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chemtool - 化学结构编辑器

概要

化学工具 [文件名]

商品描述

化学工具 是一个绘制有机分子并将它们导出为 X 位图、PNG、
PicTeX、Xfig、SVG、SXD、MDL 或 EPS 文件。 它使用 GTK 在 X Window 系统下运行
小部件集。

该程序提供了基本上无限制的撤消/重做、两种文本字体和符号、七个
颜色，以多种缩放比例绘制，以及方形和六边形背景网格，更容易
对准。

示例

在所有绘图和编辑模式下，鼠标一键（通常是左键）用于
标记或绘制对象，而按钮三（右侧按钮）可用于删除对象
当前类型。 中键主要用于键合绘制模式
允许快速更改键类型。 从 1.5 版开始，默认存储
数据文件的目录和要使用的文件扩展名，可以通过
配置对话框。

画画 of 债券：
可以在 4 种不同的角度设置中绘制债券（间隔 30° 的六边形，两个
具有 72° 间隔（不同方向）的五边形和 45° i 八边形）。 （中间的
在所有这些模式中也可以使用角度 - 只需忽略此中的标记点
案件）。

按钮栏中央的键样式选择器决定了键的类型
绘制 - 最初，这是一个单一的债券。 如果您想稍后更改债券的类型，
或者用鼠标中键单击它以前进到下一个类型，或者
在选择器中选择合适的类型，然后切换到bondtype模式并选择所有
要更改为新类型的键。 （用于债券的颜色是
如有必要，同时更新。）在键上按下鼠标中键
“Bondtype”模式反转该键的方向。

使用第三个（通常是右键）鼠标键删除光标旁边的键
位置。

可用的债券类型有：

· 单键

·双键

· 双键（另一边较短的线）

· 中心双键

· 三键（侧翼线短于中央线）

· 三键（线长相等）

· 四重键

·楔形键

· 虚线楔形键

·波浪线

·半箭

· 普通箭头

· 广泛的债券

· 圆圈

· 虚线

· 重叠单键（从它穿过的任何键中切出一个片段）

· 光π眶叶

· 暗pi轨道叶

半自动 画 of 戒指：
按住 Ctrl 键可轻松绘制 3 到 12 个成员的环
线。 这条线将成为自动绘制的环的第一段
顺时针方向。 戒指的尺寸默认为适合所选的
绘图模式（即 5、6 或 8 边），但可以按每个环设置
ctl- 在绘制环之前，其中数字 3-9 对应于 3 到 9 元
环，而 0 到 2 分别选择 10、11 和 12 元环。

新绘制的环可以通过同时按下 Ctrl 和鼠标按钮 3 来删除。

画画 of 弯 行数：
可以在样条曲线模式下绘制箭头或轨道瓣等对象的曲线
指定形成边界多边形的四个控制点（起点，两个点
峰的任一侧，端点）。 在样式菜单中可用的常规键类型中，
“单线”、“半箭头”、箭头和“虚线”保留其通常的功能，而
“宽线”类型用于表示填充的多边形。 控制点只有
可见于 移动 模式，可以拖动它们来改变曲线的形式
它被绘制。

设置 键 样式
在债券样式模式下，单击图表中的任何债券会将其表示更改为
在旁边的下拉菜单中选择的类型 Type 按钮。

下拉菜单中可用的附加键类型，

弯曲的箭头

仅可用于绘图。 它实际上是其中一个曲线绘制的快捷方式
上面描述的功能，第二个和第三个控制点自动
生成。 因此，它不能与任何传统的债券类型相互转换。

（但是，可以将其转换为任何其他曲线类型，例如更改类型
箭头）。 箭头的形状通常需要通过移动来调整
在“移动”模式下出现在它旁边的控制点。

插入 文本
写入文本框的文本可以用光标定位，可能会出现在左边，
在图形中居中或右对齐。 文本大小和颜色可以从固定的
选择列表。 有两个特殊字符可用于下标和上标
以下字符：

'^' 向上移动（例如 N^+）

'_' 向下移动（例如 CH_3）

控制字符'|' 用于斜体后面的字符，如 |t-Bu。

通常用于编号化合物的粗体字体可以通过在
带有“#”的字符。

特殊字符“@”切换到使用标准 X11 符号的符号模式
字体。 在此模式下，所有字母键都会生成相应的希腊字符，并且
如果它们的标准 Latin1 等价物已经存在，则可以使用其他几个符号
映射到键盘上：

日元 -> 无穷大

连字符 -> uparrow

马克龙 -> 向下箭头

符号“plusminus”和“registered”（商标）已经采用标准字体，
虽然它们通常在键盘上不可用。 使用以下命令（或
将声明添加到您的 .xmodmaprc ) 使它们可用+
( + )：

xmodmap -e 'keysym r = r R 注册' \
-e 'keysym o = o O 日元' \
-e 'keysym p = p P 加减' \
-e 'keysym u = u U 连字符' \
-e 'keysym d = d D 宏'

（这导致 AltGr-P = plusminus，AltGr-R = 在正常模式下注册，AltGr-O =
无穷大，AltGr-U = 向上箭头，AltGr-D = 符号字体向下箭头）。

对于“点和十字”图，符号字体的以下映射可能是
有用：锐尖 -> 交叉（例如 keysym x = x X 锐角）中间点 -> 填充点（例如 keysym
d = d D 以周期为中心）（对空心点使用度数符号）。

用于表示离子电荷的加号和减号的圆圈版本可作为@+ 获得
和 @- 。

当您想使用符号作为下标或上标时，请将下标或上标放在
'@' 字符之前的字符，例如 K_@a 。

在文本模式下，鼠标右键删除光标位置的标签。 改变
标签的大小、字体或颜色可以通过选择标签后左键单击来完成
所需的设置组合。 当绘图区域上方的文本输入框为空时，
仅更新设置而不更改标签内容，否则
标签文本也被替换。 如果要将现有标签的文本复制到
文本输入框，用鼠标中键单击它。

贴/换标 快捷键
在所有键绘制模式中，有几个键盘快捷键可用于添加原子符号
无需离开绘图模式。 标签放置在当前绘图位置
（绘制的最后一条线的端点，或最后点击的点）。

键 'c','h','n','o','s','p' 和 'r' 插入相应的大写字母 'l'
（小写 L）插入 'Cl'，而 '1'、'2'、'3' 分别插入 CH、CH_2 和 CH_3。 这
星号键 (*) 插入一个实心圆。

按一次空格键可以输入任意标签，这些标签将被放置在
按回车键时的当前位置。

画画 电子 对
数字小键盘上的键可用于在旁边绘制短的“电子对”线
元素符号 - 如果人们想象元素符号位于中央“5”键上，
每个键都为其位置绘制适当的电子对。 当与
Shift 键，绘制两个点而不是一条线 - 只需再次删除其中一个点，如果
你需要奇数个电子。

编号 原子
要对分子中的原子进行快速编号，请切换到其中一种文本模式，按住
Control 键，然后用鼠标左键依次选择每个原子。 编号
从 1 开始，可以通过单击鼠标右键随时重置序列。
如果您需要使用自己的编号方案，请单击中间按钮（同时
按住 Control 键）使其选择文本输入字段中的任何数字。

对中
如果你的分子没有足够的空间，你可以把它放在工作表的中间
与中心按钮。

导出 至 国外 格式：
您可以将分子导出为 X 位图、PNG 或 EMF 图像、封装的
postscript 文件，Brian Smith 的输入文件 无花果(1) 程序，一个 MDL 版本。 2000 摩尔文件
用于与商业包、用于 XHTML 网页的 SVG 文件或在
用于直接包含在 LaTeX 文档中的 PicTeX 格式。 PicTeX、PNG、EMF 和
Postscript 输出函数依赖于 图2开发81) 程序从 变形（1）包装
并且仅在启动时检测到此程序时可用。 如果 无花果2sxd(1)
程序安装后，还有一个额外的导出选项可用于 OpenOffice SXD 格式。
同样，如果安装了 (open)babel 程序，一个额外的导出菜单提供
可以访问此工具支持的所有文件类型。

您可以根据当前的缩放比例创建不同大小的输出。
Postscript 和 PicTeX 文件也可以以任意比例创建
导出文件菜单。

配置菜单中的一个选项可以设置为调用 图2开发 国际语言
模式，它将自动呈现使用替代（时代）字体编写的任何文本
适用于当前语言环境的 postscript 字体（当前为克罗地亚语、西里尔语、
捷克语、匈牙利语、日语、韩语、波兰语）。 见 图2开发 有关详细信息的文档。

要将 PicTeX 文件包含在您的 LaTeX 文档中，您将需要 pictex 宏包。
根据您使用的版本，您可能还需要在
LaTeX 文件的序言。 如果您遇到“超出 TeX 容量”的错误消息，
增加 extra_mem_bot 参数 文本文件.cnf 文件（通常在
/usr/share/texmf/web2c, /usr/本地/texmf or /etc/texmf）。 Pictex 以其不寻常的
（按 tex 标准）内存要求，标准设置不考虑这一点
（尽管您可能会在 文本文件.cnf
文件）。 像 extra_mem_bot=400000 这样的东西不应该对任何中等现代的人造成伤害
系统。

印刷 图纸
从 1.5 版开始，将图表直接打印到支持 Postscript 的打印设备（或
更典型的是运行ghostscript的打印队列）是可能的。 纸张大小，
放大倍数、打印机名称和要使用的打印命令（当前 lp（1） LPR(1)
or 打印机(1)) 可以存储在配置对话框中。

选择 所有 or 部分 of a 画 转换：
使用“标记”按钮，您可以轻松地选择当前绘图的部分
它们带有一个“橡皮筋”矩形。

如果您需要将矩形区域外的原子添加到您的选择中，只需绘制
按住 Ctrl 键的同时在他们周围使用另一个橡皮筋。

选定的部分将以蓝色突出显示，并立即可用于

移动 只需在按住的同时用鼠标将片段拖动到所需位置
按下鼠标左键。 （如果您只需要移动单个原子或
键，您可以在“移动”模式下简单地选择和拖动它们而无需标记
他们先）。

旋转 鼠标的水平移动转化为围绕鼠标的平滑旋转
按下鼠标按钮时选择的枢轴点

翻转 （镜像）关于水平或垂直镜像平面的片段
它的中心：这是通过单击适当的菜单按钮来执行的

仿形 单击“复制”菜单按钮可创建所选内容的精确副本
片段与原始部分略有偏移。 标记是自动的
转移到新副本。

重新缩放 鼠标水平移动被转化为平滑的增加或减少
标记片段的大小

删除 要删除标记的片段，只需单击第三个（通常是右侧）
突出显示后的鼠标按钮。

取景 从框架和括号样式的下拉列表中选择图标之一
绘制相应的对象，例如一对圆括号，围绕
突出显示的片段。

追求项目的积极优化 单击“桶和扫帚”符号会调用一个函数来删除
重叠（复制）图纸中的债券和标签并拉直
几乎水平或垂直的线条。

添加 先前 保存 数字：
要从以前保存的 chemtool 绘图中添加另一个分子，请在文件中选择它
当您按下“添加”按钮时出现的选择窗口。 单击任何
列表中的文件名显示分子的小预览以帮助选择。 这
新添加的分子会自动激活，以便它可以重新定位为
想要的。

如果要将其添加到另一个分子上的预定义位置，则可以将其标记为
左键单击附件站点而不是拖动标记矩形。 一个小的
绿点将出现在新零件现在的参考位置。 如果你保存
具有此类标记集的分子，当它们
被添加到另一个绘图中。

添加 一种 of 此 预定义 模板：
从“工具”菜单中选择“模板”会打开带有小集合的第二个窗口
预定义的结构。 只需单击所需分子的图像即可将其添加到
你的画。 模板窗口可以在整个 chemtool 会话期间保持打开 - 如果它
被另一个窗口隐藏，您可以通过选择“模板”菜单将其移到前面
再次在 chemtool 中。

模板系统中的数据与普通 chemtool 图纸的不同之处仅在于
它们存储在程序中，并以稍微尴尬的格式（x 和 y 坐标
在源文件templates.h 中单独列出）。 这些旨在提供一个
方便的基组可供所有用户使用，但不可单独扩展（您可以使用
您自己的结构的“添加”功能）。 如果您想要具体的，请告诉我们
添加到模板中的分子 - 它们的名称或理想的常规 chemtool 绘图文件
这就是我们所需要的。 （发送电子邮件至 [电子邮件保护])

输入 国外 文件 格式：
Chemtool 提供了导入蛋白质使用的 PDB 格式的文件的功能
数据库（以及大多数分子建模包）和专有的 MDL molfile 格式
被 ISISdraw 使用并被其他结构绘图包和数据库理解
前端。

由于两者都是 3D 文件格式，而 chemtool 只处理 2D 投影，导入
分子首先被读入一个临时存储器，并在画布上以蓝色显示。
然后可以使用鼠标旋转此 3D 表示。 只有在按下回车后
键盘上的键是将其转换为可以编辑的最终 2D 投影。 尽管
这样的 3d 导入正在进行中，所有正常的绘图和编辑功能都被禁用。

使用 MDL molfile 导入，碳原子标签会自动丢弃。 对于 PDB
导入，可以在文件选择对话框中选择标记数量，该对话框提供
保留所有标签，仅保留非氢原子的标签，或仅保留非数字
标签的一部分。

如果安装了程序 babel - Pat Walters 编写的原始版本或
最近的 OpenBabel 努力 - chemtool 将自动提供一个菜单选项
从它支持的任何文件格式导入。

决定 总和 公式 和 分子 重量：
该发行版包含一个帮助程序， CHT(1)、由Radek Liboska（布拉格）计算
来自 chemtool 绘图文件的总和公式和（精确）分子量。 也是
可从 chemtool 中计算当前结构的这些数据或
它的标记片段。 CHT 可能会被重复键误导（ chemtool 不会删除
重叠键，例如它们可能由熔合环系统自动产生）和
通过“芳香环”符号，所以你应该避免这些并检查它的合理性
在可能的情况下生成总和公式。

画画 功能 不能 可使用 中 化学工具：
对于目前 chemtool 不支持的功能，如一般的画线功能，
获得 Brian Smith 的 XFig 绘图包 无花果 强烈推荐。 关于唯一
它不提供的是对“化学”线型和绘图角度的支持——这是
为什么 chemtool 被编写为一种配套程序。 （可能会有更多
随着时间的推移，最迫切需要的绘图选项添加到 chemtool，但重复了
更通用的功能 无花果 似乎毫无意义。）

使用 onworks.net 服务在线使用 chemtool