Đây là ứng dụng Linux có tên MethyMer có bản phát hành mới nhất có thể được tải xuống là MethyMer.plus.DB.v.1.1.tar.gz. Nó có thể được chạy trực tuyến trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks cho máy trạm.
Tải xuống và chạy trực tuyến ứng dụng có tên MethyMer này với OnWorks miễn phí.
Làm theo các hướng dẫn sau để chạy ứng dụng này:
- 1. Đã tải ứng dụng này xuống PC của bạn.
- 2. Nhập vào trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 3. Tải lên ứng dụng này trong trình quản lý tệp như vậy.
- 4. Khởi động trình giả lập trực tuyến OnWorks Linux hoặc trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MACOS từ trang web này.
- 5. Từ Hệ điều hành OnWorks Linux mà bạn vừa khởi động, hãy truy cập trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 6. Tải xuống ứng dụng, cài đặt và chạy nó.
MÀN HÌNH
Ad
MethyMer
MÔ TẢ
MethyMer là một công cụ dựa trên Python nhằm mục đích chọn các đoạn mồi cụ thể để khuếch đại các đảo CpG hoàn chỉnh. Những vùng này rất khó khăn trong việc lựa chọn mồi thích hợp vì độ phức tạp thấp, đa dạng, giàu CG, v.v.
MethyMer có một hệ thống tính điểm linh hoạt có khả năng chọn mồi ở các vùng có vấn đề (ví dụ như đảo SpG) và bao gồm kiểm tra tính đặc hiệu (dựa trên sự liên kết của nơ đối với bộ gen được xử lý bằng bisulfit).
Nó cũng kết hợp dữ liệu metyl hóa TCGA CpG (microarrays) và dữ liệu biểu hiện gen (RNA-Seq), cũng như kết quả phân tích tương quan biểu hiện methyl hóa cho 20 loại ung thư ở người.
Dữ liệu chú thích vùng gen ENCODE cũng được tích hợp trong MethyMer
Tính năng
- chọn tổ hợp các cặp mồi có khả năng khuếch đại đảo CpG hoàn chỉnh hoặc các vùng gen mục tiêu khác;
- hệ thống tính điểm linh hoạt và có thể điều chỉnh
- kiểm tra độ đặc hiệu
- dữ liệu methyl hóa CpG tích hợp (Illumina Infinium Human Methylation 450K microarrays) cho 20 loại khối u, lấy từ TCGA
- dữ liệu nghiên cứu hiệp hội methyl hóa TCGA tích hợp TCGA RNA-Seq - CpG
- hình ảnh hóa: Biểu đồ nội dung CG, biểu đồ điểm số, biểu đồ tính chất đặc trưng của đoạn mồi, chú thích bộ gen ENCODE, dữ liệu TCGA
Giao diện người dùng
Bảng điều khiển / Thiết bị đầu cuối
Ngôn ngữ lập trình
Python
Danh Mục
Đây là một ứng dụng cũng có thể được tìm nạp từ https://sourceforge.net/projects/methymer/. Nó đã được lưu trữ trên OnWorks để có thể chạy trực tuyến một cách dễ dàng nhất từ một trong những Hệ thống hoạt động miễn phí của chúng tôi.
