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CNrun——神经网络模拟器

概要

中润 -h | -U | -e 脚本 [OPTION ...]

商品描述

中润 是一个神经元网络模拟器，类似于 NEURON 或 GENESIS，但没有提供
用于单元隔间。 它以 NeuroML 格式读取网络拓扑作为导出、fi、
通过神经结构。 单位类型由 .nml 中的“cell_type”属性决定
定义。

可用的神经元类型，通过相应的“cell_type”字符串，包括：

· HH 和 心率, 基于电导和速率的霍奇金-赫胥黎神经元 (Traub & Miles,
1991）;

· 一个简化但快速的固定 dt 地图 模仿 HH 模型的神经元；

· 泊松, 范德波尔 (电压) 和简单 脉冲 振荡器；

· Rall et al, 1967 (XNUMX) 中描述的突触拉尔) 和 Destexhe 等人, 1994 (AB).

单元参数可以通过一个 设置参数_* 命令（见 脚本 以下）; 值可以是
在模拟之前设置一次，或者根据用户定义的计划连续或定期设置。

6-5 阶 Runge-Kutta 积分方法用于计算状态变量。 这些
（神经元的膜电位 E 或瞬时放电率 R，神经递质释放
S 表示突触）以及尖峰时间可以被记录。

CNrun 中的脚本支持包括用于创建和填充模型、设置
基于正则表达式匹配选择的单个单元或组的参数。 变量 ('a =
1; 支持 b = a + 2') 和算术表达式（'-'、'+'、'*'、'/'、'()'）。

配置

-C DIR chdir 到 DIR 跑步前。

-D 转储模型中的所有单元类型并退出。

-e [脚本]
执行 脚本. 如果在没有文件名的情况下给出此选项（或根本没有给出），
启动交互式解释器。

-s 排序单元（主要用于详细输出）。

-L[1dbxL]
对于所有听众：

d 推迟写入磁盘直到完成而不是连续写入（加速
模拟，但您无法使用 gnuplot 实时观看进度）

1 只记录第一个变量（适用于 HH 模型，哪些单位在
超出三个无趣的门控参数）。

b 以本机二进制格式而不是 ASCII 格式写入。 这将加快查看速度
（现在是 label.varx 文件）与 gnuplot。 用“二进制
format="%lf%lf"" 来实现这一点。

这些选项也可以使用命令设置 听模式 （见下文）。

L 对数积分器 dt。

-E 翻番
以该时间间隔侦听（默认 1 毫秒；设置为 0 以侦听每个周期，这可以
显着减慢cnrun）。 也可用作命令 听_dt.

-k[升|0]
使用标签 ('l') 或单元 ID ('0') 编写一个模型范围内的尖峰神经元日志。

-e UINT
为所有输出设置精度（默认为 8）。

-它翻番
dt_max（默认 0.5）。

-它翻番
dt_min（默认 1e-05）。

-ix翻番
Cap dt 增加当前 dt 值 x this（默认为 5）。

-NC 禁用突触合并（用于基准测试）。

-v INT 设置详细级别（默认为 1；值最大为 7 是有意义的）。 使用负数
仅显示进度百分比的值，在 -8 x this 处缩进
计算值。

-U 列出所有可用的单位。

-h 打印命令行选项的概述。

对于单字母选项，选项字母和参数之间的空格是可选的。
但是，在所有带有参数的两个字母选项中，请确保没有空格
之间。

脚本

命令由冒号或换行符分隔。 注释是以# 开头的行。 这
以下命令可用：

新模式 您的姓名
创建一个名为 NAME 的新模型。 现有模型被删除。

使用_nml NML_文件
从 NML_FILE 加载网络拓扑，必要时创建模型，或替换
现有模型”拓扑。

合并_nml NML_文件
合并来自 NML_FILE 的拓扑。

添加_神经元 类型标签
添加类型为 TYPE 且标签为 LABEL 的新纽伦。

添加_突触 类型源目标 G
将标记为 SOURCE 的神经元连接到一个标记为 TARGET 的突触类型为
类型，使用 gsyn G。

剔除耳聋突触
去除零权重的突触。

设置参数神经元 标签参数值
为标记为匹配 LABEL 的指定神经元组设置参数 PARM。

设置参数突触 SRC TGT 参数值
为标记为匹配 SRC 和 TGT 的神经元之间的突触设置参数 PARM。 这
突触权重，本身不是突触参数，也可以用这个设置
命令：为此，请使用“gsyn”作为 PARM。

重置 重置模型。 模型时间倒回到 0，所有单位都有自己的状态
变量重置为股票默认值。 任何先前分配的单元参数和
保留附加的数据源。

重置恢复参数
重置模型。 模型时间倒回到0，所有单元都有自己的状态变量
和参数重置为库存默认值。

重置状态单位 正则表达式
如上重置单位，保持当前模型时间。

提前_直到 时间
前进到 TIME 毫秒。

推进 时间
提前 TIME 毫秒。

扑灭 正则表达式
按标签删除与 REGEX 匹配的单位。

抽取 正则表达式
随机删除由 REGEX 选择的一组单位的 FRAC 单位。

开始听 正则表达式
让匹配的单位倾听。

停止听
使匹配的单位停止收听。

听_dt [价值]
将侦听间隔设置为 VALUE，如果未给出 VALUE，则显示当前值。

听模式 [规格]
打印（如果省略参数）当前的监听模式（只有一个 var，延迟
写，和/或二进制）； 否则，如果 '1'、'd' 或 'b' 则启用相应的模式
出现在 SPEC 中，或者如果它出现并紧跟一个“-”，则禁用它。
请注意，那些已经在收听的单元不会受到影响； 改变模式
他们，发出 开始听 在设置新模式后为他们服务。

开始日志尖峰 正则表达式
使神经元匹配 REGEX 日志峰值。

停止日志尖峰 正则表达式
使匹配 REGEX 的神经元停止记录尖峰。

sxf_params 延迟：周期：西格玛
按照指定设置尖峰密度函数初始延迟、采样周期和西格玛。

描述模型
打印模型拓扑和单元类型的摘要。

显示单元 正则表达式
打印与 REGEX 匹配的单元的参数和状态。

新来源 类型 ID ARG ...
创建一个新的类型和标识的源，如所示。 源可以连接
将单元参数作为设置动态变化行为的手段。 看
动态 来源 联络一位教师

连接源 SOURCE_ID 标签参数
将此源连接到匹配单元的参数。

节目来源
显示当前活动的源（连接和空闲）。

EXEC [脚本]
执行脚本。 如果未指定 SCRIPT，则启动交互式解释器。

冗长 [等级]
设置/显示详细级别。

显示变量 [正则表达式]
打印匹配 REGEX 的变量，如果省略 REGEX，则打印所有变量。

清除变量 [正则表达式]
清除匹配 REGEX 的变量，如果省略 REGEX，则清除所有变量。

暂停 [延迟]
如果指定，则暂停 DELAY 秒，或者直到用户按 Enter 否则。

退出 如果被调用，则退出当前解释器 EXEC; 否则退出程序。

当您交互地使用解释器时，TAB 将适当地列出补全，
取决于上下文。

动态 来源

除了静态单位参数/变量分配 set_parm_{神经元，突触},
单位可以将数据源附加到它们的任何参数或变量（即使
变量将在下一个循环中被覆盖）。

数据源分为三种类型（第四种可供开发人员使用，任意一种
时间的用户函数，但不作为解释器命令公开）。 其中数据为
从文件中读取源，使用“>>”运算符读取值（从） 进入
双变量。 相应的 新来源 论据是：

胶带 文件
从 FILE 中读取“时间值”对并相应地设置参数值。

定期 文件
FILE 预期包含，作为 scanf("%lg") 读取的第一个数值，时间
以下值按顺序分配给参数的时间段。
在每个积分周期开始时分配值。

噪声 最小值：最大值
生成（与时间无关）一个均匀分布的随机数
最小值：最大值。

与参数类似，也可以通过这种方式设置状态变量； 在这种情况下，
读取的值将覆盖单元分配给它的任何内部工作。
如果磁带的分配时间间隔大于当前 dt，则分配是
仍然制作； 但是，这不适用于定期来源（主要是为了性能
原因）。

SYNAPSE 聚结

合并的突触是那些具有相同参数和相同来源的突触。
合并减少了每个发散率重新计算 S 变量的次数
每个周期具有相同的参数； 另外对于托管突触，集成
向量缩小以适应进一步的性能提升。

毕竟，当来自同一来源的两个突触之间自动发生合并
参数分配，发现它们是相同的（不考虑突触权重）。
相反，当用户将参数更改为一个不同的合并突触时
根据其他参数的值，该突触变得独立。

请注意，突触单元的标签是由源标签动态形成的
分号和当前目标数。 合并的另一个结果是
可以有多个相同标记的突触单元（因此，唯一地识别
一个突触，您需要指定其源和目标）。

命令行选项 -NC 可用于禁用合并。

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