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bp_hivq.PL - Bio::DB::HIV 的交互式命令行界面和
生物::数据库::查询::HIVQuery

概要

$ perl bp_hivq.PL
hivq> 查询 C[亚型] SI[表型]
HIVQ> 预运行
返回 80 个序列
查询：C[亚型] SI[表型]
hivq> 输出文件 csi.fas
艾滋病病毒检测 > 运行
下载完成。
hivq> 输出文件 dsi.fas
hivq> 运行 D[亚型] SI[表型]
下载完成。
艾滋病毒检测> 计数
返回 25 个序列
查询：D[亚型] SI[表型]
艾滋病毒检测 > 退出
$

商品描述

BioPerl 模块 Bio::DB::HIV 和 Bio::DB::Query::HIVQuery 一起允许批量查询
使用简单的查询来对照洛斯阿拉莫斯国家实验室的 HIV 序列数据库
语言。 “bp_hivq.PL”提供了这些模块的使用示例，以及
LANL HIV 数据库的独立交互式命令行界面。 简单的命令允许
用户使用中实现的查询语言检索 HIV 序列和注释
Bio::DB::Query::HIVQuery。 请访问这些模块的手册页以获取更多详细信息。

用法

使用“perl bp_hivq.PL”运行脚本，或者在 Unix 中使用“./bp_hivq.PL”。 你会看到

艾滋病毒检测>

迅速的。 键入带有查询的命令来检索序列和注释数据。 请参阅
示例会话的概要。 可用命令如下所述。

TIPS
LANL 数据库相当复杂且广泛。 使用“查找”功能来探索
可用的数据库表和字段。 要识别特定字段的别名，请使用
“查找别名[字段名]”。 例如，查找名称奇怪的字段的简短别名
“seq_sample.ssam_second_receptor”，做

hivq> 查找别名 seq_sample.ssam_second_receptor

哪个返回

核心受体第二受体

现在，而不是以下查询

hivq> 运行 C[子类型] CCR5[seq_sample.ssam_second_receptor]

你知道你能做到

hivq> 运行 C[亚型] CCR5[核心受体]

使用“outfile”命令设置接收检索序列的文件。 你可以
只需在执行期间发出新的“outfile”命令即可更改当前输出文件
会议。 输出文件默认为标准输出。

使用“query”命令来验证查询，而无需访问数据库。 使用“预运行”
或“count”命令来获取查询的序列命中数，而不检索
数据。 使用“run”或“do”执行完整的查询，将序列数据检索到
当前设置的输出文件。

要批量处理“bp_hivq.PL”命令，请创建一个文本文件（例如“bp_hivq.cmd”）
每行包含一个所需的命令。 然后从 shell 执行以下命令：

$ cat bp_hivq.cmd | perl bp_hivq.PL

指令

这是完整的命令列表。 单括号（“[req_option]”）中的选项是
必需的; 双括号（“[[opt_option]]”）中的选项是可选的。

确认 : 之前切换交互确认
执行查询
exit : 退出脚本
find ：探索数据库模式
查找表 显示所有数据库表
find fields 显示所有数据库字段（列）
find fields [table] 显示[table]中的所有字段
查找别名 [字段] 显示 [字段] 的有效别名
help [[command]] : 显示命令帮助
如果未指定[[command]]，则列出所有
可用命令
id : 显示当前会话id
outfile [文件名] : 设置用于收集检索到的数据的文件
ping ：检查 LANL DB 是否可用
prerun [[query]] ：执行查询但仅检索命中计数
如果未指定 [[query]]，则使用当前查询
query [query] : 验证并设置当前查询
run [[query]] ：执行查询并检索数据
如果未指定 [[query]]，则使用当前查询
state : 显示脚本的当前状态

bye : “退出”的别名
config ：“状态”的别名
count ：“预运行”的别名
do ：“运行”的别名
out ：“outfile”的别名
quit ：“退出”的别名

配置

-v：详细； 打开内部debug()函数

信息反馈

邮件 书单
用户反馈是该模块和其他 Bioperl 模块演变过程中不可或缺的一部分。 发送
您的意见和建议最好发送到 Bioperl 邮件列表。 您的参与
非常感谢。

[电子邮件保护] - 一般讨论;一般交流
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - 关于邮件列表

报告 错误
向 Bioperl 错误跟踪系统报告错误，以帮助我们跟踪错误及其
解析度。 错误报告可以通过网络提交：

https://github.com/bioperl/bioperl-live/issues

著者 - 纪念 A. 詹森

马克·詹森[电子邮件保护]>

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