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disulfinder - 半胱氨酸二硫键状态和连接预测器

概要

脱硫剂 [选项]

商品描述

'disulfinder' 用于预测半胱氨酸的二硫键状态及其
二硫键连接仅从序列开始。 二硫键起主要作用
在稳定几种蛋白质的折叠过程中。 二硫化物的预测
因此，仅从序列中建立的桥梁对于结构和功能的研究是有用的
特定蛋白质的特性。 此外，关于二硫键状态的知识
半胱氨酸可能有助于实验结构确定过程并且可能有用
在其他基因组注释任务中。 'disulfinder' 预测二硫化物模式
计算阶段：（1）每个半胱氨酸的二硫键状态由
BRNN-SVM 二元分类器； (2) 已知参与形成的半胱氨酸
的桥通过递归神经网络配对以获得连接模式。

参考文献：

A. Ceroni、A. Passerini、A. Vullo 和 P. Frasconi。 二硫键：二硫键状态
和半胱氨酸连接预测服务器，核酸研究，34（Web 服务器
问题）：W177-W181，2006 年。

对于二硫化物连通性预测器，请参阅：

A. Vullo 和 P. Frasconi。 使用递归神经网络预测二硫化物连通性
网络和进化信息，生物信息学，20, 653-659, 2004。

对于半胱氨酸键合状态预测器，请参阅：

P. Frasconi、A. Passerini 和 A. Vullo。 用于预测的两阶段 SVM 架构
半胱氨酸的二硫键状态，Proc。 IEEE 信号神经网络研讨会
处理，第 25-34 页，2002 年。
A.Ceroni、P.Frasconi、A.Passerini 和 A.Vullo。 预测二硫键状态
半胱氨酸与内核机器的组合，VLSI 信号处理杂志，35，
287-295，2003。

配置

-a，--替代=NUMBER
替代连接模式（默认 = 3）

-o，--输出=DIR
将保存预测的输出目录（默认值=$PWD）

-p，--psi2=文件|目录
以 psi2 格式（ASCII 格式的 PSI-BLAST 矩阵）输入，单个文件或一个
目录（？）。 用“blastpgp -j”生成这个-Q 文件”，其中 N >= 2。

-r，--根目录=DIR
工作目录（默认=〜/脱硫剂)

-k，--pkgdatadir=DIR
包含模型的包数据目录（默认=/usr/共享/disulfinder)

-F, --format={html|ascii}
输出格式类型（默认=ascii）

-d --blastdb=DIR
blastpgp -d 选项（默认=/data/sp+trembl）

-c，--cleanpred
清理中间预测文件（默认值=false）

-P, --usepssm
使用 pssm 而不是配置文件的计数（默认值=false）

-C, --knownbondingstate
假设绑定状态是已知的（目录中的每个链一个文件
/预测/债券状态/维特比）（默认=假）

-v，--版本
二硫磺版

-？， - 帮助
帮助画面

示例

"disulfinder -a 1 -p /usr/share/doc/disulfinder/examples/res_id_41483.blastPsiMatTmb -o
./disulfinder_results_dir"

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