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彩虹 - 彩虹 2.0.4 的手册页 --[电子邮件保护], [电子邮件保护]>
概要
彩虹 [选项]
商品描述
彩虹2.0.4 -- <[电子邮件保护], [电子邮件保护]>
簇
输入文件格式：成对的 fasta/fastq 文件输出文件格式：
\t \t \t
-1 输入fasta/fastq文件，支持多个'-1'
-2 输入fasta/fastq文件，支持多个'-2' [null]
-l
读取长度，默认值：0 变量
-m
最大失配 [4]
-e
完全匹配阈值 [2000]
-L 低水平的多态性
DIV
输入文件格式： \t \t \t 输出
文件格式：
\t \t \t [\t ]
-i 输入文件 [标准输入]
-o 输出文件 [标准输出]
-k
K_allele, min 变体以创建新组 [2]
-K
K_allele，当变体数量超过此值时，无论频率如何划分
[50]
-f
频率，创建新组的最小变体频率 [0.2]
合并
输入文件格式：
\t \t \t [\t ]
-i 输入 rbasm 输出文件 [stdin]
-a 输出组件
-o 合并重叠群的输出文件，每簇一行 [stdout]
-N
要合并的最大分割簇数 [300]
-l
组装两个读取时的最小重叠（仅当“-a”打开时有效）[5]
-f
组装时的最小相似度（仅在打开“-a”时有效）
[0.90]
-r
要组装的最小读取数（仅当“-a”打开时有效）[5]
-R
要组装的最大读取数（仅当“-a”打开时有效）[300]
用途：彩虹[选项]
簇
输入文件格式：成对的 fasta/fastq 文件输出文件格式：
\t \t \t
-1 输入fasta/fastq文件，支持多个'-1'
-2 输入fasta/fastq文件，支持多个'-2' [null]
-l
读取长度，默认值：0 变量
-m
最大失配 [4]
-e
完全匹配阈值 [2000]
-L 低水平的多态性
DIV
输入文件格式： \t \t \t 输出
文件格式：
\t \t \t [\t ]
-i 输入文件 [标准输入]
-o 输出文件 [标准输出]
-k
K_allele, min 变体以创建新组 [2]
-K
K_allele，当变体数量超过此值时，无论频率如何划分
[50]
-f
频率，创建新组的最小变体频率 [0.2]
合并
输入文件格式：
\t \t \t [\t ]
-i 输入 rbasm 输出文件 [stdin]
-a 输出组件
-o 合并重叠群的输出文件，每簇一行 [stdout]
-N
要合并的最大分割簇数 [300]
-l
组装两个读取时的最小重叠（仅当“-a”打开时有效）[5]
-f
组装时的最小相似度（仅在打开“-a”时有效）
[0.90]
-r
要组装的最小读取数（仅当“-a”打开时有效）[5]
-R
要组装的最大读取数（仅当“-a”打开时有效）[300]
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