这是命令 fasta2frag,可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行,例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序:
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fasta2片段 - 拆分 a 单 法斯塔 序列 成 几个 重叠 碎片。
商品描述
该程序是 MIRA 汇编程序包的一部分。 fasta2frag 的目的是为了
将序列片段化成更小的重叠子序列。 它可以用于模拟
霰弹枪序列。 它可以在两个方向(/默认)上创建子序列,也可以
双端序列。 请查看下面的文档以获取更详细的信息
有关 fasta2frag 的信息。
概要
fasta2片段 入档 输出文件
配置
-l int 片段长度(默认值 = 3000)
-i int 片段起始站点的增量(默认值 = 2500)
-p int Paired end(默认=0 关闭,1 开启)
-P int 在双端模式下,反转读取之一(0 为关闭,默认 = 1 为开启)
-s int Strobe 排序(默认 = 0 关闭,1 开启)
-q int 不存在质量数据时的默认质量(默认值 = 30)
-r int 反转每第 n 个片段(默认值 = 2)
-c int 循环片段,使它们形成一个环
(默认 = 0 是关闭,1 将开启)
-除数
int 除以这个质量值(默认值=1)
-minqual
int 但至少给它这个 qual (default=0)
-插入大小
int paired-end:插入大小(默认 = 3000)
-插入_stdev INT
配对端:标准开发(默认= 900)目前这不起作用
-配对命名 绳子
双端命名方案:sanger、454(默认)或 solexa
-最小突变
国际分钟突变数/seq。 错误(定义= 0)
-maxmut
最大整数突变数/seq。 错误(定义= 0)
-闪光灯
int 选通期间读取的碱基数
- 频闪
选通关闭期间的 int 碱基数
-开始偏移
int 从偏移位置开始
-名称后缀
带字符串的字符串后缀名
使用 onworks.net 服务在线使用 fasta2frag
