Đây là ứng dụng Linux có tên BamBam có bản phát hành mới nhất có thể được tải xuống dưới dạng bambam-1.4.tgz. Nó có thể được chạy trực tuyến trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks cho máy trạm.
Tải xuống và chạy trực tuyến ứng dụng có tên BamBam này với OnWorks miễn phí.
Làm theo các hướng dẫn sau để chạy ứng dụng này:
- 1. Đã tải ứng dụng này xuống PC của bạn.
- 2. Nhập vào trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 3. Tải lên ứng dụng này trong trình quản lý tệp như vậy.
- 4. Khởi động trình giả lập trực tuyến OnWorks Linux hoặc trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MACOS từ trang web này.
- 5. Từ Hệ điều hành OnWorks Linux mà bạn vừa khởi động, hãy truy cập trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 6. Tải xuống ứng dụng, cài đặt và chạy nó.
BamBam
Ad
MÔ TẢ
BamBam bao gồm nhiều công cụ để phân tích dữ liệu giải trình tự DNA thế hệ tiếp theo. Các công cụ được cung cấp để gọi SNP và indels, xác định các lần xóa trên quy mô lớn, lập bảng đếm số lần đọc được ánh xạ, phân tích metyl hóa, v.v.
Phụ thuộc vào SAMtools (http://samtools.sourceforge.net/) và BAMtools (https://github.com/pezmaster31/bamtools). Cũng sử dụng BioPerl, được bao gồm trong tarball tải xuống.
Tính năng
- gọi SNP và indels
- ngầm định kiểu gen
- xây dựng chuỗi đồng thuận
- lập bảng đếm số lần đọc được ánh xạ (RNA-seq)
- suy ra phân kỳ haplotype với phân cụm K-mean
- phân tích sự metyl hóa DNA (giải trình tự bisulfit)
Khán giả
Nghiên cứu khoa học
Ngôn ngữ lập trình
Perl, C ++
Categories
Đây là một ứng dụng cũng có thể được tìm nạp từ https://sourceforge.net/projects/bambam/. Nó đã được lưu trữ trên OnWorks để có thể chạy trực tuyến một cách dễ dàng nhất từ một trong những Hệ thống hoạt động miễn phí của chúng tôi.
