Đây là ứng dụng Linux có tên SnowyOwl có bản phát hành mới nhất có thể được tải xuống là SnowyOwl-2.0.3.tar.gz. Nó có thể được chạy trực tuyến trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks cho máy trạm.
Tải xuống và chạy trực tuyến ứng dụng có tên SnowyOwl với OnWorks này miễn phí.
Làm theo các hướng dẫn sau để chạy ứng dụng này:
- 1. Đã tải ứng dụng này xuống PC của bạn.
- 2. Nhập vào trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 3. Tải lên ứng dụng này trong trình quản lý tệp như vậy.
- 4. Khởi động trình giả lập trực tuyến OnWorks Linux hoặc trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MACOS từ trang web này.
- 5. Từ Hệ điều hành OnWorks Linux mà bạn vừa khởi động, hãy truy cập trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 6. Tải xuống ứng dụng, cài đặt và chạy nó.
MÀN HÌNH
Ad
cú tuyết
MÔ TẢ
SnowyOwl là một hệ thống dự đoán gen sử dụng dữ liệu RNA-Seq để đào tạo và cung cấp các gợi ý cho việc tạo ra các dự đoán gen dựa trên Mô hình Markov ẩn (HMM) và để đánh giá các mô hình kết quả. Quy trình này đã được xác nhận và sắp xếp hợp lý bằng cách so sánh các dự đoán của nó với các mô hình gen được quản lý thủ công trong ba bộ gen của nấm và kết quả của nó cho thấy sự gia tăng đáng kể về độ nhạy và độ chọn lọc so với các dự đoán gen trước đó. Độ nhạy đạt được bằng cách chạy liên tục bộ dự đoán gen HMM Augustus với các thông số đầu vào khác nhau và tính chọn lọc bằng cách chọn các mô hình có sự tương đồng tốt nhất với các protein đã biết và phù hợp nhất với dữ liệu RNA-Seq. SnowyOwl đã dự đoán thành công các gen trong 26 bộ gen mới của nấm.
Đường ống có thể được cài đặt cục bộ để có thông lượng cao và kiểm soát cấu hình. Nó cũng có thể được chạy trên một máy chủ từ xa thông qua một giao diện web thuận tiện để sử dụng không thường xuyên.
Tính năng
- Dự đoán gen bằng cách sử dụng dữ liệu RNA-Seq
- Độ nhạy và độ đặc hiệu cao
- Đường ống được sắp xếp hợp lý và xác thực với các mô hình gen được sắp xếp theo cách thủ công
- Cấu hình cao
- Cấu hình mặc định cho nấm ascomycete và basidiomycete
- Cài đặt và chạy cục bộ để kiểm soát và linh hoạt
- Chạy từ xa thông qua giao diện web để thuận tiện
Khán giả
Khoa học / Nghiên cứu, Người dùng cuối nâng cao
Giao diện người dùng
Dựa trên web, Dòng lệnh, GTK +
Ngôn ngữ lập trình
Python, PHP
Categories
Đây là một ứng dụng cũng có thể được tìm nạp từ https://sourceforge.net/projects/snowyowl/. Nó đã được lưu trữ trên OnWorks để có thể chạy trực tuyến một cách dễ dàng nhất từ một trong những Hệ thống hoạt động miễn phí của chúng tôi.