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fuzztran - 在蛋白质序列中搜索模式（已翻译）

概要

模糊转录 -序列 后继 -模式 模式 [-帧 名单[-表 名单] -输出文件 报告

模糊转录 -救命

商品描述

模糊转录 是来自 EMBOSS（“欧洲分子生物学公开赛”）的命令行程序
软件套件”）。 它是“Nucleic:Motifs,Protein:Motifs”命令组的一部分。

配置

输入 部分
-序列 后继

-模式 模式
使用氨基酸的标准 IUPAC 单字母代码。 符号“x”是
用于接受任何氨基酸的位置。 歧义由
列出给定位置可接受的氨基酸，在方括号之间 '[
]'。 例如：[ALT] 代表 Ala 或 Leu 或 Thr。 歧义也表示为
在一对大括号“{}”之间列出不被接受的氨基酸
在 gven 位置。 例如：{AM} 代表除 Ala 和 Met 之外的任何氨基酸。
模式中的每个元素与其相邻元素用“-”分隔。 （可选在
fuzztran) 可以通过以下方式指示模式元素的重复
括号之间带有数值或数值范围的元素。 例子：
x(3)对应xxx，x(2,4)对应xx或xxx或xxxx。 当一个
模式仅限于序列的 N 端或 C 端，该模式
要么以“<”符号开头，要么分别以“>”符号结尾。 一个时期结束
图案。 （在 fuzztran 中可选）。 例如，[DE](2)HS{P}X(2)PX(2,4)C

额外 部分
-帧 名单
默认值：1

-表 名单

输出 部分
-输出文件 报告

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