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convertx - 在图像文件格式和数据类型之间进行转换。

概要

convertx [选项] infile outfile

商品描述

此工具可在图像文件格式和像素数据类型之间进行转换。 也可以申请
过程中简单、通用的图像操作。 任意数量的操作
可以在命令行上指定，它将完全按照给定的顺序应用。

配置

全球 工具包 附加选项 （这些 ，那恭喜你， 共用的， by 所有 CMTK 工具）
- 帮帮我
将基本命令行选项列表写入标准输出。

--全部帮助
将基本和高级命令行选项的完整列表写入标准输出。

--维基
将命令行选项列表写入 MediaWiki 标记中的标准输出。

- 男人
将“nroff”标记中的手册页源代码写入标准输出。

- 版
将工具包版本写入标准输出。

- 回声
将当前命令行写入标准输出。

--详细级别
设置详细级别。

--详细, -v
将详细级别增加 1（已弃用；支持向后兼容）。

--线程
设置最大并行线程数（对于 POSIX 线程和 OpenMP）。

图像/转换 数据库
- D b
应使用新创建的图像/转换数据库更新的路径
图片。 [默认： 没有任何]

输入 图片 Controls
--设置填充
设置填充值：输入图像中具有该值的所有像素都将被忽略
在所有后续操作中。

--unset-填充
未设置填充值：对于所有后续操作，将处理所有像素
根据他们的价值。

- 标签
指定将图像值视为离散标签。 这将导致
在 NIfTI 格式的输出文件中设置的适当意图代码中。

- 灰色的
指定将图像值视为连续灰度级。 这会
重置从 NIfTI 格式读取的文件中的意图代码。

时间 Type 转化
--字符
8 位，有符号整数

- 字节
8 位，无符号整数

- 短的
16 位，有符号整数

--ushort
16 位，无符号整数

--int
32 位有符号整数

--uint
32 位无符号整数

- 漂浮
32 位浮点数

- 双倍的
64 位浮点数

值 映射
--地图值
将映射函数应用于像素值。 映射定义为
'VAL0[,VAL1,...][:NEWVAL]' 将值 VAL0、VAL1 等映射到新值 NEWVAL。 如果
NEWVAL 未给出，值设置为填充。

--仅地图值
将映射函数应用于像素值并用填充替换未映射的像素。
多个这样的映射规则可以连接为 RULE0+RULE1[+...]； 全部
串联规则将同时应用。映射定义为
'VAL0[,VAL1,...][:NEWVAL]' 将值 VAL0、VAL1 等映射到新值 NEWVAL。 如果
NEWVAL 未给出，值设置为填充。 多个这样的映射规则可以是
连接为 RULE0+RULE1[+...]; 将应用所有串联规则
同时进行。

--替换填充
用给定值替换填充的像素数据。

--替换-inf-nan
用给定值替换所有无限和非数字像素。

图片 翻转
--翻转-x
沿 x 方向翻转（镜像）

--翻转-y
沿 y 方向翻转（镜像）

--翻转-z
沿 z 方向翻转（镜像）

图片 掩蔽 和 阈值
- 面具
二进制掩码文件名：消除掩码为 0 的所有图像像素。掩码像素
不会被设置为零，而是会被当前设置的填充替换
价值。 在“--mask”之前使用“--set-padding 0”强制设置为零。

--掩码反转
逆二进制掩码文件名消除掩码不为 0 的所有图像像素。请参见
还要注意上面“--mask”下的填充。

--低于阈值
将低于阈值的所有值设置为阈值。

--高于阈值
将所有高于阈值的值设置为阈值。

--阈值低于填充
将低于阈值的所有值设置为填充值。

--阈值以上到填充
将所有高于阈值的值设置为填充值。

--二值化阈值
将低于阈值的所有值设置为 0，所有值等于或高于 1。

--otsu-thresh
使用 Otsu 方法计算的阈值将图像二值化为 0/1。 参数是数字
用于阈值计算的直方图箱。

--otsu-thresh-nbins
使用 Otsu 方法和用户定义的直方图 bin 数量进行二值化
阈值计算。

--修剪直方图
通过“强度直方图修剪”的阈值图像，即对于给定的参数 n
[histogram bins] 确定阈值，使得最高和的第 1/n 个分数
最低体素被阈值化。

--剪枝直方图高
像'--prune-histograms'，但只去除高强度。

--剪枝直方图低
像'--prune-histograms'，但只去除低强度。

亮度 转换
--缩放到范围
在转换为字节之前将图像强度缩放到范围“从：到”，例如，“0:255”
数据。

--直方图均衡
应用直方图均衡。

--直方图均衡-nbins
应用直方图均衡箱数。

--匹配直方图
转换强度以匹配作为参数提供的图像中的分布
对于这个命令。

--match-mean-sdev
标度强度以匹配强度的均值和标准分布
图像作为此命令的参数提供。

形态学 运营
- 恢复
还原二进制掩码，即交换前景和背景。

- 侵蚀
形态侵蚀算子（按像素）

--扩张
形态膨胀算子（按像素）

--腐蚀距离
形态侵蚀算子（按距离）。 对于各向异性数据通常更可取。

--侵蚀距离多标签
多标签地图的形态侵蚀算子（按距离）。 结果将是
字节、无符号短整型或无符号整型数据，具体取决于
输入中最大的使用标签。

--扩张距离
形态膨胀算子（按距离）。 通常优选用于各向异性
数据。

--连接组件
创建具有通过减小组件大小编号的区域的连接组件映射

--边界地图
创建边界图

--多边界地图
创建多值边界图

--距离地图
计算无符号欧几里得距离图。 输入图像被解释为二进制掩码。

--有符号距离图
计算有符号（内部=负，外部=正）欧几里得距离图

筛选器 运营
--中值过滤器
中值滤波器。 此操作以像素为单位的过滤器半径作为参数。 一种
单个整数定义了所有三个维度的内核半径。 三逗号-
分隔的整数为三个维度定义了单独的半径。

--均值过滤器
区域均值滤波器。 此操作以像素为单位的过滤器半径作为
范围。 一个整数定义了所有三个维度的内核半径。 三
逗号分隔的整数为三个维度定义了单独的半径。

--快速均值过滤器
区域均值滤波器（快速、线性时间实现）。 这个操作需要
以像素为单位的过滤半径作为参数。 单个整数定义内核半径
在所有三个维度。 三个逗号分隔的整数定义了单独的半径
三个维度。

--方差过滤器
区域差异过滤器。 此操作以像素为单位的过滤器半径作为
范围。 一个整数定义了所有三个维度的内核半径。 三
逗号分隔的整数为三个维度定义了单独的半径。

--快速方差过滤器
快速（线性时间）区域方差过滤器。 此操作取过滤器半径
以像素为参数。 一个整数定义了所有三个中的内核半径
方面。 三个逗号分隔的整数为这三个定义了单独的半径
尺寸。

--第三时刻过滤器
区域三阶矩滤波器。 此操作以像素为单位的过滤器半径作为
范围。 一个整数定义了所有三个维度的内核半径。 三
逗号分隔的整数为三个维度定义了单独的半径。

--标准偏差过滤器
区域标准偏差过滤器。 此操作采用以像素为单位的过滤器半径
作为参数。 一个整数定义了所有三个维度的内核半径。
三个逗号分隔的整数为三个维度定义了单独的半径。

--平滑度过滤器
区域“平滑度”过滤器。 此操作以像素为单位的过滤器半径作为
范围。 一个整数定义了所有三个维度的内核半径。 三
逗号分隔的整数为三个维度定义了单独的半径。

--高斯滤波器西格玛
使用高斯核过滤图像。 此操作需要单个实值
参数，它以世界单位[例如，毫米]指定核系数西格玛为
参数。

--高斯滤波器-fwhm
使用高斯核过滤图像。 此操作需要单个实值
参数，以世界单位指定内核半高全宽
[例如，毫米]。

--拉普拉斯过滤器
使用边缘增强拉普拉斯核过滤图像。

格 运营
--下采样选择
使用每轴因子“Fx、Fy、Fz”或使用单个像素选择对图像进行下采样
因素'Fxyz'

--下采样平均值
通过使用每轴因子“Fx、Fy、Fz”求平均值或使用单个对图像进行下采样
因素'Fxyz'

--重新采样
将图像重新采样为近乎各向同性的像素，同时保留图像视野。
采用一个参数，以世界单位 [例如，毫米] 为单位的目标分辨率

--resample-精确
将图像重新采样到给定分辨率的完全各向同性像素，同时匹配
尽可能接近图像视野。 取一个参数，目标分辨率
以世界单位 [例如，毫米]

--按索引裁剪
将图像裁剪到由一组六个网格索引坐标指定的区域，如下所示
comma-separated integers x0,y0,z0,x1,y1,z1

--按阈值裁剪
将图像裁剪到通过给定阈值确定的区域。 生成的图像将
包含所有大于给定参数的像素。

--按阈值写入区域裁剪
将图像裁剪到通过给定阈值确定的区域并将裁剪区域写入
标准输出。

--按阈值裁剪-write-xform
将图像裁剪到通过给定阈值确定的区域并写入裁剪
转换为标准输出。

作者

Torsten Rohlfing，Michael P. Hasak、Greg Jefferis、Calvin R.
Maurer、Daniel B. Russakoff 和 Yaroslav Halchenko

使用 onworks.net 服务在线使用 cmtk-convertx