Đây là ứng dụng Linux có tên PASHA: Parallelized Short Read Assembly có bản phát hành mới nhất có thể được tải xuống dưới dạng Pasha-1.0.10.tar.bz2. Nó có thể được chạy trực tuyến trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks cho máy trạm.
Tải xuống và chạy trực tuyến ứng dụng này có tên PASHA: Parallelized Short Read Assembly with OnWorks miễn phí.
Làm theo các hướng dẫn sau để chạy ứng dụng này:
- 1. Đã tải ứng dụng này xuống PC của bạn.
- 2. Nhập vào trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 3. Tải lên ứng dụng này trong trình quản lý tệp như vậy.
- 4. Khởi động trình giả lập trực tuyến OnWorks Linux hoặc trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MACOS từ trang web này.
- 5. Từ Hệ điều hành OnWorks Linux mà bạn vừa khởi động, hãy truy cập trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 6. Tải xuống ứng dụng, cài đặt và chạy nó.
PASHA: Hội đồng đọc ngắn song song
Ad
MÔ TẢ
PASHA là một trình hợp ngữ đọc ngắn song song cho các bộ gen lớn sử dụng đồ thị de Bruijn. Tận dụng lợi thế của cả CPU đa lõi bộ nhớ chia sẻ và cụm máy tính bộ nhớ phân tán, PASHA đã chứng tỏ tiềm năng của mình để thực hiện lắp ráp de-novo chất lượng cao của các bộ gen lớn trong thời gian hợp lý với tài nguyên máy tính khiêm tốn. Đánh giá của chúng tôi bằng cách sử dụng ba bộ dữ liệu đầu cuối ghép nối thực tế nhỏ cho thấy PASHA có thể tạo ra các tập hợp tốt hơn với độ bao phủ bộ gen tương đương và tỷ lệ lắp ráp sai so với ba nhà lắp ráp hàng đầu: Velvet, ABySS và SOAPdenovo. Hơn nữa, PASHA đạt được tốc độ nhanh nhất cho cả ba bộ dữ liệu trên một CPU. Đối với bộ gen người, PASHA đạt được chất lượng lắp ráp cạnh tranh với ABySS và có thể hoàn thành việc lắp ráp trong khoảng 21 giờ, nhanh hơn khoảng 2.38 lần so với ABySS trên cùng cấu hình phần cứng.
Giao diện người dùng
Bảng điều khiển / Thiết bị đầu cuối
Ngôn ngữ lập trình
C + +
Categories
Đây là một ứng dụng cũng có thể được tìm nạp từ https://sourceforge.net/projects/pasha/. Nó đã được lưu trữ trên OnWorks để có thể chạy trực tuyến một cách dễ dàng nhất từ một trong những Hệ thống hoạt động miễn phí của chúng tôi.