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asn2gb - 云端在线

在 OnWorks 免费托管服务提供商中通过 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器运行 asn2gb

这是命令 asn2gb,可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行,例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器

程序:

您的姓名


asn2gb - 将 ASN.1 生物数据转换为 GenBank 风格的平面格式

概要


asn2gb [-[-A 加入[-F[-a asn型[-b[-c[-d[-f 格式[-g N[-h N]
[-i 文件名[-j N[-k N[-l 文件名[-m 模式[-n 文件名[-o 文件名[-p]
[-q 文件名[-r[-s 样式[-t N[-u N[-y N]

商品描述


asn2gb 将生物序列的描述从 NCBI 的 ASN.1 格式转换为以下格式之一
几种平面文件格式,并且是 asn2ff(1)。

配置


下面是选项的摘要。

- 打印使用信息

-A 加入
加入获取; 可以采取形式 加入,复杂,标志 协调 复杂
通常应该是 0标志 价值 -1 允许获取外部特征
(与遗产一样 -F 选项​​)

-F 获取远程注解(相当于指定 -A 加入,0,-1)

-a asn型
ASN.1 类型:
【单条记录】
任何(自动检测;默认)
e 顺序输入
b 生物序列
s 生物序列集
m seq-提交
q 连锁
[发布文件; 单独处理和释放组件]
t 批生物序列集
u 批量 seq-提交

-b 输入文件是二进制的

-c 批处理文件被压缩

-d Seq-loc 负链

-f 格式
格式:
b GenBank(默认)
bp 或 pb
GenBank 和 GenPept
EMBL
基因肽
q 核苷酸 GBSet (XML)
r 蛋白质 GBSet (XML)
t 仅特征表
x 核苷酸 INSDSSet (XML)
y 小序列 (XML)
YFASTA
z 蛋白质 INSDSSet (XML)

-g N 位标志(全部默认关闭):
HTML 1
2 XML
4个ContigFeats
8个ContigSrc
16远传

-h N 锁定/查找标志(全部默认关闭):
8 锁芯
16 查找比较
第64话

-i 文件名
输入文件名(默认 = stdin)

-j N 开始位置(默认为 0,序列开始)

-k N 结束位置(默认为 0,序列结束)

-l 文件名
日志文件

-m 模式
模式:
发布
恩特雷兹
s 亮片(默认)
转储

-n 文件名
Asn2Flat 可执行文件(默认值 = asn2flat)

-o 文件名
输出文件名(默认 = stdout)

-p 传播顶级描述符

-q 文件名
Ffdiff 可执行文件(默认 = /netopt/genbank/subtool/bin/ffdiff)

-r 启用远程抓取

-s 样式
类型:
n 正常(默认)

米大师
重叠群

-t N 批次:
1报告
2 亮片/发布
3 asn2gb SSEC/无清理
4 asn2flat BSEC/无清理
5 asn2gb/asn2flat
6 asn2gb 新 dbxref/旧 dbxref
7 旧asn2gb/newasn2gb
-u N 自定义标志(全部默认关闭):
4 隐藏特征
1792 隐藏引用
8192 隐藏来源
262144 隐藏翻译

-y N 功能项ID

使用 onworks.net 服务在线使用 asn2gb


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