Đây là ứng dụng Linux có tên CAMPARI để chạy trong Linux trực tuyến có bản phát hành mới nhất có thể được tải xuống dưới dạng campari_v3_09052017.zip. Nó có thể được chạy trực tuyến trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks cho máy trạm.
Tải xuống và chạy trực tuyến ứng dụng có tên CAMPARI này để chạy trong Linux trực tuyến với OnWorks miễn phí.
Làm theo các hướng dẫn sau để chạy ứng dụng này:
- 1. Đã tải ứng dụng này xuống PC của bạn.
- 2. Nhập vào trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 3. Tải lên ứng dụng này trong trình quản lý tệp như vậy.
- 4. Khởi động trình giả lập trực tuyến OnWorks Linux hoặc trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MACOS từ trang web này.
- 5. Từ Hệ điều hành OnWorks Linux mà bạn vừa khởi động, hãy truy cập trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 6. Tải xuống ứng dụng, cài đặt và chạy nó.
CAMPARI để chạy trong Linux trực tuyến
Ad
MÔ TẢ
Chúng tôi tự hào giới thiệu phiên bản 3 của CAMPARI. Đây là một bước tiến lớn so với phiên bản 2 chủ yếu do hỗ trợ OpenMP (song song luồng) toàn diện và do những cải tiến đáng kể về cả khả năng sử dụng và hiệu suất. Chúng tôi cũng đã thêm một số thuật toán mới từ các tài liệu gần đây và CAMPARI tất nhiên tiếp tục hỗ trợ mô hình trường lực ABSINTH và mô hình giải mã ngầm định.CAMPARI là một gói chung để thực hiện và phân tích các mô phỏng phân tử, đặc biệt là các polyme có liên quan đến sinh học. Nó tập trung vào sự sẵn có rộng rãi của các thuật toán để lấy mẫu (nâng cao) và có khả năng kết hợp Monte Carlo và lấy mẫu động lực học phân tử theo kiểu liền mạch. CAMPARI cung cấp cho người dùng mức độ kiểm soát rất cao đối với tất cả các tính năng được triển khai. Để biết thêm thông tin và tính năng, vui lòng tham khảo trang chủ của dự án tại http://campari.sourceforge.net. Phiên bản 2 không còn được duy trì tích cực nhưng phiên bản cuối cùng vẫn tiếp tục có sẵn.
Tính năng
- Lấy mẫu MC và MD kết hợp, MD trong không gian Descartes hoặc không gian xoắn / thân cứng
- Hiệu quả OpenMP song song tất cả các quy trình năng lượng / lực cốt lõi
- Phân tích hoặc thực hiện nhanh chóng như một công cụ phân tích quỹ đạo (cũng song song)
- Nhiều quy trình phân tích tích hợp sẵn (DSSP, bản đồ liên hệ, chức năng tương quan cặp, v.v.)
- Hỗ trợ một số thuật toán phân cụm cấu trúc và các thuật toán liên quan cùng với các phân tích mô hình trạng thái Markov
- Được tài liệu hóa đầy đủ (html) và thêm vào đó là 13 bài hướng dẫn
- Mức độ kiểm soát rất cao (ví dụ: các ràng buộc về hệ thống ba chiều tùy chỉnh trong MD)
- Hỗ trợ rộng rãi cho các kỹ thuật mô phỏng đa bản sao song song như trao đổi bản sao trong thực thi song song MPI / OpenMP hỗn hợp
- Cơ sở phân tích độc lập cho cơ sở mô hình trạng thái phân cụm / Markov
Khán giả
Nghiên cứu khoa học
Giao diện người dùng
Bảng điều khiển / Thiết bị đầu cuối
Ngôn ngữ lập trình
Fortran
Đây là một ứng dụng cũng có thể được tìm nạp từ https://sourceforge.net/projects/campari/. Nó đã được lưu trữ trên OnWorks để có thể chạy trực tuyến một cách dễ dàng nhất từ một trong những Hệ thống hoạt động miễn phí của chúng tôi.
