这是可以使用我们的多个免费在线工作站之一(例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器)在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行的命令 Alien_hunter
程序:
您的姓名
Alien_hunter - 用于水平识别的内插变量顺序图案
获得性DNA
概要
外星人猎人 [附加选项]
商品描述
Alien_hunter 是用于预测假定水平基因转移的应用程序
(HGT) 事件与内插变量顺序主题 (IVOM) 的实现。 一个
IVOM 方法利用可变顺序基序分布和
与固定顺序相比,更可靠地捕获序列的局部组成
方法。 可选地,可以将预测解析为二态二阶隐马尔可夫
模型(HMM),在变化点检测框架中,优化
预测区域的边界。 预测(embl 格式)可以自动
加载到 Artemis 基因组查看器免费提供:
http://www.sanger.ac.uk/Software/Artemis/.
输入:原始基因组序列预测:基于内插变量顺序的 HGT 区域
主题 (IVOM) 参数:
原始基因组序列
输出数据的文件名
可选参数:
-a 将预测文件加载到 Artemis
-c 使用变点检测 2 状态二阶 HMM 优化预测边界
输出文件:
embl 格式的预测(标签文件)
。选择
embl 格式的优化 (HMM) 预测(标签文件)
。阴谋
使用 Graph -> Add 手动加载 Artemis User Plot 格式的预测
用户图...
.opt.plot
Artemis 用户图格式的优化 (HMM) 预测将使用手动加载
图 -> 添加用户图...
.sco
所有滑动窗口的分数 - 用于分数分布检查
注意:注释限定符中提到了与 rRNA 操纵子重叠的预测
使用 onworks.net 服务在线使用外星猎人