circos - 云端在线

程序：

您的姓名

_____
/ ___(_)_ __ ___ ___ ___
| | | | '__/ __/ _ \/ __|
| |___| | | | (_| (_) \__ \
\____|_|_| \___\___/|___/

圆形很好

circos - 生成循环合成的信息图形

概要

# 猜测配置文件的位置
马戏团

# 使用特定的配置文件
circos -conf circos.conf [-silent]

# 诊断需要的模块
circos 模块

# 手册页
马戏团人

# 代码组件的详细调试
＃ 看 http://www.circos.ca/documentation/tutorials/configuration/debugging
circos -debug_group GROUP1,[GROUP2,...]

# 全面调试
马戏团-debug_group _all

# 块（或块树）的配置转储
# 任何匹配 REGEXP 的参数（可选）
circos -cdump [块1/[块2/...]]{:REGEXP}

# 覆盖配置参数
circos -param image/radius=2000p -param ideogram/show=no

# 为了好玩 - 随机化图像中的所有颜色，除了
# 颜色 1 和颜色 2
circos -随机颜色 COLOR1,[COLOR2,...]

商品描述

Circos 用于以圆形布局可视化数据，非常适合探索关系
对象或位置之间。 圆形布局还有其他原因
有利，尤其是它很有吸引力。

Circos 不是解决方案。 它是解决可视化问题的工具。 对于给定的
问题，您不能保证它是合适的。

您可以很好地控制每个数据元素的显示方式，帮助您匹配
突出的针对性。

配置

设置旨在使用纯文本配置文件传递。 这个文件可以
手动或由其他脚本创建，这使得 Circos 可以完全自动化。

有关完整文档，请参阅

L<http://www.circos.ca/documentation/tutorials>

句法
配置是纯文本的，由分层块组成。 一些方块，例如
” 是强制性的，而其他人喜欢“ 是可选的。

要开始使用，请参阅快速指南教程。

L<http://www.circos.ca/documentation/tutorials/quick_guide>

典型的配置文件可能如下所示

# 图片大小和格式

...


# 表意文字的位置和大小

...


# 数据轨道的位置、类型和格式


...

...


# 颜色、字体和填充图案
< >

# 系统参数
< >

模块化
“< > 指令将一个配置文件导入另一个。 这个
工具有助于保持配置文件模块化。

不经常更改的参数定义，例如颜色和字体定义，
通常从以下文件中导入 等等/ 在分布中。

在教程中，您会发现“ 和 ” 块被导入
主配置文件。 因为这些块可以变得非常大，主要
如果将配置文件归为单独的文件，则配置文件会更清晰。

覆写 *
要覆盖已包含在文件中的参数，请使用“*”后缀。 后缀
是必需的，因为一个参数的多个定义是不允许的，除非情况
其中一个参数可能有多个值。


# 包含的文件定义了“半径”
< >
# 这将覆盖半径值
半径* = 2500p


“*”后缀可以重复以指定哪个值在块中具有优先权。

半径 = 1500p
半径* = 2500p
radius** = 3000p # 将使用这个半径实例

覆写 命令 Line
可以在命令行上指定唯一块名称中的任何配置参数
运用

-参数路径/参数=值

例如，


显示 = 否
...


-参数表意文字/显示=否

和



默认值 = 0.01r

...


-参数表意文字/间距/默认值=0.01r

什么时候 配置（） 用于在配置文件中检索参数的值（任何
参数，而不仅仅是由 -param 设置的参数），您将获得一个灵活的系统来更改
在命令行中进行配置。

物种=人类
karytotype = data/karyotype/karyotype.conf(species).txt

-参数物种=大鼠

可以重新定义多个参数，每个参数都有自己的“-param”标志

-param show_ticks=no -param image/radius=2000p

合并 吹氣梢
以下块的多个实例会自动合并：“ ,
” ,” ,” ,” ,” ,” 和 ” .

这样做的目的是允许您添加规范定义。

# 这个文件定义了默认值, 和
< >

# 添加到颜色块

我的颜色 = 150,25,25

配置

配置
-configfile 文件
配置文件的名称。 这是必需的。

Circos 将尝试猜测该文件的位置，在其中搜索“circos.conf”
“。“， “..“， 和 ”../ ..".

输出 格式
-png，-nopng
-svg，-nosvg
切换 PNG 和 SVG 文件的输出。

图片 元素
-show_ticks，-noshow_ticks
-show_tick_labels，-noshow_tick_labels
覆盖刻度及其标签的显示。 这些通常都定义在
堵塞。

输出 路径
-outputdir 目录，-dir 目录
-输出文件文件，-文件文件
更改输出目录和文件名。 FILE 可以包含路径。

调试
-调试
打开基本调试输出。 报告信息来自

图像、io、图层、摘要、计时器

调试组（见下文）。

-debug_group {+-}GROUP1,[{+-}GROUP2,...]
打开特定组的调试输出。 有关组列表，请参阅

L<http://www.circos.ca/documentation/tutorials/configuration/debugging>

要将组添加到输出，请使用 + 前缀。 要删除它，使用 -。

# 使用默认调试组但排除层和 io
-调试-debug_group -层，-io

# 使用默认调试组并添加间距
-调试-调试组+间距

# 明确指定组
-debug_group png，io，计时器

要列出支持的组，请使用不带参数的标志

-调试组

-时间
报告时间信息。 与 -debug_group +timer 相同

-无声
不生成报告。

-偏执狂，-noparanoid
以偏执模式（默认）运行，或不运行。 此设置的默认值由
etc/housekeeping.conf 中的“偏执”。

-警告，-没有警告
是否显示警告（默认）。 此设置的默认值由
etc/housekeeping.conf 中的“警告”。

-fakeerror =项目 -fakeerror CAT =项目 -fakeerror ,ID =项目 -fakeerror CAT,ID
通过显示类别 CAT 和错误名称 ID 的错误消息来伪造错误。 如果
指定一个或两个都不指定，列出哪些错误可用。

除非您真的很喜欢看到错误消息，否则您应该没有理由
想用这个。

用法
-版
显示版本。

-救命
显示简短的使用概要。

-男子
显示手册页。

偷懒 周围
-随机颜色 [color1,color2,...]
随机化图像中每个元素的颜色，除了可选的列表
颜色。

例如，要保持背景白色和任何黑色，

-randomcolor 白色，黑色

使用 onworks.net 服务在线使用 circos