这是可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行的命令 conse,例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序:
您的姓名
cons - 从多重比对中创建一致序列
概要
缺点 -序列 序列集 [-数据文件 矩阵[-复数 浮动[-身份 整数]
[-setcase 浮动] -outseq 序列输出 [-芋头 绳子]
缺点 -救命
商品描述
缺点 是来自 EMBOSS(“欧洲分子生物学开放软件
套房”)。 它是“对齐:共识”命令组的一部分。
配置
输入 部分
-序列 序列集
包含序列比对的文件。
-数据文件 矩阵
这是比较序列时使用的评分矩阵文件。 默认情况下它是
文件“EBLOSUM62”(用于蛋白质)或文件“EDNAFULL”(用于核酸序列)。 这些
文件位于 EMBOSS 安装的“data”目录中。
额外 部分
-复数 浮动
为正面匹配的数量设置一个截止值,低于该数量没有达成共识。
默认的复数取为所有序列总权重的一半
结盟。 默认值:@( $(sequence.totweight) / 2)
-身份 整数
提供在站点上设置所需身份数量的工具,以便
在那个位置上达成共识。 因此,如果将其设置为
比对中的序列只有身份列有助于达成共识。
-setcase 浮动
设置正匹配的阈值,高于该阈值的共识是大写的
低于它的共识是小写的。 默认值: @(
$(序列.totweight) / 2)
输出 部分
-outseq 序列输出
-芋头 绳子
使用 onworks.net 服务在线使用 conse
