这是 dwgsim 命令，可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序：
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dwgsim: - 一个简短的阅读模拟器
概要
图形界面 [选项]
商品描述
DWGSIM 是一个短读模拟器，它模拟来自现代测序平台的读数。
配置
-e FLOAT
第一次读取的每个碱基/颜色/流量错误率 [从 0.020 到 0.020，乘以 0.000]
-E FLOAT
第二次读取的每个碱基/颜色/流量错误率 [从 0.020 到 0.020，乘以 0.000]
-i 对对使用内部距离而不是外部距离 [False]
-d 对 [500] 两端之间的 INT 外部距离
-s 对距离的 INT 标准偏差 [50.000]
-N INT 读取对数（-1 禁用）[-1]
-C FLOAT
可用职位的平均覆盖率（-1 禁用）[100.00]
-1 第一次读取的 INT 长度 [70]
-2 第二次读取的 INT 长度 [70]
-r FLOAT
突变率 [0.0010]
-F FLOAT
模拟低频率体细胞突变的给定突变频率 [0.5000] 注意：
频率 F 是指突变的第一条链，因此
第二条链以 1-F 的频率出现
-R FLOAT
插入缺失的突变比例 [0.10]
-X FLOAT
插入插入扩展的概率 [0.30]
-I INT 最小长度 indel [1]
-y FLOAT
随机 DNA 读取的概率 [0.05]
-n 给定读取中允许的 INT 最大 N 数 [0]
-c INT 为 [0] 生成读数：0：Illumina 1：SOLiD 2：Ion Torrent
-S INT 生成读数 [0]：0：默认（Illumina 的相反链，相同的链
SOLiD/Ion Torrent) 1：相同链（配对） 2：相反链（配对末端）
-f STRING
Ion Torrent 数据的流向 [(null)]
-B 对 Ion Torrent 数据使用每个碱基的错误率 [错误]
-H 单倍体模式 [假]
-z INT 随机种子 (-1 使用当前时间）[-1]
-M 仅生成突变文件 [False]
-m 文件
要重新创建的突变 txt 文件 [未使用]
-b 文件
候选突变的类似床的文件集 [(null)]
-v 文件
候选突变的 vcf 文件集（对链使用 pl 标签）[(null)]
-x 文件
要覆盖的区域床 [未使用]
-P STRING
在每个读取名称之前添加读取前缀 [未使用]
-q STRING
要应用的固定基本质量（单个字符）[未使用]
-Q FLOAT
基础质量得分的标准偏差 [2.00]
-s 对距离的 INT 标准偏差 [50.000]
-h 打印此消息
注意：对于 SOLiD mate pair 读数和 BFAST，第一个读数是 F3，第二个是 R3。 为了
SOLiD mate pair 读取和 BWA，第一个文件中的读取是 R3，读取注释为
第一次阅读等。
注意：支持的最长插入是 4294967295。
使用 onworks.net 服务在线使用 dwgsim
