Đây là ứng dụng Linux có tên là hoán vị SNP MCPerm: Monte Carlo có bản phát hành mới nhất có thể được tải xuống dưới dạng MCPerm_1.1.2.tar.gz. Nó có thể được chạy trực tuyến trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks cho máy trạm.
Tải xuống và chạy trực tuyến ứng dụng có tên MCPerm: Monte Carlo SNP hoán vị với OnWorks miễn phí.
Làm theo các hướng dẫn sau để chạy ứng dụng này:
- 1. Đã tải ứng dụng này xuống PC của bạn.
- 2. Nhập vào trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 3. Tải lên ứng dụng này trong trình quản lý tệp như vậy.
- 4. Khởi động trình giả lập trực tuyến OnWorks Linux hoặc trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MACOS từ trang web này.
- 5. Từ Hệ điều hành OnWorks Linux mà bạn vừa khởi động, hãy truy cập trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 6. Tải xuống ứng dụng, cài đặt và chạy nó.
MCPerm: hoán vị SNP Monte Carlo
Ad
MÔ TẢ
MCPerm: Một phương pháp hoán vị Monte Carlo cho tương quan kiểm tra nhiều lần trong nghiên cứu liên kết bệnh chứng-kiểm soát
Phép thử hoán vị truyền thống (TradPerm) là một phương pháp phân tích phi tham số quan trọng có thể được coi là tiêu chuẩn vàng cho các hiệu chỉnh nhiều lần thử nghiệm trong nghiên cứu liên kết bệnh chứng. Tuy nhiên, nó dựa vào dữ liệu kiểu gen và kiểu hình đa hình nucleotide đơn ban đầu (SNP) để thực hiện một số lượng lớn các xáo trộn ngẫu nhiên, và do đó nó đòi hỏi nhiều tính toán, đặc biệt là đối với nghiên cứu liên kết toàn bộ gen (GWAS). Để cải thiện tốc độ tính toán mà không làm thay đổi kích thước của giá trị p TradPerm, chúng tôi đã phát triển phương pháp hoán vị Monte Carlo (MCPerm) như một phương pháp thay thế hiệu quả cho TradPerm.
Phương pháp: MCPerm không cần trộn dữ liệu kiểu gen và kiểu hình ban đầu. Nó sử dụng phương pháp Monte Carlo, sử dụng phân phối siêu đại hai bước để tạo ra số lượng ngẫu nhiên kiểu gen (AA, Aa và aa) trong các trường hợp và đối chứng.
Ngôn ngữ lập trình
S / R
Danh Mục
Đây là một ứng dụng cũng có thể được tìm nạp từ https://sourceforge.net/projects/mcperm/. Nó đã được lưu trữ trên OnWorks để có thể chạy trực tuyến một cách dễ dàng nhất từ một trong những Hệ thống hoạt động miễn phí của chúng tôi.
