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ABYSS - 将短读组合成重叠群

概要

ABYSS [OPTION] ... 文件...

商品描述

组装所有输入文件，FILE，可能在 FASTA、FASTQ、qseq、export、SRA、SAM 或
BAM 格式，可以使用 gz、bz2 或 xz 进行压缩，并且可以使用焦油。

建议希望使用 ABySS 运行完整程序集的用户使用 abyss-pe 作为他们的
入口点而不是 ABYSS 程序。 abyss-pe 是一个 Makefile，可以协调许多
使用 ABySS 工具（包括 ABYSS）来运行完整的 ABySS 组装流水线。
abyss-pe 能够做很多 ABYSS 不能做的事情，比如利用
配对末端读取和配对读取提供的距离信息。

- 贞洁
丢弃不贞洁的读物 [默认]

--无贞操
不要丢弃不贞的读物

--修剪蒙版
从读取的末端修剪被屏蔽的碱基 [默认]

--无修剪遮罩
不要从reads的末端修剪被屏蔽的碱基

-q, --修剪质量=阈值
从质量低于阈值的读数末端修剪碱基

-Q, --面具质量=阈值
屏蔽质量低于阈值的读数中的所有碱基

- 标准质量
零质量是“！” (33)
FASTQ 和 SAM 文件的默认值

--照明质量
零质量是“@”(64)
qseq 和导出文件的默认值

-o, - 出去=文件
将重叠群写入 FILE

-k, --克默=KMER_SIZE
k聚体大小

-t, --修剪长度=修剪长度
要修剪的悬垂边缘的最大长度

-c, --覆盖率=覆盖范围
删除平均 k-mer 覆盖率小于此阈值的重叠群

-b, --气泡=N
弹出比 N bp 短的气泡（默认值：3*k）。

-b0, --无气泡
不要弹出气泡

-e, - 侵蚀=覆盖范围
侵蚀覆盖小于此阈值的钝重叠群末端的碱基

-E, --侵蚀链=覆盖范围
侵蚀覆盖小于此阈值的钝重叠群末端的碱基
任一股

--覆盖率历史=文件
在 FILE 中记录 k-mer 覆盖率直方图

-g, - 图形=文件
生成点格式的图形

-s, --snp=文件
在 FILE 中记录弹出的气泡

-v, --详细
显示详细输出

- 帮帮我 显示此帮助并退出

- 版
输出版本信息并退出

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