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boxshade - 多序列比对的漂亮打印

概要

遮光罩

商品描述

遮光罩 是一个用于漂亮打印多对齐输出的程序。 程序本身
不做任何对齐，你必须使用像 ClustalW 或
堆积并使用这些程序的输出作为 BOXSHADE 的输入。

-救命
显示帮助。

-检查
显示帮助和扩展命令行。

-def
使用默认值，没有不必要的问题。

-numdef
使用默认编号。

-脱氧核糖核酸
假设 DNA 序列，使用 box_dna.par。

-分裂
为多个页面创建单独的文件。

-toseq=XXX
按序号遮光 XXX.

-输入=

是输入文件名。

-出=

是输出文件名。

-标准=

是参数文件名。

-模拟=

是相似残基定义的文件名。

-grp=

是分组残基定义的文件名。

-thr=x

x 是必须达成共识的序列的分数。

-开发=x

x 是输出设备类（见下文）。

-类型=x

x 是输入文件格式（见下文）。

-统治者
打印标尺线。

-缺点
创建共识线。

-符号符号=XYZ

XYZ 是共识符号。

-symbcons="XYZ"
如果上面的一个不起作用，请尝试这个。

-unix
输出文件行仅以 LF 终止。

-苹果电脑
输出文件行仅以 CR 终止。

-二
输出文件行以 CRLF 终止。

本手册页是为 Debian(TM) 发行版编写的，因为原始程序
没有手册页。 所提供的信息来自于文档
3.21 版本的 Web 服务不作为 Debian 软件包提供。

BOXSHADE 是一个程序，用于从多重对齐的蛋白质或
DNA 序列。 程序本身没有对齐，它必须将一个文件作为输入
由多对齐程序或多文件编辑器预处理。 请参阅下面的
支持的输入格式和输出设备列表。 在标准的 BOXSHADE 输出中，
多重比对图中相同和相似的残基表示为
不同的颜色或阴影。 还有一些关于阴影类型的选项
应用、序列编号、共识输出等。 用户界面有点
目前很笨拙，一个人必须回答很多问题才能得到想要的
输出。 但是，可以使用标准中的默认参数
参数文件或从命令行为程序提供参数。 在
目前，BOXSHADE 的 VMS 和 DOS 版本具有相同的用户界面。

输入 格式
BOXSHADE 3.2 知道以下输入文件格式：（其中一些通常用于
仅适用于 MSDOS 或 VMS 系统）+ CLUSTAL 和 CLUSTALV，多重对齐程序，
DOS/VMS/MAC默认扩展名.ALN+ESEE，多序列编辑器，DOS默认扩展名
.ESE + PHYLIP, 系统发育分析包, DOS, VMS, UNIX 默认扩展名.PHY +
GCG序列分析包VMS/UNIX默认扩展名.MSF的PILEUP和PRETTY
和.PRE NB！！ 强烈建议您不要使用 PRETTY 格式作为输入，它可能是
与 .MSF 输入的修订版不兼容。 我们实际上无法思考为什么有人
现在会使用这种格式，.MSF 文件通常更有用。 + 诽谤，多个
序列编辑器，VMS 仅默认扩展名 .MAL BOXSHADE 尝试确定文件类型
来自扩展，但如果使用不同的扩展也可以工作。

输出 设备
POSTSCRIPT/EPS 创建 POSTSCRIPT(TM) 文件以在激光打印机上打印或进一步
使用 POSTSCRIPT 解释器（如 GHOSTSCRIPT）+ HPGL 进行转换以导出到各种
图形程序或使用共享软件程序 PRINTGL 进行转换/打印。 绘图
通常不建议在绘图仪上输出 BOXSHADE + RTF 以导出到各种
文字处理和图形程序 + CRT，使用直接屏幕写入 PC 显示器。
可能的选项取决于所使用的图形适配器。 仅支持此输出设备
在 MSDOS 版本中。 + ANSI。 在 PC 上，此选项使用 ANSI 设备驱动程序 (ANSI.SYS)
之前必须在 CONFIG.SYS 中加载。 可能的字符再现是相反的，
粗体、下划线、闪烁等。在非 DOS 系统上，此选项的行为或多或少类似于
VT100 输出模式。 + VT100 用于在 VT100 兼容终端或仿真器上显示。 +
ReGISterm 用于在 ReGIS 兼容的图形终端或模拟器上显示。 + ReGISfile 用于
稍后通过程序 RETOS（版权 DEC）进行转换，以便在 DIGITAL 上打印
打印机系列。 + LJ250 用于在 DIGITALS LJ250 彩色打印机上打印。 + ASCII 输出
显示保守的残基或变化的残基（其他为“-”）。 + 图文件为
图 2.1. + 用于导入 Mac 和 PC 图形程序的 PICT 文件。 上面的一些格式
提供缩放字符和旋转情节的可能性。 字符大小
必须以“点”单位输入。 正常输出方向处于纵向模式
（仅限 PS/EPS/HPGL/PICT），要获得横向输出，'rotate plot = y' 有
被选中。 创建多页输出时，所有页都包含在一个输出中
文件。 如果需要每个文件一页，则必须使用命令行参数 /SPLIT。
这是在请求 EPSF 或 PICT 文件输出时强制执行的，因为多页 EPSF 是
EPSF 和大 PICT 文件的目的的矛盾可能太大了
大多数个人电脑。 使用终端作为输出设备时，'RETURN' 键有
按下以获取下一页输出。

序列 编号
从 2.2 版开始，可以为输出文件添加编号。
数字打印在序列名称和序列本身之间。 由于大部分
输入文件要么不使用编号，要么编号对齐中的第一个位置
总是带有“1”（这不一定反映原始数据中的数字）
序列），要求用户输入每个序列的起始位置。 命令
行标志 /DEFNUM 抑制了该问题，假定所有的起始位置为 1
序列。 Boxshade 从为最左边位置输入的值开始并继续
对每个有效符号进行编号，跳过空格，“-”，“。” 和类似的东西。

默认 参数
有几个使用 BOXSHADE 以前版本的人指出我需要
程序提出的各种问题的默认参数。 他们认为大多数
站点仅使用一种类型的输入文件、一种输出设备和一种颜色选择
输出。 因此，我添加了默认参数管理，允许两个级别
对用户的帮助。 1) 所有默认参数都包含在一个 ASCII 文件中，该文件可以
易于修改以适应用户的口味。 格式大致记录在
文件头，它类似于使用程序时必须进行的键盘输入
交互地。 此版本的 BOXSHADE 提供了两个这样的文件，
BOX_DNA.PAR 和 BOX_PEP.PAR ，保存一些肽的示例参数和
dna 比较。 这两者之间没有太大区别，主要是
当对 DNA 比较进行着色时，人们并不关心“相似”的残基。 2）运行程序
以最少的用户交互，我增加了使用命令行的可能性
参数。 目前，您可以使用： /check : 列出所有允许的命令行参数
（此列表）并允许添加参数。 /def ：程序运行没有问题，
BOX_PEP.PAR 用作默认 /dna : 使程序使用 BOX_DNA.PAR 作为参数文件
/pep : 使程序使用 BOX_PEP.PAR 作为参数文件 /in=xxx : 使程序
take xxx as input file /out=yyy : 使程序以yyy作为输出文件（注1）
/par=zzz ：使程序使用 zzz 作为默认参数文件 /type=1 ：使
程序假设输入文件类型为 1 (PRETTY/MSF) 的/ dev=1 : 使程序假设并且
类型 1 (CRT) /numdef 的输出设备：使用默认编号（所有序列以
"1") /thr ：必须达成共识的残基阈值分数 /split ：forces
每个文件输出一页，创建多个输出文件。 /cons : 使程序创建
额外的共识线（见下文）/symbcons=：影响共识线的方式
被陈列。 （见下文） /unix ：以 unix 风格写入输出文件（仅限 LF）（注 2）/dos
: 以 DOS 风格 (CR/LF) 写入输出文件 (note2) note1: 在 unix 机器上，使用 out=OUTPUT
对于 DOS 机器上的终端输出，使用 out=con: 在 VMS 机器上，使用 out=tt: note2: if
没有指定模式，使用机器的原生样式。

注意
在 unix 系统上，必须使用破折号 (-) 而不是斜线 (/) 作为分隔
命令行参数的字符。 例如，一个有效的 unix 命令行是：
遮光罩 -def -numdef -缺点 -symbcons=" .*”

底纹 策略 （相似 至 共识 or 单 序列）
从版本 3 开始，BOXSHADE 有一个新的着色系统。 第一个区别是
引入必须同意的残留阈值分数
共识。 以前，该程序假定某些残留物始终是共识。 如果
没有两个残基是相同的，第一个序列提供了共有残基。 这个
阈值分数可以是 0.0 和 1.0 之间的任何数字。 的序列数
必须同意才能达成共识，正如您所料，这分数乘以
比对中的序列总数（序列的分数为 3.2，例如 XNUMX
变成 4)。 第二个区别是“相似性共识”的思想； 这试图
考虑所有序列可能具有（例如）R 或 K 的情况
立场，但都不是多数。 遮蔽一种类型的残留物是不合逻辑的
为“相同”，另一个为“相似”； 阈值函数也可能消除
两者都因为数量太少。 因此，如果没有一个残基是
在一个位置守恒（大于阈值），程序寻找一组
满足要求的氨基酸。 “组”在 .grp 文件中定义。 用户
可以根据他们的个人偏见定制这些。 任何未列出的氨基酸都被假定为不
成群结队。 一个组的所有成员都被认为是相互相似的，不像
.sim 文件，如下所述。 如果发现相似性一致，则所有残基
共识使用用户定义的“相似”阴影进行阴影处理。 如果用户不
选择“相似性着色”，仅查看身份类型的共识。 如果
找到身份类型共识，运行相似度着色，程序
查看剩余的残基是否与共有残基相似。 这里的
使用 box_xxx.sim 文件。 这些文件中的关系之间的主要区别和
.grp 文件中的那些是，例如在 .grp 文件中，STA 行意味着所有三个
aas 是相互相似的。 在 .sim 文件中，STA 表示 T 和 A 都被考虑
与 S 相似，其中在超过阈值数量的情况下有一个保守的 S 残基
序列。 然而，这并不意味着 T 和 A 彼此相似。 注意
两种残留物或残留物组满足阈值要求的情况（如
可能会发生 thr 的值。 小于或等于 0.5 的分数）被视为
没有共识。 这描述了主要的着色模型'着色根据一个
共识'。 替代模型称为“根据主序列着色”。 在
在这种情况下，用户会被提示输入一系列的比对，并连续
序列被视为“共识”。 只有那些残留物会变成阴影
与所选序列相同或相似。 使用此选项获得的输出往往是
较少阴影并忽略其他（非选择）序列之间的相似性。 开始
在 V2.7 中，可以隐藏这个“主序列”。 因此，它只影响阴影的
其他序列而不显示本身。

共识 显示、
从 2.5 版开始，BOXSHADE 提供了创建附加行的可能性
持有共识符号。 该行可以通过使用命令行获得
限定符 /CONS 或通过回答问题“创建共识？ '。 道路
这个共识行显示可以通过命令行参数修改
SYMBCONS=xyz，通过编辑 .PAR 文件中的相应条目或以交互方式。 由于
SYMBCONS 语法不直观，这里简单说明一下：SYMBCONS 参数包括
正好三个符号：+第一个代表“正常”序列残基，它们是
不涉及任何类似/相同的关系。 + 第二个符号代表
在比对的所有序列中相似的位置。 查看文件 BOX_PEP.SIM
和 BOX_DNA.SIM 以查看哪些残基被认为是相似的。 + 第三个符号代表
在比对的所有序列中相同的位置。 SYMBCONS 参数
字符串“.*”（空白/点/星号）表示：标记对齐中的所有位置
完全相同的残基用星号表示，所有位置与所有相似的残基用一个
点而不标记其他位置。 可以使用字母“B”代替
空白，这是必要的，例如当使用命令行选项 /SYMBCONS=B.* 时，它给出
与上面的例子相同的结果。 选项 /SYMBCONS= .* 将导致
意外行为，因为 MSDOS 从命令行中挤出了空白。 除了
点、星号等符号，出现时有两个特殊字符
SYMBCONS 字符串：'L' 和 'U'。 'L' 的意思是，小写的
将使用该位置上最丰富的残基而不是固定的共有符号
而“U”表示该残基的大写字符表示。 一个可能
应用程序将是 SYMBCONS 字符串“LU”，其中类似的残基由
小写字符和大写字符相同。

共享软件/PD 程式 有用 in 结合 遮光罩
BOXSHADE 使用的多个对齐文件可以创建，其中包括
以下 PD/免费软件程序： + Joe Felsenstein 的 PHYLIP，可通过 ftp 从
anthro.utah.edu + ESEE 由 Eric Cabot 提供，与 BOXSHADE 的来源相同（参见
以上）+ Des Higgins 的 CLUSTAL，同样用于 POSTSCRIPT 文件的预览/转换，
强烈推荐 GNU 软件基金会的 GHOSTSCRIPT 程序。 可以使用
来自所有主要的 MSDOS ftp 站点（例如 SIMTEL 或 ftp.uni-koeln.de） 还有一个版本
经测试可与 vax0.biomed.uni-koeln.de 上的 boxshade 一起使用，尽管这可能是
不是最新版本。 对于 Mac 用户，有 MacGhostscript，也可以从
主要档案（info-mac、umich 及其镜像）。 一个*非常*好的工具，用于放置
将图像预览到 EPSF 文件中，通常是合并到绘图中的先决条件
包，是 PS2EPS，由 Peter Lerup。 这可以在 info-mac 上找到。 用于预览/转换
对于 HPGL 文件，强烈推荐 Cary Ravitz 的共享软件程序 PRINTGL 1.18。 它
可以从许多 MSDOS ftp 站点和从 [电子邮件保护] - 点输出
打印机 - 由于 PRINTGL 提供了广泛的打印机类型选择并且是一个不错的程序，我
推荐使用它在非 POSTSCRIPT 打印机上打印 BOXSHADE 输出。 使用 HPGL 输出
有选项 0F1N 表示正常残基 2F1N 表示相同残基 3F1N 表示相似残基
残基 2F4N 用于保守残基 8 用于未旋转的字符大小（这些是
BOX_PEP.PAR 中的标准参数）用于创建 HPGL 文件。 （让我们称之为 TEST.PLT）现在
通过调用 PMI 以交互方式使用 PRINTGL 或使用如下命令行：PRINTGL
/Fx/S0340/Waaac/Ptest.plt 其中 test.plt 将替换为要转换的文件名和
表达式 /Fx 中的 x 将替换为您使用的打印机的字母。 （看
PRINTGL 文档了解更多详情）

限制

RTF 输出和 PHYLIP 输入实现仍处于试验阶段。 请告诉我
您对该计划的体验。 + 当前DOS版本仅支持13个序列
每个有 2000 个残基。 可以在源代码中轻松更改此参数。 如果你
无法编译源代码，因为您缺少 pascal 编译器，请联系作者
对于预编译版本

引用 遮光罩

BOXSHADE 上没有出版物，也没有计划。 大多数人只是将它用于
出版物中的数字，不要提及任何内容，这对作者来说是可以的
遮光罩。 如果你真的很想提到 BOXSHADE，你可以在
图图例或在序列分析的 Mat&Meth 部分。

使用 onworks.net 服务在线使用 boxshade