这是可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行的命令 coverageCount，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序：
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coverageCount - 计算整个地图上每个位置的映射读取的覆盖率
参考基因组
商品描述
coverageCount 版本 1.5.0-p1
该程序计算每个位置的映射读取的覆盖率
参考基因组。 它通过连接每个染色体为每个染色体生成一个二进制文件
覆盖级别为 4 字节整数。
用法
覆盖计数 [选项] -i -o
必需的参数：
-i
SAM 或 BAM 格式的输入文件的名称。
-o
输出文件的前缀。 每个输出文件包含四字节整数
可选参数：
--最大MOp CIGAR 字符串中允许的最大“M”操作数。
默认为 10。 'X' 和 '=' 都被视为 'M' 并且相邻的 'M' 操作是
合并在 CIGAR 字符串中。
coverageCount 版本 1.5.0-p1
该程序计算每个位置的映射读取的覆盖率
参考基因组。 它通过连接每个染色体为每个染色体生成一个二进制文件
覆盖级别为 4 字节整数。
用法
覆盖计数 [选项] -i -o
必需的参数：
-i
SAM 或 BAM 格式的输入文件的名称。
-o
输出文件的前缀。 每个输出文件包含四字节整数
可选参数：
--最大MOp CIGAR 字符串中允许的最大“M”操作数。
默认为 10。 'X' 和 '=' 都被视为 'M' 并且相邻的 'M' 操作是
合并在 CIGAR 字符串中。
使用 onworks.net 服务在线使用 coverageCount
