这是 ChimeraSlayer 命令，可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序：
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chimeraslayer - 在 PCR 扩增的 DNA 中检测可能的嵌合体
商品描述
ChimeraSlayer 是一种嵌合序列检测实用程序，兼容近全长
Sanger 序列和较短的 454-FLX 序列 (~500bp)。
Chimera Slayer 涉及以下一系列步骤，用于标记嵌合 16S
rRNA 序列：
1. 根据包含的参考数据库搜索查询序列的末端
无嵌合体的 16S 序列可识别嵌合体的潜在亲本
2. 选择嵌合体的候选父母作为形成分支的最佳父母
对 NAST 格式查询序列的比对进行评分
3. 查询序列的 NAST 比对在“嵌合体感知”配置文件中得到改进-
基于 NAST 重新比对选择的参考亲本序列
4. 进化框架用于标记发现表现出更大的查询序列
与选定的任意两个之间形成的计算机嵌合体的序列同源性
参考父序列。
要运行 Chimera Slayer，您需要由 nast-ier 生成的 NAST 格式的序列
效用。
ChimeraSlayer 是 microbiomeutil 套件的一部分。
配置
其他要求
--query_NAST
包含比对格式的查询序列的多 fasta 文件
相当常见 选项
--db_NAST
NAST 格式的数据库（默认：
/usr/share/microbiomeutil-data/RESOURCES/rRNA16S.gold.NAST_ALIGNED.fasta)
--db_FASTA
fasta 格式的 db（megablast 格式）（默认：
/usr/share/microbiomeutil-data/RESOURCES/rRNA16S.gold.fasta)
-n 要比较的顶级匹配数据库序列的数量（默认 15）
-R 最小发散比默认值：1.007
-P 匹配序列之间的最小同一性百分比（默认值：90）
参数 至 调 ChimeraParentSelector：
评分参数：
-M 比赛得分（默认：+5）
-N 失配惩罚（默认： -4)
-Q 匹配数据库序列的最小查询覆盖率（默认值：70）
-T 多重对齐的最大遍历次数（默认值：1）
参数 至 调 嵌合体系统检查器
--窗口大小
默认50
--窗口步
默认5
--minBS
调用嵌合体的最低引导支持（默认值：90）
--num_BS_replicates
默认值：100
--low_range_finer_BS
（默认值：10）如果计算的 BS 在 minBS 和 (minBS - low_range_finer_BS) 之间，
然后计算 num_finer_BS_replicates。
--num_finer_BS_replicates
（默认：1000）
-S 用于计算引导程序的断点每一侧采样的 SNP 的百分比
支持（默认：10）
--num_parents_test
测试嵌合体的潜在父母数量（默认值：3）
--MAX_CHIMERA_PARENT_PER_ID
具有高于此 perID 的嵌合体/父母比对被视为非嵌合体
（默认 100；关闭）
杂项 选项
--printFinalAlignments
显示查询序列和候选嵌合体父母对之间的比对
--printCS对齐
在 ChimeraSlayer 输出中打印 ChimeraSlayer 对齐
--exec_dir
运行前chdir到这里
使用 onworks.net 服务在线使用 ChimeraSlayer
