这是 bp_fetchp 命令，可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序：
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bp_fetch.pl - 从 bioperl 索引数据库中获取序列
概要
bp_fetch.pl 瑞士：ROA1_HUMAN
bp_fetch.pl 网：：基因库：JX295726
bp_fetch.pl 网络::genpept:ROA1_HUMAN
bp_fetch.place::myserver.somewhere.edu,21000:X56676
bp_fetch.pl -fmt GCG 瑞士：ROA1_HUMAN
商品描述
使用 Bioperl 中的数据库访问系统获取序列。 最常见的用途是
从使用 bpindex.pl 构建的 bioperl 索引中 bp_fetch 序列，或获取序列
来自 NCBI 网站
检索序列的格式特意类似于 GCG/EMBOSS 格式，如
在以下：
数据库：名称
具有放入“元”数据库类型的潜力，是
元::数据库：名称
元信息可以是三种类型之一
本地 - 本地索引平面文件数据库
net - 联网的 http: 基于数据库
ace - ACeDB 数据库
对于没有元数据库信息的数据库名称，此信息默认为“本地”
配置
-fmt - 输出格式
Fasta（默认）、EMBL、Raw、swiss 或 GCG
-acc - 字符串是登录号，而不是
ID。
仅供专家使用的选项
-dir - 查找索引文件的目录
（覆盖 BIOPERL_INDEX 环境变量）
-类型- 要打开的 DBM 文件类型
（覆盖 BIOPERL_INDEX_TYPE 环境变量）
环境
bp_index 和 bp_fetch 使用环境变量协调数据库所在的位置
BIOPERL_INDEX。 这可以使用 -dir 选项覆盖。 索引类型（SDBM 或
DB_File 或其他索引文件）由 BIOPERL_INDEX_TYPE 变量控制。 这个
默认为 SDBM_File
使用 IT 你自己
bp_fetch 是支持 Bio::DB::BioSeqI 的 bioperl 模块的包装器
抽象接口。 这些包括：
作者代码
James Gilbert - Fasta 索引器，抽象索引器
Aaron Mackay - GenBank 和 GenPept DB 访问
Ewan Birney - EMBL .dat 索引器
许多人 - SeqIO 代码
这些模块可以直接使用，比用这个脚本做系统要好很多
调用或管道读取。 阅读 bp_fetch 的源代码以了解它是如何使用的。
扩展 IT
bp_fetch 使用许多不同的模块来提供对数据库的访问。 任何模块
订阅 Bio::DB::BioSeqI 接口的可以在这里使用。 对于平面文件
索引器，这最好通过扩展 Bio::Index::Abstract 来完成，就像在
Bio::Index::EMBL 和 Bio::Index::Fasta。 要访问其他数据库，您需要
滚动你自己的界面。
对于新的输出格式，您需要添加一个新的 SeqIO 模块。 最简单的就是看
在 Bio::SeqIO::Fasta 并找出如何为您自己的格式破解它（称之为
明显不同）。
反馈
关于邮寄 书单
用户反馈是该模块和其他 Bioperl 模块演变过程中不可或缺的一部分。 发送
您的意见和建议最好发送到 Bioperl 邮件列表。 您的参与
非常感谢。
[email protected] - 一般讨论;一般交流
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - 关于邮件列表
报告仪表板 错误
向 Bioperl 错误跟踪系统报告错误，以帮助我们跟踪错误及其
解析度。 错误报告可以通过网络提交：
https://github.com/bioperl/bioperl-live/issues
使用 onworks.net 服务在线使用 bp_fetchp
