fmcs - 云端在线

程序：

您的姓名

fmcs-fmcs

商品描述

用法：fmcs [-h] [--maximize {atoms,bonds}] [--min-num-atoms INT]

[--比较{拓扑、元素、类型}] [--原子比较{任何、元素、同位素}]
[--bond-compare {any,bondtypes}] [--atom-class-tag TAG] [--ring-matches-ring-only]
[--complete-rings-only] [--select SELECT] [--timeout SECONDS] [--output FILENAME]
[--输出格式{智能，片段微笑，片段-sdf，完整-sdf}] [--输出全部]
[--save-atom-class-tag 标记] [--save-counts-tag 标记] [--save-atom-indices-tag 标记]
[--save-smarts-tag 标记] [--save-smiles-tag 标记] [--times] [-v] [--version] 文件名

找到一组结构的最大公共子结构

阵地 参数：
文件名
SDF 或 SMILES 文件

可选 参数：
-h, - 帮帮我
显示此帮助信息并退出

- 最大化 {原子，键}
最大化 MCS 中“原子”或“键”的数量。 （默认：债券）

--最小原子数 INT
MCS 中的最小原子数（默认值：2）

- 相比 {拓扑，元素，类型}
使用 'topology' 作为 '--atom-compare any --债券比较 任何'，
“元素”是“--原子比较元素” --债券比较 任何”，“类型”是
'--atomcompare 元素 --债券比较 键类型（默认值：类型）

--atom-比较 {任何，元素，同位素}
指定原子比较方法。 使用“any”，每个原子都相互匹配
原子。 对于“元素”，原子仅在包含相同元素时才匹配。 和
'isotopes'，原子只有在它们具有相同的同位素数时才匹配； 元素
信息被忽略，因此 [5C] 和 [5P] 是相同的。 这可以用来
实现用户定义的原子类型。 （默认：元素）

--债券比较 {任何，债券类型}
指定债券比较方法。 使用“any”，每个键都相互匹配
键。 对于“bondtypes”，只有当它们的债券类型相同时，债券才相同。
（默认：bondtypes）

--原子类标签 行李牌
使用“TAG”字段中的原子类分配。 标签数据必须包含空格
1-10000 范围内的整数的分隔列表，每个原子一个。 原子是
相同当且仅当它们对应的原子类相同。 注意
'003' 和 '3' 被视为相同的值。 （默认不使用）

--ring-matches-仅环
修改键比较，使环键只匹配环键和链键
只匹配链键。 （环原子仍然可以匹配非环原子。）

--仅完成环
如果一个键在输入结构中是一个环键并且一个键在 MCS 中，那么
键也必须在 MCS 中的一个环中。 选择此选项还可以启用
--ring-matches-仅环.

- 选择 选择
选择要处理的输入记录的子集。 示例：1-10,13,20,50-（默认：
'1-'，选择所有结构）

- 暂停 SECONDS
运行最多 'timeout' 秒后报告最佳解决方案。 使用“无”
没有超时。 （默认：无）

- 输出 文档名称， -o 文件名
将结果写入 FILENAME（默认：使用标准输出）

- 输出格式 {智能，片段-微笑，片段-sdf，完整-sdf}
'smarts' 编写包含原子和键标准的 SMARTS 模式。
'fragment-smiles' 将匹配的片段写入 SMILES 字符串。 '片段-sdf'
将匹配的片段写入 SD 文件； 看 --保存原子类 有关如何的详细信息
原子类信息被保存。 'complete-sdf' 将整个 SD 文件写入
片段信息存储在由指定的标签中 --保存片段索引标签.
（默认：智能）

--输出全部
默认情况下，结构输出格式仅显示第一个输入的 MCS
结构体。 如果启用此选项，则所有结构的 MCS 都是
所示。

--保存原子类标签 行李牌
如果指定了原子类（通过 --类标签)，输出格式为
'fragment-sdf' 然后将子结构原子类保存到标签 TAG，在片段中
原子顺序。 默认情况下，这是 --atomclass-标签.

--保存计数标签 行李牌
将片段数、原子数和键数保存到指定的 SD 标签中
空格分隔的整数，如'1 9 8'。 （片段计数不会大于
1 直到 fmcs 支持断开连接的 MCS。）

--保存原子索引标签 行李牌
如果指定了 atom 类并且输出格式为“complete-sdf”，则保存
MCS 片段原子索引到标签 TAG，按 MCS 顺序。 （默认值：mcs-atomindices）

--保存智能标签 行李牌
将 MCS SMARTS 保存到指定的 SD 标签。 如果没有 MCS，则使用“-”

--save-smiles-标签 行李牌
将片段 SMILES 保存到指定的 SD 标签。 如果没有 MCS，则使用“-”

--倍
将计时信息打印到 stderr

-v, --详细
将进度统计信息打印到 stderr。 使用两次以获得更高的详细程度。

- 版

有关这些选项的更多详细信息，请参阅 https://bitbucket.org/dalke/fmcs/

使用 onworks.net 服务在线使用 fmcs