Đây là ứng dụng Linux có tên Javamony để chạy trong Linux trực tuyến có bản phát hành mới nhất có thể được tải xuống dưới tên Javamony.jar. Nó có thể được chạy trực tuyến trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks cho máy trạm.
Tải xuống và chạy trực tuyến ứng dụng có tên Javamony này để chạy trong Linux trực tuyến với OnWorks miễn phí.
Làm theo các hướng dẫn sau để chạy ứng dụng này:
- 1. Đã tải ứng dụng này xuống PC của bạn.
- 2. Nhập vào trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 3. Tải lên ứng dụng này trong trình quản lý tệp như vậy.
- 4. Khởi động trình giả lập trực tuyến OnWorks Linux hoặc trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MACOS từ trang web này.
- 5. Từ Hệ điều hành OnWorks Linux mà bạn vừa khởi động, hãy truy cập trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 6. Tải xuống ứng dụng, cài đặt và chạy nó.
MÀN HÌNH
Ad
Javamony để chạy trong Linux trực tuyến
MÔ TẢ
Dựa trên Pysimony không quá thành công (https://sourceforge.net/projects/pysimony/), cùng một sinh viên quyết tâm thực hiện một bước khác ở vấn đề phát sinh loài.Javamony được gọi như sau:
java -jar Javamony.jar [input.fasta] [random / stepwise (cây bắt đầu)] [# of bootstraps] [outgroup taxon # 1] [outgroup taxon # 2] ...
Không có nghĩa là một chương trình suy luận phát sinh loài mang tính cạnh tranh, Javamony là cơ hội để tôi tiếp thu ngôn ngữ Java trong khi học cách giải quyết và giải quyết các vấn đề cơ bản trong phát sinh loài. Do đó, vì lợi ích giáo dục của riêng tôi, tất cả mã là bản gốc. Tất nhiên, có lẽ cũng có rất nhiều sai lầm.
Tôi phân phối Javamony, như tôi đã làm Pysimony, hy vọng rằng nó sẽ có giá trị giáo dục cho người khác hoặc ít nhất là gây cười một cách mơ hồ.
Các tính năng sắp tới sẽ là:
- Hỗ trợ trình tự Axit amin
- Hỗ trợ các định dạng tệp bổ sung (ví dụ: Nexus)
- Đa luồng
- Các phương pháp tính điểm bổ sung (ví dụ: khả năng xảy ra tối đa)
Tính năng
- Sử dụng parsimony tối đa
- Đọc tệp đầu vào FASTA (chỉ DNA)
- Nhóm ngoài do người dùng thiết lập
- Cây bắt đầu cộng ngẫu nhiên và từng bước
- Sử dụng tìm kiếm cây SPR (cắt tỉa cây con và sắp xếp lại)
- Thực hiện khởi động
- Đầu ra định dạng Newick tiêu chuẩn với hỗ trợ bootstrap và độ mạnh chi nhánh
- Vẽ cây cuối cùng với hỗ trợ bootstrap
Khán giả
Khoa học / Nghiên cứu, Giáo dục
Giao diện người dùng
Dòng lệnh
Ngôn ngữ lập trình
Java
Đây là một ứng dụng cũng có thể được tìm nạp từ https://sourceforge.net/projects/javamony/. Nó đã được lưu trữ trên OnWorks để có thể chạy trực tuyến một cách dễ dàng nhất từ một trong những Hệ thống hoạt động miễn phí của chúng tôi.