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bp_index.pl - 索引文件以供 bp_fetch.pl 使用

概要

bp_index.pl index_name file1 file2 等

商品描述

bp_index.pl 为参数列表中给出的序列文件构建 bioperl 索引，
在索引名称下。 例如

bp_index.pl nrdb /data/nrdb/nrdb.fasta

将构建一个名为“nrdb”的索引作为文件 nrdb.fasta 的索引名称，并且

bp_index.pl -fmt EMBL 瑞士 /data/swiss/*.dat

将为 /data/swiss 中以 .dat 结尾的所有文件建立一个名为 swiss 的索引
是 EMBL 格式。

索引是使用 Bio/Index/* 模块构建的，特别是 Bio::Index::EMBL 和
Bio::Index::Fasta 模块。 任何使用这些模块的脚本都可以使用索引。 一种
很好的示例脚本是 bp_fetch，它获取序列并将它们通过管道传输到 STDOUT，例如
例子

bp_fetch 瑞士：ROA1_HUMAN

从瑞士索引中获取 ROA1_HUMAN 序列，并将其以 fasta 格式写入 STDOUT。

配置

-fmt - Fasta（默认）、瑞士或 EMBL
-dir - 找到索引文件的目录
（覆盖 BIOPERL_INDEX 环境变量）

专家使用选项

-类型- DBM_file 类型。
（覆盖 BIOPERL_INDEX_TYPE 环境变量）
-v - 报告每个索引添加（调试）

环境

bp_index 和 bp_fetch 使用环境变量协调数据库所在的位置
BIOPERL_INDEX。 这可以使用 -dir 选项覆盖。 没有默认值，所以
您必须使用 -dir 选项或设置 BIOPERL_INDEX。

DB 类型与 BIOPERL_INDEX_TYPE 协调，如果它不存在，则默认为
无论安装了 bioperl 模块，它本身默认为 SDBM_File。

使用 IT 你自己

bp_index.pl 是驱动索引模块的脚本。 如果你想使用这个脚本
在你的工作中很重要，如果它是基于 Perl 的，几乎肯定会更好地查看
此脚本中的代码并将其复制（可能您更有可能想要使用
bp_fetch 代码）。

扩展 IT

bp_index 只是对在 bioperl 中发现的 James Gilbert 的优秀索引模块的包装

信息反馈

邮件 书单
用户反馈是该模块和其他 Bioperl 模块演变过程中不可或缺的一部分。 发送
您的意见和建议最好发送到 Bioperl 邮件列表。 您的参与
非常感谢。

[电子邮件保护] - 一般讨论;一般交流
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - 关于邮件列表

报告 错误
向 Bioperl 错误跟踪系统报告错误，以帮助我们跟踪错误及其
解析度。 错误报告可以通过网络提交：

https://github.com/bioperl/bioperl-live/issues

著者 - 伊万 伯尼

伊万·伯尼[电子邮件保护]>

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