Đây là ứng dụng Linux có tên MIPGen để chạy trong Linux trực tuyến có bản phát hành mới nhất có thể được tải xuống dưới dạng mipgen_v15.tar.gz. Nó có thể được chạy trực tuyến trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks cho máy trạm.
Tải xuống và chạy trực tuyến ứng dụng có tên MIPGen này để chạy trong Linux trực tuyến với OnWorks miễn phí.
Làm theo các hướng dẫn sau để chạy ứng dụng này:
- 1. Đã tải ứng dụng này xuống PC của bạn.
- 2. Nhập vào trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 3. Tải lên ứng dụng này trong trình quản lý tệp như vậy.
- 4. Khởi động trình giả lập trực tuyến OnWorks Linux hoặc trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MACOS từ trang web này.
- 5. Từ Hệ điều hành OnWorks Linux mà bạn vừa khởi động, hãy truy cập trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 6. Tải xuống ứng dụng, cài đặt và chạy nó.
MÀN HÌNH
Ad
MIPGen để chạy trong Linux trực tuyến
MÔ TẢ
Máy tạo tiềm năng tương tác phân tửMIPGEN là một chương trình python sẽ tính toán lưới tiềm năng tương tác phân tử
trên một phân tử nhất định, đó có thể là protein hoặc một hợp chất hữu cơ nhỏ (thuốc).
Đầu ra sẽ là một loạt các lưới có định dạng DX (* .dx) mà người dùng sẽ có thể
để trực quan hóa bằng bất kỳ chương trình trực quan hóa phân tử nào như VMD, PyMol, Chimera ...
Để biết thêm thông tin về các phụ thuộc và cách sử dụng, vui lòng đọc Tài liệu.
Người dùng có thể đăng bất kỳ lỗi hoặc yêu cầu nào trong menu BUGS & YÊU CẦU. (cần có tài khoản sourceforge).
Tính năng
- Tạo MIP hoàn toàn tự động cho một tệp PDB đơn giản.
- Mã nguồn mở. Người dùng được hoan nghênh đóng góp mở rộng các cuộc thăm dò hoặc cải thiện mã.
- Tính toán điện thế tương tác phân tử dựa trên lưới so với peptit và các hệ đại phân tử khác (có thể vẫn còn chậm đối với các hệ thống lớn)
- Tính MIP trên các phân tử nhỏ
- Các đầu dò có thể tùy chỉnh. Đã được triển khai: Hấp thủy, bộ cho H-Bond, bộ nhận H-Bond và các đầu dò tĩnh điện.
- Tự động gán các loại nguyên tử cho các phân tử và protein nhỏ bằng cách giao tiếp với Nguồn mở Antechamber và tLeap từ gói AmbertTools (http://ambermd.org)
Khán giả
Khoa học / Nghiên cứu, Người dùng cuối nâng cao, Nhà phát triển, Người dùng cuối / Máy tính để bàn
Giao diện người dùng
Bảng điều khiển / Thiết bị đầu cuối
Ngôn ngữ lập trình
Python
Môi trường cơ sở dữ liệu
SQLite
Đây là một ứng dụng cũng có thể được tìm nạp từ https://sourceforge.net/projects/mipgen/. Nó đã được lưu trữ trên OnWorks để có thể chạy trực tuyến một cách dễ dàng nhất từ một trong những Hệ thống hoạt động miễn phí của chúng tôi.
