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巴贝尔, 奥巴贝尔 — 用于化学和分子建模数据文件的转换器

概要

巴贝尔 [-H 帮助选项]
巴贝尔 [配置[-i 输入类型] 入档 [-o 输出类型] 输出文件

奥巴贝尔 [-H 帮助选项]
奥巴贝尔 [配置[-i 输入类型 | -“微笑字符串"] 入档 [-o 输出类型] -O 输出文件

商品描述

巴贝尔 是一个跨平台程序，旨在在许多文件格式之间相互转换
分子建模和计算化学及相关领域。

奥巴贝尔 和 巴贝尔 略有不同。 第一个更接近正常的 Unix 约定
用于命令行程序，当用户需要指定参数值时更灵活
关于选项。 和 巴贝尔 这仅在选项是最后一个时才有效； 和 奥巴贝尔
不适用此类限制。 它还有一个输入 SMILES 字符串的快捷方式，
可以用来代替输入文件。

Open Babel 也是一个完整的程序员工具包，用于开发化学软件。 为了
更多信息，请参阅 Open Babel 网页http://openbabel.org/>.

配置

如果只给出输入和输出文件，Open Babel 会从
文件扩展名。

-“微笑字符串"
输入 SMILES 字符串并使用它代替输入文件。 SMILES 字符串应该是
用引号括起来。 可以使用多个，并且可以是一个分子标题
如果用引号括起来，则包括在内。

-a 选项
特定于格式的输入选项。 看 -H 格式 ID 对于特定允许的选项
格式

--添加标题
将文本附加到当前分子标题

--添加公式
在当前分子标题后追加分子式

-b 转换成键：例如，[N+]([O-])=O 到 N(=O)=O

-c 中心原子坐标在 (0,0,0)

-C 将第一个文件中的分子与具有相同名称的其他分子合并

-e 出错后继续

-d 删除氢

---错误级别 2
过滤显示的错误和警告级别：
1 = 仅严重错误
2 = 也包括警告（默认）
3 = 也包括信息性消息
4 = 包括数据更改的“审计日志”消息
5 = 也包括调试消息

-f # 对于多条目输入，以分子 # 作为第一条目开始导入

-F 输出可用的指纹类型

-h 添加氢

-H 输出使用信息

-H 格式 ID
输出格式信息和指定格式的选项

-大厅
所有格式的输出格式信息和选项

-一世
指定输入格式，可用格式见下文

-j

- 加入
将所有输入分子连接到单个输出分子条目中

-k 翻译计算化学建模关键字（例如 GAMESS 和 Gaussian）

-m 生成多个输出文件，以允许：
- 拆分一个输入文件 - 将每个分子放入连续编号
输出文件
- 批量转换 - 将多个输入文件中的每一个转换为指定的
输出格式

-l # 对于多条目输入，以分子 # 作为最后一个条目停止导入

-o 格式 ID
指定输出格式，可用格式见下文

-O 输出文件
指定输出文件。 此选项适用于 奥巴贝尔 只。

-p 添加适合 pH 值的氢（使用 phmodel.txt 中的转换）

- 财产
添加或替换属性（例如，在 MDL SD 文件中）

-s 智能
仅转换与指定的 SMARTS 模式匹配的分子

- 分离
将不连贯的片段分成单独的分子记录

-t 所有输入文件描述单个分子

- 标题 标题
添加或替换分子标题

-x 选项
特定于格式的输出选项。 看 -H 格式 ID 对于特定允许的选项
格式

-v 智能
仅转换分子 不是 匹配指定的 SMARTS 模式

-V 输出版本号并退出

-z 使用 gzip 压缩输出

文件 FORMATS

Open Babel 目前支持以下格式：
acr -- Carine ASCI 水晶
alc -- 炼金术格式
arc -- Accelrys/MSI Biosym/Insight II CAR 格式 [只读]
bgf -- MSI BGF 格式
box -- Dock 3.5 Box 格式
bs -- 球棒格式
c3d1 -- Chem3D 笛卡尔 1 格式
c3d2 -- Chem3D 笛卡尔 2 格式
caccrt -- 可可笛卡尔格式
缓存 -- CACh MolStruct 格式 [只写]
cacint -- Cacao 内部格式 [只写]
can -- 标准的 SMILES 格式
car -- Accelrys/MSI Biosym/Insight II CAR 格式 [只读]
ccc -- CCC 格式 [只读]
cdx -- ChemDraw 二进制格式 [只读]
cdxml -- ChemDraw CDXML 格式
cht -- Chemtool 格式 [只写]
cif -- 晶体学信息文件
cml -- 化学标记语言
cmlr -- CML 反应格式
com -- 高斯 98/03 笛卡尔输入 [只写]
copy -- 复制原始文本 [只写]
crk2d -- 化学资源工具包二维图格式
crk3d -- 化学资源工具包 3D 格式
csr -- Accelrys/MSI Quanta CSR 格式 [只写]
cssr -- CSD CSSR 格式 [只写]
ct -- ChemDraw 连接表格式
dmol -- DMol3坐标格式
ent -- 蛋白质数据库格式
fa -- FASTA 格式 [只写]
fasta -- FASTA 格式 [只写]
fch -- 高斯格式检查点文件格式 [只读]
fchk -- 高斯格式检查点文件格式 [只读]
fck -- 高斯格式检查点文件格式 [只读]
feat -- 特征格式
fh -- Fenske-Hall Z 矩阵格式 [只写]
fix -- SMILES FIX 格式 [只写]
fpt -- 指纹格式[只写]
fract -- 自由形式的分数格式
fs -- 打开 Babel FastSearching 数据库
fsa -- FASTA 格式 [只写]
g03 -- 高斯 98/03 输出 [只读]
g98 -- 高斯 98/03 输出 [只读]
gam -- GAMESS 输出 [只读]
gamin -- GAMESS 输入 [只写]
gamout -- GAMESS 输出 [只读]
gau -- 高斯 98/03 笛卡尔输入 [只写]
gjc -- 高斯 98/03 笛卡尔输入 [只写]
gjf -- 高斯 98/03 笛卡尔输入 [只写]
gpr -- Ghemical 格式
gr96 -- GROMOS96 格式 [只写]
hin -- HyperChem HIN 格式
inchi -- IUPAC InChI [只写]
inp -- GAMESS 输入 [只写]
ins -- ShelX 格式 [只读]
jin -- Jaguar 输入格式 [只写]
jout -- Jaguar 输出格式 [只读]
mdl -- MDL MOL 格式
mmd -- 宏模型格式
mmod -- 宏模型格式
mol -- MDL MOL 格式
mol2 -- Sybyl Mol2 格式
molreport -- 打开 Babel 分子报告 [只写]
moo -- MOPAC 输出格式 [只读]
mop -- MOPAC 笛卡尔格式
mopcrt -- MOPAC 笛卡尔格式
mopin -- MOPAC 内部
mopout -- MOPAC 输出格式 [只读]
mpc -- MOPAC 笛卡尔格式
mpd -- Sybyl 描述符格式 [只写]
mpqc -- MPQC 输出格式 [只读]
mpqcin -- MPQC 简化输入格式 [只写]
nw -- NWChem 输入格式 [只写]
nwo -- NWChem 输出格式 [只读]
pc -- PubChem 格式 [只读]
pcm -- PCModel 格式
pdb——蛋白质数据库格式
pov -- POV-Ray 输入格式 [只写]
pqs -- 并行量子解格式
prep -- Amber Prep 格式 [只读]
qcin -- Q-Chem 输入格式 [只写]
qcout -- Q-Chem 输出格式 [只读]
报告 -- 打开 Babel 报告格式 [只写]
res -- ShelX 格式 [只读]
rxn -- MDL RXN 格式
sd -- MDL MOL 格式
sdf -- MDL MOL 格式
smi -- 微笑格式
sy2 -- Sybyl Mol2 格式
tdd -- 热格式
test -- 测试格式[只写]
热 - 热格式
tmol -- TurboMole 坐标格式
txyz -- Tinker MM2 格式 [只写]
unixyz -- UniChem XYZ 格式
vmol -- ViewMol 格式
xed -- XED 格式 [只写]
xml -- 通用 XML 格式 [只读]
xyz -- XYZ 笛卡尔坐标格式
yob -- YASARA.org YOB 格式
zin -- ZINDO 输入格式 [只写]

FORMAT 配置

个别文件格式可能有额外的格式选项。

输入格式选项以“a”开头，例如 -as

输出格式选项以“x”开头，例如 -xn

有关更多特定信息和选项，请使用 -H
例如，-Hcml

示例

标准换算：
babel -ixyz 乙醇.xyz -opdb 乙醇.pdb
从 STDIN 中的 SMI 文件转换为写入 STDOUT 的 Mol2 文件：
巴别塔-ismi-omol2
将一个多分子文件拆分成new1.smi、new2.smi等：
babel infile.mol new.smi -m

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