demux - 云端在线

这是可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行的命令 demux,例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器

程序:

您的姓名


demux - 将 XPLOR 距离限制转换为 Gromacs 格式

概要


解复用器 日志文件 额外

商品描述


如果你想让你的轨迹再次连续,你可以使用 解复用器 读书
您的 md0.log 文件(如有必要,您可以连接多个)并生成一些输出
文件。 其中之一是 .xvg 文件(副本_ndx.xvg) 可以传递给 猫猫(1) 沿
与原始轨迹文件,以产生连续的轨迹。 另一个
文件(副本临时文件.xvg) 包含每个副本的温度,从
原始温度。 因此,如果您感兴趣的副本从 300 K 开始,您可以遵循
它通过温度空间的轨迹。 添加一些会很有趣
为每个副本制作温度分布直方图的功能,其中
根据大多数作者的说法,应该是平坦的。 解复用的轨迹可以与
g_动力学(1) 从 REMD 轨迹获得蛋白质折叠动力学。

配置


日志文件 您希望连续运行的轨迹的日志文件。 多个文件可以
附加在一起。

额外 将复制日志文件中每个条目的次数。 (整数)

限制


如果您的交换是每 N ps 并且您保存每 M ps 您可以为丢失的
通过设置帧 额外 到 (N/M - 1)。 如果 N/M 不是整数,你就不走运了
将根本无法解复用您的轨迹。

使用 onworks.net 服务在线使用 demux



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