Đây là ứng dụng Linux có tên KMC-KaiC có bản phát hành mới nhất có thể được tải xuống dưới tên KMC_KaiC_Original.zip. Nó có thể được chạy trực tuyến trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks cho máy trạm.
Tải xuống và chạy trực tuyến ứng dụng có tên KMC-KaiC này với OnWorks miễn phí.
Làm theo các hướng dẫn sau để chạy ứng dụng này:
- 1. Đã tải ứng dụng này xuống PC của bạn.
- 2. Nhập vào trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 3. Tải lên ứng dụng này trong trình quản lý tệp như vậy.
- 4. Khởi động trình giả lập trực tuyến OnWorks Linux hoặc trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MACOS từ trang web này.
- 5. Từ Hệ điều hành OnWorks Linux mà bạn vừa khởi động, hãy truy cập trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 6. Tải xuống ứng dụng, cài đặt và chạy nó.
MÀN HÌNH
Ad
KMC-KaiC
MÔ TẢ
Mã này là một thuật toán Kinetic Monte Carlo (KMC) chuyên dụng mô phỏng một mô hình của đồng hồ sinh học Kai sau tịnh tiến.
Mã này cho phép bạn mô phỏng hệ thống Kai ở cấp độ các hexamers và monome KaiC riêng lẻ và theo dõi rõ ràng doanh thu của mỗi nucleotide ATP. Ngoài sự thủy phân ATP, tất cả các phản ứng đều tuân theo sự cân bằng chi tiết.
Ứng dụng của mã được mô tả trong bài báo của chúng tôi có tiêu đề "Mô hình nhất quán nhiệt động lực học của đồng hồ sinh học Kai sau dịch mã", được cung cấp miễn phí trên tạp chí truy cập mở PLOS Computational Biology:
https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1005415
* CẬP NHẬT * Chúng tôi đã tạo ra một phiên bản có thể đảo ngược hoàn toàn của mô hình của mình, bao gồm các phản ứng nghịch đảo để thủy phân ATP. Điều này làm cho nó có thể chạy mô hình ở trạng thái cân bằng nhiệt động lực học. Phiên bản này của mô hình có thể được tải xuống trong KMC_KaiC_Rev.zip.
Nếu bạn muốn sử dụng mô hình của chúng tôi cho nghiên cứu của riêng bạn, vui lòng trích dẫn bài báo Sinh học tính toán PLoS của chúng tôi.
Khán giả
Nghiên cứu khoa học
Giao diện người dùng
Dòng lệnh
Ngôn ngữ lập trình
C + +
Categories
Đây là một ứng dụng cũng có thể được tìm nạp từ https://sourceforge.net/projects/kmc-kaic/. Nó đã được lưu trữ trên OnWorks để có thể chạy trực tuyến một cách dễ dàng nhất từ một trong những Hệ thống hoạt động miễn phí của chúng tôi.
