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fpromlk - 最大似然的蛋白质系统发育

概要

发消息 -序列 序列集 -intree 文件 树 [-n类别 整数] -速度 排列
-类别 [重量 ] -长度 布尔 [-模型 名单]
[-伽马 名单] -伽马系数 浮动 -ngammacat 整数 -不变系数 浮动
-ninvarcat 整数 -invarfrac 浮动 -nhmm 类别 整数 -hmm率 排列
-嗯概率 排列 -adjsite 布尔 -λ 浮动 -混乱 整数
-种子 整数 -全球的 布尔 [-outgrno 整数] -输出文件 输出文件 [-鳟鱼 切换]
-outtree文件 输出文件 [-打印数据 布尔[-进步 布尔[-树印 布尔]
[-催眠状态 布尔]

发消息 -救命

商品描述

发消息 是来自 EMBOSS（“欧洲分子生物学公开赛”）的命令行程序
软件套件”）。 它是“系统发育：分子序列”命令组的一部分。

配置

输入 部分
-序列 序列集
包含一个或多个序列比对的文件

-intree 文件 树

-n类别 整数
默认值：1

-速度 排列

-类别

重量

额外 部分
-长度 布尔
默认值：N

-模型 名单
默认值：琼斯-泰勒-桑顿

-伽马 名单
默认值：n

-伽马系数 浮动
默认值：1

-ngammacat 整数
默认值：1

-不变系数 浮动
默认值：1

-ninvarcat 整数
默认值：1

-invarfrac 浮动
默认值：0.0

-nhmm 类别 整数
默认值：1

-hmm率 排列
默认值：1.0

-嗯概率 排列
默认值：1.0

-adjsite 布尔
默认值：N

-λ 浮动
默认值：1.0

-混乱 整数

-种子 整数
默认值：1

-全球的 布尔
默认值：N

-outgrno 整数

输出 部分
-输出文件 输出文件

-鳟鱼 切换
默认值：是

-outtree文件 输出文件

-打印数据 布尔
默认值：N

-进步 布尔
默认值：是

-树印 布尔
默认值：是

-催眠状态 布尔
默认值：N

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