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frend.pl -- 在网络上渲染一个 Bio::Graphics 特征文件

概要

http://your.host.com/cgi-bin/frend.pl

商品描述

frend.pl 脚本是围绕 Bio::Graphics 模块的瘦前端。 它接受一个
包含序列（蛋白质、核苷酸）特征坐标的文件列表
命令行或标准输入上列出的文件，呈现它们，并生成一个 PNG
标准输出上的文件。

安装

将此脚本复制到您网站的 cgi-bin 目录中。 随意命名。

专栏 档 格式

此脚本以简单的制表符分隔格式接受和处理序列注释或
GFF 格式。

特征文件格式有一个配置部分和一个数据部分。 配置
部分设置图像的大小和整体属性，数据部分给出
特征数据本身。

配置 部分
如果未提供，此脚本会生成合理的默认配置部分
您，因此您无需提供配置部分即可获得合理的图像。
但是，要调整图像的外观，您可能需要调整
配置。 以下是配置部分的摘录：

# 示例文件
[一般]
基数 = -1000..21000
高度 = 12

[美东时间]
字形 = 段
bgcolor=黄色
连接器 = 实心
高度 = 5

[F基因]
字形 = 转录本 2
bgcolor = 绿色
描述 = 1

配置部分分为一组部分，每个部分都标有
[章节标题]。 [general] 部分指定整个图像的全局选项。
其他部分适用于特定的特征类型。 在上面的例子中，配置
[EST] 部分适用于标记为 EST 的功能，而
[FGENES] 部分适用于标记为 FGENES 基因预测的特征
预测程序。

每个部分内都有一系列名称=值对，其中名称是
选项设置。 您可以在 = 符号周围放置空格以使其更具可读性，甚至
如果您愿意，可以使用冒号 (:)。 可识别以下选项名称：

选项值示例
------ ----- --------

碱基序列范围的最小值和最大值 (bp) 1200..60000
width 图像的宽度（像素） 600
height 每个图形元素的高度（像素） 10
每个图形元素的字形样式（见下文）成绩单
fgcolor 每个元素的前景色黄色
bgcolor 每个元素的背景颜色蓝色
linewidth 线宽 3
label 打印特征名称 1
description 是否打印特征描述 0
凹凸元素不允许碰撞 1
ticks 在箭头上打印刻度线 1
连接器组连接器的类型（虚线、帽子或实线） 虚线

“bases”和“width”选项仅与 [general] 部分相关。 他们是
被同名的命令行选项覆盖。

其余选项可以位于任何部分，但如果出现在
[general] 部分将为其他部分设置默认值。

颜色是英文颜色名称或 Web 样式的 #RRGGBB 颜色（请参阅有关 HTML 的书
解释）。 True/false 值为 1 表示真，0 表示假。 数字范围可以
以 start..end 方式用两个点表示，或用连字符表示为 start-end。

“字形”选项控制如何呈现功能。 以下字形是
已实施：

名称 说明
---- ------------

box 一个填充的矩形，无方向。
椭圆 椭圆形。
箭头箭头； 可以是单向的或
双向的。 它还能够显示
带有主要和次要刻度线的刻度，并且可以
水平或垂直方向。
段由实心连接的一组实心矩形
线。 用于中断的特征，例如
缺口比对和外显子组。
转录本类似于段，但连接线是
一个“帽子”形状，以及方向
转录用小箭头表示。
转录本 2 与转录本相似，但方向
转录由末端片段表示
以箭头的形状。
引物 由一条线连接的两个向内的箭头。 用于 STS。

凹凸选项是控制图像外观的最重要选项。 如果设置
为 false（数字 0），则允许特征重叠。 如果设置为 true（
编号 1)，则特征将垂直移动以避免碰撞。 如果没有指定，
如果任何给定类型的序列特征的数量大于 50，则会打开凹凸。

时间 部分
数据部分可以跟随或继续配置部分。 两段可以
也可以混搭。 数据部分是一个制表符或空格分隔的文件，您可以
从电子表格应用程序或文字处理器文件导出（确保另存为文本
只要！）

这是一个示例数据部分：

粘粒 B0511。 516-619 粘粒 B0511。 3185-3294 粘粒
B0511。 10946-11208 粘粒 B0511。 13126-13511 粘粒
B0511。 66-208 粘粒 B0511。 6354-6499 粘粒 B0511
. 13955-14115 东部标准时间 yk595e6.5 + 3187-3294 东部标准时间 yk846e07.3 -
11015-11208 东部标准时间 yk53c10
yk53c10.5+18892-19154
yk53c10.3 - 15000-15500,15700-15800 东部标准时间 yk53c10.5 +
16032-16105 SwissProt PECANEX + 13153-13656 瑞典鱼 FGENESH“基因
1" - 1-205,518-616,661-735,3187-3365,3436-3846 跨膜结构域
FGENESH "Gene 2" - 16626-17396,17451-17597 激酶和寿司域

文件的每一行包含五列。 列是：

列# 描述
————————————

1 特征类型
2 特征名称
3链
4个坐标
5说明

特征类型
要素类型应对应于 [要素类型] 标题之一
配置部分。 如果不是，则 [general] 选项将应用于
渲染它时的功能。 特征名称是特征的名称。 用一个 ”。” 或者
"-" 如果这不相关。 如果名称包含空格，则输入单行或双行
名称周围的引号 ("")。

斯特兰德
链指示特征在哪条链上。 它是前锋的“+”之一
链，“-”表示反向链，或“。” 对于未搁浅的功能。

坐标
坐标列是特征占据的一组一个或多个范围。
范围使用“..”书写，如 start..stop 或连字符，如 start-stop。
对于由多个范围组成的特征 &em; 例如成绩单
有多个外显子 &em; 您可以将范围放在同一行上，由
逗号或空格，或将范围放在单独的行上并使用相同的功能
名称和类型以将它们分组。 在上面的示例中，Cosmid B0511 功能使用
单独的线条样式，而 FGENESH 功能使用所有范围在线
的风格。

产品描述
最后一列包含一些描述性文本。 如果描述选项设置为
true，此文本将打印在渲染中的特征下方。

最后，可以将相关的特征组合在一起。 一个例子是 EST
yk53c10.5 和 yk53c10.3，它们是从克隆的两端读取相关的
yk53c10。 要指示这种关系，请生成如下所示的部分：

美国东部时间 yk53c10
yk53c10.5+18892-19154
yk53c10.3 - 15000-15500,15700-15800

该组由仅包含两列包含特征的行表示
类型和组的唯一名称。 遵循这条线的所有特征，形成
组，但将第一列（特征类型）留空。 该组将由
在组的所有成员之间画一条虚线。 你可以改变这个
在配置部分为此功能指定不同的连接器选项
类型。

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