这是 abacas 命令，可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序：
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abacas - 基于算法的组装序列自动邻接
概要
蕉麻 -r 文献 -q qs -p PROG [选项]
OR
蕉麻 -r 文献 -q PSF -e
文献 单个 fasta 文件中的参考序列
qs 多fasta格式的重叠群
ROG 要使用的 MUMmer 程序：“nucmer”或“promer”
PSF fasta 格式的假分子/有序序列文件
配置
-h 打印使用
-d 使用默认的 nucmer/promer 参数
-s int 精确匹配词的最小长度（nucmer 默认 = 12，promer 默认
4 =）
-m 将有序的 contigs 打印到 multifasta 格式的文件中
-b 将 bin 中的 contigs 打印到文件
-N 打印没有“N”的假分子
-i int 最小百分比标识 [默认 40]
-v int 最小重叠群覆盖率 [默认 40]
-V int 最小重叠群覆盖差异 [默认 1]
-l int 最小重叠群长度 [默认 1]
-t 在未映射的重叠群上运行 tblastx
-g 字符串（文件名）在参考文件名时打印未覆盖的区域（间隙）
-a 将 bin 中的 contigs 附加到假分子
-o 前缀输出文件将具有此前缀
-P 选择引物组以缩小差距
-f int 引物设计间隙两侧的侧翼碱基数（默认
350）
-R int 运行 mummer [默认 1，使用 -R 0 避免跑妈咪]
-e 转义重叠群排序，即转到引物设计
-c 参考序列是循环的
商品描述
ABACAS 旨在快速连续（对齐、排序、定向）、可视化和设计
基于参考序列在鸟枪组装的重叠群上关闭缺口的引物。
ABACAS 使用 MUMmer 查找对齐位置并识别组装重叠群的同线性
反对参考。 然后处理输出以生成假分子
重叠重叠群和差距。 ABACAS 生成一个比较文件，可以
用于可视化 ACT 中有序和定向的重叠群。 Synteny 用红色表示
颜色强度随着两者之间的百分比同一性值的降低而降低的条形
可比较的块。 关于重叠群的信息，例如方向、同一性百分比、
也可以通过加载输出的结果来可视化与其他重叠群的覆盖范围和重叠
ACT 上的特征文件。
使用 onworks.net 服务在线使用 abacas
