Đây là lệnh seq-gen có thể chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình mô phỏng trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
seq-gen - Trình tạo trình tự
SYNOPSIS
phần tiếp theo [-m MÔ HÌNH] [-l #] [-n #] [-p #] [-s # | -d #] [-k #][-c #1 #2 #3 | -a # [-g #]]
[-fe | #] [-t # | -r #][-z #] [-o[p][r][n]] [-w[a][r]] [-x NAME] [-q] [-h] [treefile]
MÔ TẢ
Trình tạo trình tự - seq-gen Phiên bản 1.3.3
-l: # = độ dài chuỗi [mặc định = 1000].
-n: # = bộ dữ liệu mô phỏng trên mỗi cây [mặc định = 1].
-p: # = số lượng phân vùng (và cây) trên mỗi chuỗi [mặc định = 1].
-s: # = hệ số tỷ lệ chiều dài nhánh [mặc định = 1.0].
-d: # = tổng tỷ lệ cây [mặc định = sử dụng độ dài nhánh].
-k: # = sử dụng chuỗi k làm tổ tiên (cần căn chỉnh) [mặc định = ngẫu nhiên].
Tùy chọn mô hình thay thế:
-m: MODEL = HKY, F84, GTR, JTT, WAG, PAM, BLOSUM, MTREV, CHUNG
HKY, F84 & GTR dành cho nucleotide, phần còn lại dành cho axit amin
-a: # = hình dạng (alpha) cho tính không đồng nhất về tốc độ gamma [mặc định = không có].
-g: # = số loại tỷ lệ gamma [mặc định = liên tục].
-i: # = tỷ lệ các trang web không thay đổi [mặc định = 0.0].
Tùy chọn cụ thể của mô hình nucleotide:
-c: #1 #2 #3 = tỷ lệ cho tính không đồng nhất về vị trí codon [mặc định = không có].
-t: # = tỷ lệ chuyển đổi-chuyển đổi [mặc định = tỷ lệ bằng nhau].
-r: #1 #2 #3 #4 #5 #6= ma trận tốc độ chung [mặc định = tất cả 1.0].
-f: #A #C #G #T = tần số nucleotide [mặc định = tất cả đều bằng nhau].
Các tùy chọn cụ thể của mô hình Axit Amin:
chỉ định bằng cách sử dụng thứ tự ARNDCQEGHILKMFPSTWYV
-r: #1 .. #190 = ma trận tỷ lệ chung [mặc định = tất cả 1.0].
-f: #1 .. #20 = tần số axit amin e=bằng [mặc định = tần số ma trận].
Sự lựa chọn hỗn hợp:
-z: # = hạt giống cho trình tạo số ngẫu nhiên [mặc định = hệ thống được tạo].
-o: Định dạng tệp đầu ra [mặc định = PHYLIP]
p Định dạng PHYLIP r Định dạng PHYLIP thoải mái n định dạng NEXUS
-w: Ghi thêm thông tin [mặc định = không có]
a Viết trình tự tổ tiên cho mỗi nút r Tốc độ ghi cho mỗi trang web
-x: NAME = tệp văn bản để chèn sau mỗi tập dữ liệu [mặc định = không có].
-h: Đưa ra thông báo trợ giúp này
-q: Yên lặng
treefile: tên của file cây [mặc định = cây trên stdin]
Sử dụng seq-gen trực tuyến bằng dịch vụ onworks.net
