这是命令 bowtie2-build 可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序：
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bowtie2-build - bowtie2-build-* 的包装器
概要
领结2-build [选项]*
商品描述
本·朗米德 (Ben Langmead) 的 Bowtie 2 版本 2.2.6 ([电子邮件保护]，www.cs.jhu.edu/~langmea）
参考输入
带有 ref 序列的以逗号分隔的文件列表
bt2_索引_库
将 bt2 数据写入具有此目录/基本名称的文件
*** Bowtie 2 索引仅适用于 v2（不适用于 v1）。 对于 v1 索引也是如此。 ***
配置
-f 参考文件是 Fasta（默认）
-c 在 cmd 行上给出的参考序列（如)
--大索引
强制生成的索引为“大”，即使 ref 少于 4 亿
核苷酸
-a/--noauto
禁用自动 -p/--bmax/--dcv 内存拟合
-p/--打包
在内部使用压缩字符串； 更慢，更少的内存
--bmax
分块后缀数组构建器的最大桶 sz
--bmaxdivn
最大桶 sz 作为 ref len 的除数（默认值：4）
--dcv
分块的差异覆盖期（默认值：1024）
--节点 禁用差异覆盖（算法变为二次）
-r/--诺瑞夫
不要构建 .3/.4 索引文件
-3/--justref
只需构建 .3/.4 索引文件
-o/--offrate
SA 每 2^ 采样一次BWT 字符（默认值：5）
-t/--ftabchars
初始查找中消耗的字符数（默认值：10）
- 种子
随机数生成器的种子
-q/ - 安静的
详细输出（用于调试）
-h/ - 帮助
打印工具及其选项的详细说明
- 用法
打印此使用消息
- 版
打印版本信息并退出
使用 onworks.net 服务在线使用 bowtie2-build
