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remap - 显示核苷酸序列中的限制酶结合位点

概要

重映射 -序列 后继 -m文件 数据文件 -酶 绳子 -sitelen 整数 [-短片 整数]
[-最大切割 整数[-单 布尔[-钝 布尔[-黏 布尔]
[-歧义 布尔[-质粒 布尔[-甲基化 布尔[-商业 布尔]
[-表 名单[-帧 名单] -输出文件 输出文件 [- 清单 布尔]
[-平面重新格式化 布尔[-限制 布尔] -翻译 布尔 -逆转 布尔
-orf最小尺寸 整数 -大写 范围 -强调 范围 -三个字母 布尔
-数 布尔 -宽度 整数 -长度 整数 -利润 整数 -芋头 布尔
-描述 布尔 -抵消 整数 -html 布尔

重映射 -救命

商品描述

重映射 是来自 EMBOSS（“欧洲分子生物学开放软件
套房”）。 它是“Display,Nucleic:Restriction,Nucleic:Translation”命令的一部分
组。

配置

输入 部分
-序列 后继

-m文件 数据文件
默认值：Emethylsites.dat

其他要求 部分
-酶 绳子
名称“all”读取来自 REBASE 数据库的所有酶名称。 您可以指定
酶的名称之间用逗号分隔，例如：
'HincII,hinfI,ppiI,hindiii'。 名称的大小写并不重要。 您可以指定一个
通过给出保存酶的文件的名称来读取酶名称的文件
前面带有“@”字符的名称，例如“@enz.list”。 空行和
以哈希字符或 '!' 开头的行被忽略，所有其他行
用逗号字符 ',' 连接在一起，然后作为列表处理
酶来寻找。 酶名称文件的一个例子是： ! 我的酶 HincII，
皮尔！ 其他酶 hindiii HinfI PpiI 默认值：全部

-sitelen 整数
这设置了限制酶识别位点的最小长度。 任何酶
比这更短的站点将被忽略。 默认值：4

额外 部分
-短片 整数
这将设置任何限制性内切酶的最小切割次数
经过考虑的。 任何切割次数少于此次数的酶都将被忽略。 默认值：
1

-最大切割 整数
这将设置任何限制性内切酶的最大切割次数
经过考虑的。 任何切割次数超过此次数的酶都将被忽略。 默认值：
2000000000

-单 布尔
如果设置了这个，那么这会强制 mincuts 和 maxcuts 限定符的值
两者均为 1。您可能已将它们设置为的任何其他值都将被忽略。 默认值：N

-钝 布尔
这允许那些在正向和反向切割相同位置的酶
股要考虑。 默认值：是

-黏 布尔
这允许那些在正向和反向不同位置切割的酶
股线，留下悬垂，需要考虑。 默认值：是

-歧义 布尔
这允许那些在其模式中具有一个或多个“N”歧义代码的酶
被视为默认值：Y

-质粒 布尔
如果设置，则允许搜索限制性内切酶识别位点和
跨越要考虑的序列末尾的剪切位置。 默认值：N

-甲基化 布尔
如果设置，则 RE 识别位点将不匹配甲基化碱基。 默认
值：N

-商业 布尔
如果设置了这个，那么只会搜索那些有商业供应商的酶
为了。 如果您指定了明确的酶列表，则此限定符将被忽略
搜索，而不是搜索 REBASE 数据库中的“所有”酶。 它
假设，如果您要求明确的酶，那么您可能知道
从哪里得到它，所以你要求搜索的所有酶名称，
和哪个削减，将报告他们是否有商业供应商。
默认值：是

-表 名单

-帧 名单
这允许您指定转换的帧。 如果你不显示
在反义上剪切站点，那么反义翻译将不会
即使您请求了第 4、5 或 6 帧，也会显示。默认情况下，所有 XNUMX 帧都将显示
被显示。 默认值：6

输出 部分
-输出文件 输出文件

- 清单 布尔
这会在切割的酶的输出中产生列表，那些切割但被切割的酶
排除，因为它比 mincut 的切割次数少或比 maxcut 的次数多，而那些
不切割的酶。 默认值：是

-平面重新格式化 布尔
这会将输出格式更改为识别位点由一行表示的格式
'===' 字符，剪切点由前面的 '>' 字符指向
意义，或反向意义链中的“<”。 默认值：N

-限制 布尔
这将酶的报告限制为每组中的一种酶
同裂酶。 选择代表同裂酶组的酶是原型
由程序创建的数据文件“embossre.equ”中指示
'重新提取'。 如果您更喜欢使用不同的原型，请复制
embossre.equ 在您的主目录中并编辑它。 如果此值设置为 false，则
将报告所有输入酶。 如果您愿意，您可能希望将其设置为 false
正在提供一组明确的酶，而不是搜索“所有”酶。 默认
值：Y

-翻译 布尔
这将在输出中显示序列的 6 帧翻译。 默认值：是

-逆转 布尔
这将显示反向意义的剪切站点和翻译。 默认值：是

-orf最小尺寸 整数
这将设置要显示在开放阅读框架 (ORF) 的最小大小
翻译。 所有其他翻译区域都通过将氨基酸更改为
'-' 人物。

-大写 范围
大写的区域。 如果留空，则保留序列案例
独自的。 一组区域由一组位置对指定。 这些职位是
整数。 它们由任何非数字、非字母字符分隔。 地区示例
规格为：24-45, 56-78 1:45, 67=99;765..888 1,5,8,10,23,45,57,99

-强调 范围
如果为 HTML 格式设置要着色的区域。 如果此项留空，则序列为
被孤立。 一组区域由一组位置对指定。 这
位置是整数。 它们后跟任何有效的 HTML 字体颜色。 示例
区域规格为： 24-45 蓝色 56-78 橙色 1-100 绿色 120-156 红色 一档
颜色范围（每行一个范围）可以指定为“@filename”。

-三个字母 布尔
默认值：N

-数 布尔
默认值：N

-宽度 整数
默认值：60

-长度 整数

-利润 整数
默认值：10

-芋头 布尔
如果您不想显示序列的 ID 名称，请将此设置为 false Default
值：Y

-描述 布尔
如果您不想显示序列的描述，请将其设置为 false
默认值：是

-抵消 整数
默认值：1

-html 布尔
默认值：N

使用 onworks.net 服务在线重新映射