Chất cặn bã GAL GLC NAG NGA MAN SIA được lấp đầy trong các vòng pyranose.
Sử dụng ring3d trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net
