这是命令 bowtie-build 可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序：
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bowtie-build - 为 bowtie 构建色彩空间索引
概要
领结 [选项]*
商品描述
参考输入
带有 ref 序列的以逗号分隔的文件列表
ebwt_outfile_base
使用此目录/基本名称将 Ebwt 数据写入文件
配置
-f 参考文件是 Fasta（默认）
-c 在 cmd 行上给出的参考序列（如)
--大索引
强制生成的索引为“大”，即使 ref 少于 4 亿
核苷酸
-C/ - 颜色
建立色彩空间索引
-a/--noauto
禁用自动 -p/--bmax/--dcv 内存拟合
-p/--打包
在内部使用压缩字符串； 更慢，使用更少的内存
--bmax
分块后缀数组构建器的最大桶 sz
--bmaxdivn
最大桶 sz 作为 ref len 的除数（默认值：4）
--dcv
分块的差异覆盖期（默认值：1024）
--节点 禁用差异覆盖（算法变为二次）
-r/--诺瑞夫
不要构建 .3/.4.ebwt（打包参考）部分
-3/--justref
只需构建 .3/.4.ebwt（打包参考）部分
-o/--offrate
SA 每 2^offRate BWT 字符采样一次（默认值：5）
-t/--ftabchars
初始查找中消耗的字符数（默认值：10）
--ntoa 参考 As 转换 Ns
- 种子
随机数生成器的种子
-q/ - 安静的
详细输出（用于调试）
-h/ - 帮助
打印工具及其选项的详细说明
- 用法
打印此使用消息
- 版
打印版本信息并退出
64 位构建于 lgw01-11 Thu Nov 26 11:11:03 UTC 2015 编译器：gcc 版本 5.2.1 20151123
(Ubuntu 5.2.1-25ubuntu1) 选项： -氧气 -Wl,--hash-style=两者 -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -氧气
-fstack-protector-强 -格式 -错误=格式安全 -g -氧气 -fstack-protector-强
-格式 -错误=格式安全 -Wl,-B符号函数 -Wl,-z,relro Sizeof {int, long,
长长，无效*，size_t，off_t}：{4}
使用 onworks.net 服务在线使用 bowtie-build
