这是可以使用我们的多个免费在线工作站之一(例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器)在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行的命令 fox
程序:
您的姓名
Fox - 从衍射数据确定从头算结构
概要
狐狸 [选项] [文件.xml]
商品描述
狐狸 (Free Objects for Crystallography) 程序是为 ab initio 晶体制作的
来自衍射数据的结构解。 从头开始最有趣的功能
结构测定是:
* 晶体含量的通用描述;
* 多面体之间特殊位置和共享原子的自动校正;
* 能够同时使用多种粉末图案;
* 智能全局优化算法;
* 具有 3D 晶体结构视图和实时更新的图形界面
优化过程。
配置
这个程序可以在有或没有命令行选项或输入文件 (file.xml) 的情况下执行。
它遵循通常的 GNU 命令行语法,长选项以两个破折号开头
(`-')。 下面是选项的摘要。 有关完整说明,请参阅狐狸
维基 http://objcryst.sourceforge.net/Fox/Manual
- 帮帮我 显示选项摘要。
--loadfouriergrd 地图.grd
加载并显示具有(第一)晶体结构的“map.grd”傅立叶图
--loadfourierdsn6 地图.DN6
加载并显示具有(第一)晶体结构的 DSN6 傅立叶图
--诺吉
无GUI运行,自动启动优化--nogui可能伴随
以下选项:
-n 10000
最多运行 10000 次试验(默认值:1000000)
——恩布伦 5
运行 5 次,每次运行前随机化(默认:1),使用 -1 无限期运行
-o 输出文件
'out.xml' 中的输出
--随机化
随机化初始配置
- 沉默的
产生(几乎)没有文本输出
--最终成本 0.15
运行优化直到成本 < 0.15
--cif2 模式 1.5406 170 5000 .1
模拟输入晶体的模式,波长=1.5406 最多 170°,500 个点
峰宽0.1°
示例
狐狸 硅文件
加载文件“silicon.xml”并启动 GUI。
狐狸 西咪替丁-powder.xml --诺吉 --随机化 -n 1000000 -o 最好的.xml
加载文件 'ktartrate.xml',随机化,然后对 1 万次试验进行 1 次优化,
并将最佳结构保存在“best.xml”中。
狐狸 西咪替丁-powder.xml --诺吉 --随机化 -n 10000000 ——恩布伦 10 -o 最好的.xml
加载文件“西咪替丁-powder.xml”,然后运行 10 次(从随机开始
结构)10万次试验(每次运行保存一个xml文件),并保存最好的
'best.xml' 中的结构。
狐狸 西咪替丁-powder.xml --诺吉 - 沉默的 --随机化 -n 10000000 ——恩布伦 10 --最终成本
200000 -o 最好的.xml
加载文件“西咪替丁-powder.xml”,然后进行 10 次 10 万次试验的静默运行
(每次运行保存一个xml文件),并将最佳结构保存在'best.xml'中。 对于每个
运行,如果成本低于 200000,则优化停止。
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