这是命令 autogrid4，可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序：
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autogrid - 为 AutoDock 分析准备蛋白质和配体
概要
自动网格4 [选项] -p 网格参数文件
商品描述
自动网格 准备非共价相互作用能量的 3D 网格表示
各种用户指定的配体原子类型将围绕用户指定的目标
高分子。 此外，静电势和去溶剂化自由能网格
也可以计算地图。 网格地图存储在纯文本文件中
扩展名“.map”并且是 AutoDock 4 执行对接所必需的。 自动网格也
输出一个“.xyz”文件，它描述了网格框的空间范围，以及一个 AVS
字段“.fld”文件，它描述了原子亲和网格映射的一致集合
对给定的目标大分子一起计算。 注意：有必要
计算配体或配体组中所有原子类型的网格图
对接，以及静电势网格图和去溶剂化自由能图。
例如，如果配体具有脂肪族碳和接受氢键的氧
原子，有必要同时计算“C”映射和“OA”映射。 看
http://autodock.scripps.edu/faqs-help/faq/where-do-i-set-the-autodock-4-force-field-
有关 AutoDock 4 原子类型的更多信息的参数。
AutoGrid 的输入最好使用程序套件 AutoDockTools 进行准备。 没有
在没有网格的情况下运行 autodock4 的方法。
配置
-o 使用旧的 PDBq 格式（第 55-61 列中的 q）
-u 使用信息，还有 -h 在 Debian 上。
-d 增加消息的详细程度以帮助调试。
-l 日志文件
-p filename 指定网格参数文件
例
AutoGrid 源提供了一系列测试，可按如下方式使用：
$ D=/usr/share/doc/autogrid/测试
$ cd / tmp目录
$ ln -s $D/AD4_parameters.dat 。
$ gunzip -c $D/hsg1_sm.pdbqt.gz > hsg1_sm.pdbqt
$ autogrid4 -p $D/hsg1_no_receptor_types.gpf -l hsg1_no_receptor_types.glg
此命令为每个 AutoDock 原子类型准备网格映射文件
网格参数文件（在这种情况下：hsg1_sm.A.map、hsg1_sm.C.map、hsg1_sm.d.map、
hsg1_sm.e.map, hsg1_sm.HD.map, hsg1_sm.NA.map, hsg1_sm.N.map, hsg1_sm.OA.map), AVS
字段文件 (hsg1_sm.maps.fld) 和 hsg1_sm.maps.xyz。 要执行翘曲计算，
AutoDock 应该被执行，尽管它需要一个单独的对接参数文件（带有
扩展名.dpf）。 “DPF”是指对接所必需的网格图文件
并允许设置其他重要参数，例如搜索方法和方式
许多对接要执行。
使用 onworks.net 服务在线使用 autogrid4
