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alistat - 显示多对齐文件的统计信息

概要

阿里斯塔特 [选项] 对齐文件

商品描述

阿里斯塔特 从文件中读取多序列比对 对齐文件 在任何支持
格式（包括 SELEX、GCG MSF 和 CLUSTAL），并显示一些简单的统计信息
关于它。 这些统计信息包括格式名称、序列数、
残基总数，序列长度的平均值和范围，比对
长度（例如，包括间隙字符）。

还显示了一些百分比身份。 定义了成对比对同一性百分比
as （身份 / 最小(len1, 长度2)) 协调 身份 是确切身份的数量和 长度1,
len2 是两个序列的未对齐长度。 “平均百分比同一性”、“最
比对的“相关对”和“最不相关对”是平均值、最大值和
分别为所有 (N)(N-1)/2 对中的最小值。 “最远的 seq” 由下式计算
找到所有 N 个序列的最大成对同一性（最佳相对），然后找到
这 N 个数字中的最小值（因此是最外围的序列）。

配置

-a 显示额外的详细信息：每个序列一行显示的表格
名称、长度及其最高和最低成对标识。 这些线路是
以 * 字符为前缀以轻松启用 格雷普'将它们取出并分类。
例如， 阿里斯塔特 -a foo.slx | grep的 * | 分类 -n +3 给出一个排名列表
比对中最远的序列。 不兼容 -f 选项。

-f 快速地; 使用抽样方法来估计平均 %id。 当这个选项是
选择， 阿里斯塔特 不显示其他三个成对的身份号码。 这个
选项对于非常大的对齐很有用，对于它完整的 (N)(N-1) 计算
的所有配对将被禁止（例如 Pfam 的 GP120 对齐，超过 10,000
序列）。 不兼容 -a 选项。

-h 打印简要帮助； 包括版本号和所有选项的摘要，包括
专家选项。

-q 保持安静 - 抑制冗长的标题（程序名称、版本号和日期、
参数和选项有效）。

-B （巴别鱼）。 自动检测和读取默认格式以外的序列文件格式
（法斯塔）。 几乎可以识别任何常见的序列文件格式（包括 Genbank、
EMBL、SWISS-PROT、PIR 和 GCG 未对齐序列格式，以及斯德哥尔摩、GCG MSF、
和 Clustal 对齐格式）。 有关完整列表，请参阅印刷文档
支持的格式。

专家 配置

--信息
指定序列文件格式 , 而不是默认的 FASTA
格式。 常见示例包括 Genbank、EMBL、GCG、PIR、斯德哥尔摩、Clustal、MSF、
或 PHYLIP； 有关可接受格式的完整列表，请参阅印刷文档
名称。 此选项会覆盖默认格式 (FASTA) 和 -B 通天鱼
自动检测选项。

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