Đây là ứng dụng Linux có tên ForceGen có bản phát hành mới nhất có thể được tải xuống dưới tên ForceGenV0.4.jar. Nó có thể được chạy trực tuyến trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks cho máy trạm.
Tải xuống và chạy trực tuyến ứng dụng có tên ForceGen này với OnWorks miễn phí.
Làm theo các hướng dẫn sau để chạy ứng dụng này:
- 1. Đã tải ứng dụng này xuống PC của bạn.
- 2. Nhập vào trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 3. Tải lên ứng dụng này trong trình quản lý tệp như vậy.
- 4. Khởi động trình giả lập trực tuyến OnWorks Linux hoặc trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MACOS từ trang web này.
- 5. Từ Hệ điều hành OnWorks Linux mà bạn vừa khởi động, hãy truy cập trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 6. Tải xuống ứng dụng, cài đặt và chạy nó.
MÀN HÌNH
Ad
Lực lượng
MÔ TẢ
Vui lòng trích dẫn:ForceGen: hằng số liên kết cộng hóa trị nguyên tử cho Gromacs. Nash A, Collier T, Birch HL, de Leeuw NH. Tạp chí Mô hình Phân tử (2018), (24) 5. DOI: 10.1007 / s00894-017-3530-6
Video hướng dẫn:
https://youtu.be/fQVXv8Ge_tg
Bình thực thi Java này suy ra hằng số lực liên kết bậc hai cho độ giãn của liên kết và góc liên kết từ các phép tính Gaussian cơ học lượng tử. Các tính toán tương thích với họ trường lực Amber hoặc bất kỳ trường lực nào bắt nguồn từ tensor bậc hai của Hessian từ các mảnh phân tử. Đầu ra đã được thực hiện tương thích với định dạng cấu trúc liên kết của Gromacs.
Các ví dụ về việc sử dụng bao gồm suy ra hằng số lực liên kết và giá trị cân bằng cho:
kim loại liên kết trong các vị trí hoạt động của protein
- axit amin biến đổi
-phân tử nhỏ / phân tử thuốc
Bạn có thể tìm thấy tệp zip gồm các tệp ví dụ bằng cách nhấp vào liên kết "Duyệt qua tất cả các tệp".
Do Tiến sĩ Anthony Nash (Oxford) viết kịch bản
Được hỗ trợ bởi Tiến sĩ Thomas Collier, Giáo sư Helen Birch &
Tính năng
- Lực kéo căng liên kết dẫn xuất hằng số
- Đạo hàm hằng số góc liên kết
- Khả năng tương thích với cấu trúc liên kết Gromacs
Đây là một ứng dụng cũng có thể được tìm nạp từ https://sourceforge.net/projects/forcegen/. Nó đã được lưu trữ trên OnWorks để có thể chạy trực tuyến một cách dễ dàng nhất từ một trong những Hệ thống hoạt động miễn phí của chúng tôi.