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dsr2xml - 将 DICOM SR 文件和数据集转换为 XML

概要

dsr2xml [选项] dsrfile-in [xmlfile-out]

商品描述

这个 dsr2xml 实用程序转换 DICOM 结构化报告 (SR) 文档的内容
（文件格式或原始数据集）到 XML（可扩展标记语言）。 XML 架构
dsr2xml.xsd 尚未遵循任何标准格式。 然而 dsr2xml 应用
将来可能会在这方面得到增强（例如，通过支持 HL7/CDA - 临床
文档架构）。

If dsr2xml 读取原始数据集（没有文件格式元头的 DICOM 数据），它将
尝试通过检查文件的前几个字节来猜测传输语法。 这是
并不总是可以正确猜测传输语法，最好转换一个
尽可能将数据设置为文件格式（使用 直流转换 公用事业）。 也是
可以使用 -f 和 -t[ieb] 强制选项 dsr2xml 读取数据集
特定的传输语法。

有无库存

dsrfile-in 要转换的 DICOM SR 输入文件名

xmlfile-out XML 输出文件名（默认值：stdout）

配置

一般 选项
-h --帮助
打印此帮助文本并退出

- 版
打印版本信息并退出

--参数
打印扩展的命令行参数

-q --安静
安静模式，不打印警告和错误

-v --详细
详细模式，打印处理细节

-d --调试
调试模式，打印调试信息

-ll --log-level [l]evel: 字符串常量
（致命、错误、警告、信息、调试、跟踪）
记录器使用级别 l

-lc --log-config [f] 文件名：字符串
将配置文件 f 用于记录器

输入 选项
输入文件格式：

+f --读取文件
读取文件格式或数据集（默认）

+fo --只读文件
仅读取文件格式

-f --读取数据集
读取没有文件元信息的数据集

输入传输语法：

-t= --read-xfer-auto
使用 TS 识别（默认）

-td --读取 xfer 检测
忽略文件元头中指定的 TS

-te --read-xfer-little
使用显式 VR 小端 TS 读取

-tb --read-xfer-大
使用显式 VR 大端 TS 读取

-ti --read-xfer-隐式
使用隐式 VR 小端 TS 读取

加工 选项
错误处理：

-呃——未知关系
接受未知/缺失的关系类型

-Ev --无效项目值
接受无效的内容项值
（例如违反 VR 或 VM 定义）

-Ec --忽略约束
忽略关系内容约束

-Ee --忽略项目错误
不要中止内容项错误，只是警告
（例如缺失值类型特定属性）

-Ei --跳过无效项目
跳过无效的内容项（包括子树）

-Dv --禁用 VR 检查器
禁用检查符合 VR 的字符串值

具体字符集：

+Cr --charset 要求
需要声明扩展字符集（默认）

+Ca --charset-assume [c]harset: 字符串
如果未声明扩展字符集，则假定为字符集 c

+抄送 --charset-check-all
检查具有字符串值的所有数据元素
（默认：仅 PN、LO、LT、SH、ST 和 UT）

# 此选项仅用于映射到适当的
# XML 字符编码，但不用于转换为 UTF-8

+U8 --转换为utf8
转换所有受影响的元素值
按特定字符集 (0008,0005) 转 UTF-8

# 需要 libiconv 工具包的支持

产量 选项
编码：

+Ea --attr-all
将所有内容编码为 XML 属性
（+Ec、+Er、+Ev 和 +Et 的快捷方式）

+Ec --attr-代码
编码代码值，编码方案指示符
和编码方案版本作为 XML 属性

+Er --attr-关系
将关系类型编码为 XML 属性

+Ev --attr-值-类型
将值类型编码为 XML 属性

+Et --attr-模板-id
将模板 ID 编码为 XML 属性

+Ee --模板信封
模板元素包含内容项
（需要 +Wt，意味着 +Et）

XML结构：

+Xs --添加架构参考
添加对 XML 架构“dsr2xml.xsd”的引用
（不包括 +Ea、+Ec、+Er、+Ev、+Et、+Ee、+We）

+Xn --use-xml-命名空间
将 XML 命名空间声明添加到根元素

写作：

+我们 --write-empty-tags
写入所有标签，即使它们的值为空

+Wi --写入项目 ID
总是写项目标识符

+Wt --写入模板 ID
写入模板标识信息

附注

DICOM 一致性
这个 dsr2xml 实用程序支持以下 SOP 类：

SpectaclePrescriptionReportStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.78.6
黄斑网格厚度和体积报告存储1.2.840.10008.5.1.4.1.1.79.1
基本文本SR存储1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.11
增强型SRStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.22
综合SRStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.33
综合3DSRStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.34
过程日志存储 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.40
乳腺摄影CADSRStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.50
KeyObjectSelectionDocumentStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.59
胸部CADSRS存储1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.65
XRayRadiationDoseSRStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.67
放射性药物辐射剂量SRStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.68
ColonCADSR 存储 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.69
植入计划SRDocumentStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.70

请注意，目前仅支持必需属性和一些可选属性。

字符 喷码
XML 编码由 DICOM 属性自动确定 (0008,0005)
使用以下映射的“特定字符集”：

ASCII (ISO_IR 6) => "UTF-8"
UTF-8 "ISO_IR 192" => "UTF-8"
ISO 拉丁语 1 "ISO_IR 100" => "ISO-8859-1"
ISO 拉丁语 2 "ISO_IR 101" => "ISO-8859-2"
ISO 拉丁语 3 "ISO_IR 109" => "ISO-8859-3"
ISO 拉丁语 4 "ISO_IR 110" => "ISO-8859-4"
ISO 拉丁语 5 "ISO_IR 148" => "ISO-8859-9"
西里尔字母“ISO_IR 144”=>“ISO-8859-5”
阿拉伯语“ISO_IR 127”=>“ISO-8859-6”
希腊语“ISO_IR 126”=>“ISO-8859-7”
希伯来语“ISO_IR 138”=>“ISO-8859-8”

如果输入文件中缺少此 DICOM 属性，尽管需要，选项 --字符集-
承担 可用于手动指定适当的字符集（使用其中一种
DICOM 定义的术语）。

不支持多字符集（只映射第一个属性值
值多重性的情况）。 如果需要，选择 --转换为utf8 可以用来转换
在转换为 XML 格式之前将 DICOM 文件或数据设置为 UTF-8 编码。

ERROR 搬运
请注意处理选项 --未知关系, --无效项目-
折扣值, --忽略约束, --忽略项目错误 和 --跳过无效项目 自从他们
禁用对 DICOM SR 输入文件的某些验证检查，因此可能会导致
在非标准的一致性输出中。 但是，可能有使用一个或多个的原因
这些选项中的一个，例如为了读取和处理错误编码的 SR 文档。

限制
XML 架构 dsr2xml.xsd 不支持的所有变体 dsr2xml 输出格式。
但是，默认输出格式（加选项 --use-xml-命名空间） 应该管用。

记录

各种命令行工具和底层库的日志输出级别可以
由用户指定。 默认情况下，仅将错误和警告写入标准
错误流。 使用选项 --详细 还有信息性消息，如处理细节
被报道。 选项 -调试 可用于获取有关内部活动的更多详细信息，
例如用于调试目的。 可以使用选项选择其他日志记录级别 - 日志-
水平。在 - 安静的 模式只报告致命错误。 在如此严重的错误事件中，
申请通常会终止。 有关不同日志记录级别的更多详细信息，
请参阅模块“oflog”的文档。

如果应该将日志输出写入文件（可选择使用日志文件轮换），
到系统日志 (Unix) 或事件日志 (Windows) 选项 --日志配置 可以使用。 这个
配置文件还允许仅将某些消息定向到特定输出
流并根据模块或应用程序过滤某些消息
生成。 提供了一个示例配置文件 /logger.cfg.

指挥 LINE

所有命令行工具都使用以下参数表示法：方括号括起来
可选值 (0-1)，三个尾随点表示允许多个值
(1-n)，两者的组合意味着 0 到 n 值。

命令行选项通过前导“+”或“-”符号与参数区分开来，
分别。 通常，命令行选项的顺序和位置是任意的（即它们
可以出现在任何地方）。 但是，如果选项相互排斥，则最右边的外观
用来。 此行为符合常见 Unix shell 的标准评估规则。

此外，可以使用“@”符号作为前缀来指定一个或多个命令文件
文件名（例如 @命令.txt）。 这样的命令参数被替换为
相应的文本文件（多个空格被视为单个分隔符，除非
在任何进一步评估之前，它们出现在两个引号之间）。 请注意
命令文件不能包含另一个命令文件。 这种简单而有效的方法
允许总结选项/参数的常见组合并避免冗长和
令人困惑的命令行（文件中提供了一个示例 /dumppat.txt).

环境

这个 dsr2xml 实用程序将尝试加载指定的 DICOM 数据字典
DCMDICT路径 环境变量。 默认情况下，即如果 DCMDICT路径 环境变量
未设置，文件 /dicom.dic 除非构建字典，否则将被加载
进入应用程序（Windows 的默认设置）。

默认行为应该是首选的，并且 DCMDICT路径 仅环境变量
当需要替代数据字典时使用。 这 DCMDICT路径 环境变量
具有与 Unix shell 相同的格式 PATH 冒号 (':') 分隔的变量
条目。 在 Windows 系统上，分号 (';') 用作分隔符。 数据字典
代码将尝试加载指定的每个文件 DCMDICT路径 环境变量。 它
如果无法加载数据字典，则是一个错误。

使用 onworks.net 服务在线使用 dsr2xml