这是 flexbar 命令，可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序：
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flexbar - 用于测序平台的灵活条形码和适配器移除
概要
伸缩杆 -r 读取 [-t 目标] [-b 条码] [-a 适配器] [选项]
商品描述
Flexbar 高效地预处理高通量测序数据。 它解复用
条形码运行并删除适配器序列。 此外，修剪和过滤功能是
假如。 Flexbar 提高映射率并改善基因组和转录组
组件。 它支持 fasta/q 和 csfasta/q 格式的下一代测序数据
来自 Illumina、Roche 454 和 SOLiD 平台。
Flexbar 中的参数名称已更改。 请查看脚本。 最近几个月，默认
优化了设置，修复了几个错误并进行了各种改进，例如
改进的命令行界面、新的修剪模式以及更少的时间和内存
要求。
-h, - 帮帮我
显示此帮助消息。
-w, - 先进的
打印高级选项帮助屏幕。
-i, - 引用
显示引用的程序参考。
基本选项：
-n, --线程 民
要使用的线程数。 默认值：1。
-t, - 目标 STR
输出文件名或路径的前缀。 默认值：弹性栏。
-r, --读取 文件
带有可能包含条形码的读取的 Fasta/q 文件或标准输入 (-)。
-p, --读2 文件
配对读取的第二个输入文件，支持 gz 和 bz2 文件。
-f, - 格式 STR
质量格式：sanger、solexa、i1.3、i1.5、i1.8（illumina 1.8+）。
-c, - 色彩空间
在桑格缩放中以颜色空间格式 csfasta 或 csfastq 输入。
条码检测：
-b, --条形码 文件
带有用于解复用的条形码的 Fasta 文件可能包含 N。
-br, --条码读取 文件
Fasta/q 文件由单独的条形码读取组成，用于检测。
-是, --条形码修剪结束 STR
检测类型，请参见修剪末端模式部分。 默认值：任意。
-博, --条码最小重叠 民
条形码和读取的最小重叠。 默认：条码长度。
-BT, --条码阈值 民
每 10 个碱基重叠允许的错配和缺口。 默认值：1.0。
-this, --barcode-未分配
在输出生成中包括未分配的读取。
适配器拆卸：
-a, --适配器 文件
带有要删除的适配器的 Fasta 文件，其中可能包含 N。
-如, --适配器序列 STR
单个适配器序列作为适配器选项的替代。
-ae, --适配器修剪端 STR
移除类型，请参阅修剪端模式部分。 默认值：正确。
-至, --适配器最小重叠 民
适配器和读取序列的最小重叠。 默认值：1。
-在, --适配器阈值 民
每 10 个碱基重叠允许的错配和缺口。 默认值：3.0。
过滤和修剪：
-u, --max-未调用 民
每次读取允许未调用的碱基（N 或 .）。 默认值：0。
-x, --预修剪左 民
检测前在 5' 读取端修剪给定数量的碱基。
-y, --预修剪右 民
在检测之前修剪 3' 端指定数量的碱基。
-q, --预修剪-phred 民
修剪 3' 端直到达到指定或更高的质量。
-k, --后修剪长度 民
去除后从 3' 端修剪到指定的读取长度。
-m, --min-读取长度 民
移除后保留的最小读取长度。 默认值：18。
输出选择：
-o, --fasta-输出
首选非质量格式 fasta 和 csfasta 进行输出。
-z, --zip-输出 STR
启用输出文件的直接压缩。 GZ和BZ2之一。
-s, --单读
为太短的对应物编写单对读取。
记录和标记：
-l, --日志级别 STR
打印有效的最佳读取对齐。 ALL、MOD 和 TAB 之一。
-g, --删除标签
受适配器或条形码移除影响的标签读取。
修剪结束模式：
ANY：去除重叠后，读取的较长一侧仍然存在 LEFT：右侧仍然存在
移除后，对齐 <= 读取结束 RIGHT：移除后保留左侧部分，对齐 >=
读取开始 LEFT_TAIL：考虑对齐中读取的前 n 个碱基 RIGHT_TAIL：使用
仅最后 n 个碱基，请参阅尾长选项
示例
伸缩杆 -r 阅读.fq -f i1.8 -t 目标 -b brc.fa -a adap.fa 弹性条 -r
阅读.csfastq.gz -a 适配文件 -至 5 -ae 左 -c
VERSION
flexbar 版本：2.4 最后更新 29 年 2013 月 XNUMX 日
高级选项：flexbar -w
弹性栏版本 2.4
使用 onworks.net 服务在线使用 flexbar
